3. ResultsFifteen serotypes were id

3. Results
Fifteen serotypes were identified among the 108 isolates, domi-
nated by O3:K6 (n = 52; 48%), O4:K8 (n = 20; 18%) and O1:KUT
(n = 12; 11%). Only four isolates (two O4:K8 and two O1:KUT)
from seafood products expressed one of these serotypes. Ninety-
three of the clinical but only two of the seafood product isolates
were tdh positive. However, none of the isolates carried the trh
gene (Table 1).
The numbers of alleles observed for each MLST locus were distributed
as follows: 16 (dnaE), 19 (gyrB), 20 (recA), 17 (dtdS), 14 (pntA), 19 (pyrC)
and 18 (tnaA). The number of polymorphic sites observed varied per locus
from 17 (pntA) to 50 (recA). The nucleotide diversity ranged from 0.010 to
0.025, with the highest degree of diversity and percentage of polymorphic
sites observed for dtdS (0.025, 6.77%) and recA (0.022, 6.86%). The ratio of
nonsynonymous to synonymous substitutions (dN/dS) was lower than 1
for each locus analyzed using a selection test for neutrality (Table 2).
Thirty-one different STs were identified and 17 STs were novel
to this study. ST-3 was the most abundant type (53 out of 108 isolates);
isolates with this ST were found in three different serotypes (O3:K6,
n = 47, O1:KUT, n = 5 and O4:K68, n = 1). Eight additional STs were
represented by more than one isolate including ST-189 (n = 8; all
O4:K8), ST-265 (n = 6; all O4:K8), ST-345 (n = 6; all O4:K8), ST-199
(n = 4; all O1:KUT), ST-337 (n = 3; all O4:K34), ST-8 (n = 2; O1:KUT
and O1:K56), ST-492 (n = 2; both O3:K6) and ST-787 (n = 2; both
O4:K68).
eBURST analysis revealed four clonal complexes (CC3, CC345, CC120
and CC8), and 20 singletons (Fig. 1). CC3 consisted of 58 isolates from
five STs [ST-3, founder; ST-431, SLV (gyrB); ST-435, SLV (recA); ST-
661, SLV (pntA); and ST-787, SLV (pyrC)] and three serovars (O3:K6,
O1: KUT and O4:K68). The ST-3 O3:K6 pandemic clone is located within
CC3. CC8 consists of two STs (ST-8 and ST-783) differing at the pyrC

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.
ผลสิบห้าสายพันธุ์ที่ถูกระบุในหมู่108 ไอโซเลท,
เผด็จการจากเศษโดยO3: K6 (n = 52; 48%) O4: K8 (n = 20; 18%) และ O1: กุด
(n = 12; 11% ) เพียงสี่สายพันธุ์ (สอง O4: K8 และสอง O1: กุด)
จากผลิตภัณฑ์อาหารทะเลแสดงความเป็นหนึ่งในสายพันธุ์เหล่านี้ เก้าสิบสามในทางคลินิกแต่มีเพียงสองของเชื้อผลิตภัณฑ์อาหารทะเลเป็นบวกTDH แต่ไม่มีเชื้อถือ TRH ยีน (ตารางที่ 1). ตัวเลขของอัลลีลตั้งข้อสังเกตสำหรับแต่ละสถานที่ MLST ถูกกระจายดังต่อไปนี้: 16 (dnaE), 19 (gyrB), 20 (recA), 17 (DTDs) 14 (pntA), 19 (pyrC) และ 18 (tnaA) จำนวนเว็บไซต์ polymorphic สังเกตที่แตกต่างกันต่อสถานที่ตั้งแต่วันที่17 (pntA) ถึง 50 (recA) ความหลากหลายเบื่อหน่ายอยู่ในช่วงที่จะแบบแผนที่ 0.010 จาก0.025 กับระดับสูงสุดของความหลากหลายและร้อยละของ polymorphic เว็บไซต์สังเกต DTDs (0.025, 6.77%) และมี recA (0.022, 6.86%) อัตราส่วนของnonsynonymous เพื่อแทนความหมายเหมือนกัน (DN / DS) ต่ำกว่า 1 สำหรับสถานที่แต่ละวิเคราะห์โดยใช้การทดสอบเลือกสำหรับความเป็นกลาง (ตารางที่ 2). สามสิบหนึ่ง STs ที่แตกต่างกันมีการระบุและ 17 STs เป็นนวนิยายเพื่อการศึกษาครั้งนี้ ST-3 เป็นชนิดที่มีมากที่สุด (53 จาก 108 แยก); แยกกับ ST นี้ถูกพบอยู่ในสามสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน (O3: K6, n = 47, O1: กุด, n = 5 และ O4: K68, n = 1 ) แปด STs เพิ่มเติมแสดงโดยมากกว่าหนึ่งแยกรวมทั้งST-189 (n = 8; ทุกO4: K8), ST-265 (n = 6 ทั้งหมด O4: K8), ST-345 (n = 6 ทั้งหมด O4: K8), ST-199 (n = 4 ทั้งหมด O1: กุด), ST-337 (n = 3 ทั้งหมด O4: K34), ST-8 (n = 2; O1: กุดและO1: K56) ST- 492 (n = 2 ทั้งสอง O3: K6) และ ST-787 (n = 2 ทั้งสองO4: K68). การวิเคราะห์ eBURST เปิดเผยสี่คอมเพล็กซ์ clonal (CC3, CC345 CC120, (. รูปที่ 1) และ CC8) และ 20 singletons . CC3 ประกอบด้วย 58 สายพันธุ์จากห้าSTs [ST-3, ผู้ก่อตั้ง; ST-431, SLV (gyrB); ST-435, SLV (recA); ST- 661, SLV (pntA); และ ST-787 SLV (pyrC)] และสาม serovars (O3: K6, O1: กุดและ O4: K68) ST-3 O3: K6 โคลนโรคระบาดตั้งอยู่ในCC3 CC8 ประกอบด้วยสอง STs (ST-8 และ ST-783) ที่แตกต่างกันที่ pyrC

