The plant-associated Bacillus amylo

The plant-associated Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum strain B9601-Y2, isolated from wheat rhizosphere, is a powerful plant growth-promoting rhizobacterium. Its relative large genome size of 4.24 Mbp, exceeding that of other representatives of the B. amyloliquefaciens subsp. plantarum taxon, is mainly due to the presence of 18 DNA-islands containing remnants of phages, a unique restriction modification system, a gene cluster for mersacidin synthesis, and an orphan gene cluster devoted to non-ribosomal synthesis of an unidentified peptide. Like other members of the taxon, the Y2 genome contains giant gene clusters for non-ribosomal synthesis of the polyketides macrolactin, difficidin, and bacillaene, the antifungal lipopeptides bacillomycin D, and fengycin, the siderophore bacillibactin, and the dipeptide bacilysin. A gene cluster encoding enzymes for a degradative pathway with 2-keto-3-deoxygluconate and 2-keto-3-deoxy-phosphogluconate as intermediates was explored by genome mining and found as being a unique feature for representatives of the plantarum subspecies. A survey of the Y2 genome against other B. amyloliquefaciens genomes revealed 130 genes only occurring in subsp. plantarum but not in subsp. amyloliquefaciens. Notably, the surfactin gene cluster is not functional due to a large deletion removing parts of the Srf synthetases B and C. Expression of polyketides, lipopeptides, mersacidin, and of the growth hormone indole-3-acetic acid in Y2 was demonstrated by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectroscopy and high-performance liquid chromatography, respectively.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เชื่อมโยงโรงคัด amyloliquefaciens ถั่ว plantarum สายพันธุ์ B9601-Y2 แยกต่างหากจากข้าวสาลีไรโซสเฟียร์ rhizobacterium ส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชมีประสิทธิภาพได้ ขนาดญาติกลุ่มใหญ่ของ 4.24 Mbp เกินที่ผู้แทนอื่น ๆ ของการเกิด amyloliquefaciens ถั่ว plantarum taxon เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากดีเอ็นเอเกาะ 18 ที่มีเศษของ phages ระบบปรับเปลี่ยนข้อจำกัดที่ไม่ซ้ำกัน คลัสเตอร์ยีนสำหรับสังเคราะห์ mersacidin และคลัสเตอร์ยีนสุดท้ายของย่อหน้าที่ทุ่มเทเพื่อสังเคราะห์ ribosomal ไม่ใช่ของเพปไทด์ไม่สามารถระบุได้ เช่นสมาชิกอื่น ๆ ใน taxon จีโนม Y2 ประกอบด้วยคลัสเตอร์ยักษ์ยีนสำหรับสังเคราะห์ ribosomal ไม่ polyketides macrolactin, difficidin และ bacillaene, bacillomycin ต้านเชื้อรา lipopeptides D, fengycin, siderophore bacillibactin และ dipeptide bacilysin ยีนเป็นคลัสเตอร์เข้าเอนไซม์ในทางเดิน degradative กับ 2-keto-3-deoxygluconate และสำรวจ โดยกลุ่มเหมืองแร่ และพบเป็น คุณลักษณะเฉพาะสำหรับตัวแทนของชนิดย่อย plantarum 2-keto-3-deoxy-phosphogluconate เป็นตัวกลาง แบบสำรวจของจีโนม Y2 กับ genomes amyloliquefaciens เกิดอื่น ๆ เปิดเผย 130 ยีนที่เกิดขึ้นเฉพาะ ใน plantarum ถั่ว แต่ไม่ใช่ ในถั่ว amyloliquefaciens ยวด คลัสเตอร์ยีน surfactin ไม่ทำงานเนื่องจากการลบขนาดใหญ่ที่เอาส่วนของ Srf synthetases B และ C. นิพจน์ของ polyketides, lipopeptides, mersacidin และฮอร์โมนเจริญเติบโตของ กรดอินโดล-3-อะซิติกใน Y2 ถูกแสดง