Here we make use of laser capture m

Here we make use of laser capture microdissection (LCM) and RNA-seq for an in-depth transcriptional profile of phloem-associated cells of both petioles and stems of potato. To expedite our analysis, we have taken advantage of the potato genome that has recently been fully sequenced and annotated. Out of the 27 k transcripts assembled that we identified, approximately 15 k were present in phloem-associated cells of petiole and stem with greater than ten reads. Among these genes, roughly 10 k are affected by photoperiod. Several RNAs from this day length-regulated group are also abundant in phloem cells of petioles and encode for proteins involved in signaling or transcriptional control. Approximately 22 % of the transcripts in phloem cells contained at least one binding motif for Pumilio, Nova, or polypyrimidine tract-binding proteins in their downstream sequences. Highlighting the predominance of binding processes identified in the gene ontology analysis of active genes from phloem cells, 78 % of the 464 RNA-binding proteins present in the potato genome were detected in our phloem transcriptome.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ที่นี่เราทำใช้เลเซอร์จับ microdissection (LCM) และอาร์เอ็นเอลำดับสำหรับโพรไฟล์ transcriptional ในเชิงลึกของเปลือกชั้นในเชื่อมโยงเซลล์ทั้ง petioles และลำต้นของมันฝรั่ง เผด็จการวิเคราะห์ของเรา เราได้ประโยชน์จากกลุ่มมันฝรั่งที่เพิ่งถูกเต็มที่เรียงลำดับ และใส่คำอธิบายประกอบ จาก k 27 ใบแสดงผลประกอบที่เราระบุ ประมาณ 15 k มีอยู่ในเปลือกชั้นในเชื่อมโยงเซลล์ petiole และก้าน มีมากกว่าสิบอ่าน ระหว่างยีนเหล่านี้ ประมาณ 10 k จะมีผลกระทบตามชั่วโมง RNAs หลายจากกลุ่มนี้ควบคุมความยาวของวันยังมีมากในเปลือกชั้นในเซลล์ของ petioles และการเข้ารหัสสำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการควบคุมสัญญาณ หรือ transcriptional ประมาณ 22% ของใบแสดงผลในเซลล์เปลือกชั้นในมีอยู่น้อยรวมแปลน Pumilio โนวา หรือโปรตีนทางเดินรวม polypyrimidine ในลำดับปลายน้ำของพวกเขา เน้นเด่นของกระบวนการที่ระบุไว้ในการวิเคราะห์ยีนภววิทยาใช้ยีนจากเซลล์เปลือกชั้นในผูก 78% ของอาร์เอ็นเอรวมโปรตีน 464 ในกลุ่มมันฝรั่งพบในเปลือกชั้นใน transcriptome ของเรา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่นี่เราทำให้การใช้เลเซอร์จับ microdissection (LCM) และ RNA-หมายเลขสำหรับในเชิงลึกรายละเอียดการถอดรหัสของเซลล์ใยเปลือกไม้ที่เกี่ยวข้องของก้านใบและลำต้นของมันฝรั่ง เพื่อเร่งการวิเคราะห์ของเราเราได้นำประโยชน์จากจีโนมมันฝรั่งที่ได้รับการจัดลำดับเมื่อเร็ว ๆ นี้อย่างเต็มที่และข้อเขียน ออกจาก 27 k ใบรับรองผลประกอบการที่เราระบุประมาณ 15 k มีอยู่ในเซลล์ใยเปลือกไม้ที่เกี่ยวข้องของก้านใบและก้านมีมากกว่าสิบอ่าน ท่ามกลางยีนเหล่านี้ประมาณ 10 k รับผลกระทบจากช่วงแสง RNAs จากหลายกลุ่มระยะเวลาในการควบคุมในวันนี้นอกจากนี้ยังมีความอุดมสมบูรณ์ในเซลล์ใยเปลือกไม้ของก้านใบและเข้ารหัสโปรตีนมีส่วนร่วมในการส่งสัญญาณหรือการควบคุมการถอดรหัส ประมาณ 22% ของยีนที่อยู่ในเซลล์ใยเปลือกไม้ที่มีอยู่อย่างน้อยหนึ่งบรรทัดฐานผูกพันสำหรับ pumilio โนวาหรือ polypyrimidine โปรตีนทางเดินที่มีผลผูกพันในลำดับต่อเนื่องของพวกเขา ไฮไลท์เด่นของกระบวนการที่มีผลผูกพันที่ระบุไว้ในการวิเคราะห์ยีนที่เกี่ยวกับธรรมชาติของยีนที่ใช้งานจากเซลล์ใยเปลือกไม้ 78% ของ 464 โปรตีน RNA ผูกพันอยู่ในจีโนมมันฝรั่งถูกตรวจพบในยีนของเราใยเปลือกไม้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่นี่เราให้ใช้ microdissection จับเลเซอร์ ( LCM ) และ RNA seq เป็นเชิงลึก ลองโปรไฟล์ของโฟลเอ็มเกี่ยวข้องเซลล์ทั้งก้านใบและลำต้นของมันฝรั่ง เพื่อความสะดวกในการวิเคราะห์ของเรา เราได้ประโยชน์จากมันฝรั่งจีโนมที่ได้รับเมื่อเร็ว ๆนี้อย่างเต็มที่และบันทึกย่อ . ออกจาก 27 K ใบประกอบที่เราระบุไว้ประมาณ 15 K อยู่ระหว่างเซลล์ของลำต้นและก้านใบมีมากกว่าสิบคนอ่าน ของยีนเหล่านี้ประมาณ 10 K ได้รับผลกระทบจากแสง . วันนี้หลาย RNAs จากความยาวควบคุมกลุ่มยังมีมากมายในเซลล์โฟลเอ็มของก้านใบและการเข้ารหัสโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมการส่งสัญญาณหรือลอง .ประมาณ 22 % ของยีนในเซลล์โฟลเอ็มมีอย่างน้อยหนึ่งผูกแม่ลายสำหรับ pumilio , โนวา หรือ polypyrimidine ทางเดินผูกพันโปรตีนในของพวกเขาตาม ลำดับ เน้นความเด่นของการระบุยีนอภิปรัชญากระบวนการในการวิเคราะห์การใช้งานระหว่างยีนจากเซลล์78 เปอร์เซ็นต์ของโปรตีนที่จับกับ RNA ได้ปัจจุบันในมันฝรั่งจีโนมพบว่าทราน ริปโตมมฤคทายวันของเรา