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
สิบห้า ( ระบุใน 108 สายพันธุ์ Domi -
nated โดย O3 : K6 ( n = 52 ; 48 % ) o4 : กานต์แอร์ ( n = 20 ; 18 % ) และ 01 : กุด
( n = 12 ; 11 % ) เพียงสี่สายพันธุ์ ( 2 o4 : กานต์แอร์ และสอง 01 : กุด )
จากผลิตภัณฑ์อาหารทะเล ( แสดงหนึ่งของเหล่านี้ เก้าสิบ -
3 ของคลินิก แต่เพียงสองของผลิตภัณฑ์อาหารทะเลจาก tdh
เป็นบวก อย่างไรก็ตาม ไม่มีการแยกอุ้มเจ้าชาย
ยีน ( ตารางที่ 1 ) .
จำนวนอัลลีลที่พบในแต่ละสถานที่มีการกระจาย mlst
ดังนี้ : 16 ( dnae ) 19 ( gyrb ) 20 ( รีก้า ) , 17 ( dtds ) , 14 ( pnta ) 19 ( pyrc )
3 ( tnaa ) จำนวนของเว็บไซต์ที่แตกต่างกันที่มีต่อตนสังเกต
17 ( pnta ) 50 ( รีก้า ) i ที่มีความหลากหลายระหว่าง 0.010

0.025 ที่มีระดับสูงสุดของความหลากหลายและร้อยละของจำนวน
เว็บไซต์ ) dtds ( 0.025 , 6.77 % ) และรีก้า ( 0.022 , 6.86 % ) อัตราส่วนของ
nonsynonymous เพื่อพ้องแทน ( DN / DS ) ต่ำกว่า 1
แต่ละโลกัส โดยใช้การทดสอบความเป็นกลาง ( ตารางที่ 2 ) .
สามสิบหนึ่ง STS แตกต่างกัน พบ 17 STS เป็นนวนิยาย
เพื่อการศึกษา st-3 เป็นประเภทชุกชุมมากที่สุด ( 53 จาก 108 แยก ) ;
ไอโซเลตกับ St นี้พบใน 3 ภูมิที่แตกต่างกัน ( O3 : K6
, n = 47 01 : กุด , n = 5 และ o4 : k68 , n = 1 ) แปด STS เพิ่มเติม
แสดงโดยมากกว่าหนึ่งแยก รวมทั้ง st-189 ( n = 8 ; ทั้งหมด
o4 : กานต์แอร์ ) st-265 ( N = 6 ; ทั้งหมด o4 : กานต์แอร์ ) st-345 ( N = 6 ; ทั้งหมด o4 : กานต์แอร์ ) st-199
( n = 4 ; ทั้งหมด 01 : st-337 ( กุด ) N = 3 ; ทั้งหมด o4 : k34 ) st-8 ( n = 2 ; 01 : 01 : k56 และกุด
) st-492 ( n = 2 ; O3 : ทั้งK6 ) และ st-787 ( n = 2 ; 2
o4 : k68 )
eburst พบสี่รูปแบบการวิเคราะห์เชิงซ้อน ( cc3 cc345 cc120
, , และ cc8 ) , และ 20 singletons ( รูปที่ 1 ) cc3 จำนวน 58 ไอโซเลตจาก
5 [ st-3 STS , ผู้ก่อตั้ง ; st-431 SLV , ( gyrb ) ; st-435 SLV ( รีก้า , เซนต์ - 661 ) ;
, ( pnta SLV ) ; และ st-787 SLV , ( pyrc ) ] และสามซีโรวาร์ ( O3 : K6
01 : และ , กุด o4 : k68 ) การ st-3 O3 : K6
cc3 โคลนซึ่งตั้งอยู่ภายใน .cc8 ประกอบด้วยสองระบบ ( st-8 และ st-783 ) ต่างกันที่ pyrc