โดยเลเซอร์ช่วยเมตริกซ์ desorption ionization ขณะบินโดยรวมกและประสิทธิภาพสูงของเหลว chromatography ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เชื้อแบคทีเรียจากพืชที่เกี่ยวข้อง amyloliquefaciens subsp plantarum ความเครียด B9601-Y2 ที่แยกได้จากบริเวณรากข้าวสาลีเป็นพืชที่มีประสิทธิภาพการเจริญเติบโตของการส่งเสริม rhizobacterium จีโนมขนาดใหญ่ญาติของ 4.24 Mbp เกินที่ผู้แทนอื่น ๆ ของบี amyloliquefaciens subsp แท็กซอน plantarum เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากการปรากฏตัวของดีเอ็นเอ 18 เกาะที่มีเศษของ phages ระบบการปรับเปลี่ยนข้อ จำกัด ที่ไม่ซ้ำกันกลุ่มยีนสำหรับการสังเคราะห์ mersacidin และกลุ่มยีนเด็กกำพร้าที่ทุ่มเทให้กับการสังเคราะห์ที่ไม่โซมอลของเปปไทด์ที่ไม่ปรากฏชื่อ เช่นเดียวกับสมาชิกคนอื่น ๆ ของแท็กซอนจีโนม Y2 มีกลุ่มยีนยักษ์สำหรับการสังเคราะห์ที่ไม่โซมอลของ polyketides macrolactin, difficidin และ bacillaene ที่ lipopeptides เชื้อรา bacillomycin D ​​และ fengycin, bacillibactin siderophore และ dipeptide bacilysin เอนไซม์เข้ารหัสกลุ่มยีนสำหรับย่อยสลายทางเดิน 2-Keto-3-deoxygluconate และ 2-Keto-3-Deoxy-phosphogluconate เป็นตัวกลางได้รับการสำรวจโดยการทำเหมืองแร่จีโนมและพบว่าเป็นคุณลักษณะที่ไม่ซ้ำกันสำหรับผู้แทนของ plantarum ย่อย จากการสำรวจของจีโนม Y2 กับอื่น ๆ B. amyloliquefaciens เปิดเผยยีนจีโนมของ 130 เท่านั้นที่เกิดขึ้นใน subsp plantarum แต่ไม่ได้อยู่ใน subsp amyloliquefaciens โดยเฉพาะอย่างยิ่งกลุ่มยีน surfactin ไม่ทำงานเนื่องจากการลบขนาดใหญ่ถอดชิ้นส่วนของ SRF synthetases B และ C แสดงออกของ polyketides, lipopeptides, mersacidin และฮอร์โมนการเจริญเติบโตกรดอินโดล-3-อะซิติกใน Y2 ถูกแสดงให้เห็นโดย matrix- ช่วยเลเซอร์ desorption ไอออนไนซ์เวลาของมวลสเปกโทรสโกเที่ยวบินและมีประสิทธิภาพสูงของเหลว chromatography ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โรงงานที่เกี่ยวข้องใน amyloliquefaciens subsp . b9601-y2 plantarum สายพันธุ์ที่แยกได้จากรากข้าวสาลีเป็นพลังส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืช rhizobacterium . ของญาติขนาดใหญ่จีโนมขนาด 4.24 MBP เกินที่ของตัวแทนอื่น ๆ ของ บี amyloliquefaciens subsp . กรดชนิด , ส่วนใหญ่เนื่องจากการปรากฏตัวของดีเอ็นเอของฟาจที่มีเศษ 18 เกาะกัน และข้อ จำกัด การปรับเปลี่ยนเป็นระบบ กลุ่มยีนสังเคราะห์ mersacidin และเด็กกำพร้ากลุ่มยีนทุ่มเทเพื่อการสังเคราะห์ของเปปไทด์ไม่มีไรโบโซมนิรนาม เช่นเดียวกับสมาชิกคนอื่น ๆของชนิด , Y2 ) ประกอบด้วยกลุ่มของยีนไรโบโซมอลยักษ์ไม่ใช่การสังเคราะห์ polyketides macrolactin difficidin , และ bacillaene , เชื้อรา lipopeptides บาซิลโลไมซิน D และ fengycin , ไซเดอโรฟอร์ bacillibactin และไดเพปไทด์ bacilysin . การเข้ารหัสยีนกลุ่มเอ็นไซม์สำหรับทางเดิน degradative กับ 2-keto-3-deoxygluconate 2-keto-3-deoxy-phosphogluconate เป็น intermediates และสำรวจโดยกลุ่มเหมืองแร่และพบว่าเป็นคุณลักษณะที่ไม่ซ้ำกันสำหรับผู้แทนของ plantarum สายพันธุ์ การสำรวจจีโนมกับอื่น ๆ amyloliquefaciens Y2 B จีโนมพบ 130 ยีนเกิดขึ้นเฉพาะใน subsp . กรด แต่ไม่ใช่ใน subsp . amyloliquefaciens . โดยเฉพาะ เซอแฟกทินกลุ่มยีนไม่ทำงานเนื่องจากการขนาดใหญ่ตัดเอาส่วนของ srf synthetases B และ C . การแสดงออกของ polyketides lipopeptides mersacidin , , , และฮอร์โมนการเจริญเติบโตกรดกระเพาะใน Y2 ) โดยเมทริกซ์ช่วยเลเซอร์การคายไอเวลาของเที่ยวบินเมทานอลและ high-performance liquid chromatography )