Detection of transgene insertions c

Detection of transgene insertions carrying exogenous mouse sequences

Next, we examined transgenic samples containing the insertion of elements foreign to the mouse genome. Since these sequences are not native to the mouse genome, the associated ChIP-seq reads were not expected to align to the mouse reference genome. These unmapped reads were thus realigned to a new reference sequence collection corresponding to the exogenous inserted sequence (Section 2). If these reads align to this custom reference sequence, then the presence of the sequence has been identified in the sample of interest.

All three of the test samples for the study contained insertions foreign to the mouse genome (Table 1). The foreign insertions originated from the human genome (ACTA1 and TPM3 in GMO sample 1), a viral genome (SV40 in GMO samples 1 and 2), and a common genetic engineering transfection tool (SB10 cassette in GMO sample 3). The unmapped reads were aligned to a reference genome, the detected peaks were plotted, and qualitatively examined for similarities and differences between wild-type and GMO samples (Fig. 4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การตรวจสอบของแทรก transgene พกเมาส์ภายนอกลำดับถัดไป เราตรวจสอบตัวอย่างจำลองที่ประกอบด้วยการแทรกองค์ประกอบต่างกับจีโนเมาส์ ตั้งแต่ลำดับเหล่านี้จะไม่พื้นเมืองกลุ่มเมาส์ อ่านชิ seq เกี่ยวข้องไม่คาดว่าจัดจีโนเรทเมาส์ จึงได้การปรับแต่งเหล่านี้อ่านไม่ได้แม็ปเก็บลำดับอ้างอิงใหม่ที่สอดคล้องกับลำดับการแทรกจากภายนอก (ส่วนที่ 2) ถ้าอ่านเหล่านี้จัดลำดับนี้อ้างอิงที่กำหนดเอง แล้วการปรากฏตัวของลำดับพบในตัวอย่างที่น่าสนใจตัวอย่างทดสอบสำหรับการศึกษาทั้งสามอยู่แทรกต่างกับจีโนเมาส์ (ตาราง 1) แทรกต่างมาจากมมนุษย์ (ACTA1 และ TPM3 ในจีเอ็มโอตัวอย่าง 1), จีโนมที่ไวรัส (SV40 ในตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 และ 2), และแบบพันธุวิศวกรรม transfection เครื่องมือทั่วไป (ในตัวอย่างจีเอ็มโอ 3 SB10 เทป) อ่านไม่ได้แม็ปสอดคล้องกับการอ้างอิงกลุ่ม ตรวจพบยอดพล็อต และตรวจสอบคุณภาพความเหมือนและความแตกต่างระหว่างป่าชนิดและตัวอย่างจีเอ็มโอ (4 รูป)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจหายีนแทรกแบกลำดับเมาส์ภายนอก

ต่อไปเราจะตรวจสอบตัวอย่างดัดแปรพันธุกรรมที่มีการแทรกขององค์ประกอบต่างประเทศให้กับจีโนมของเมาส์ ตั้งแต่ลำดับเหล่านี้ไม่ได้ถิ่นกำเนิดในจีโนมของเมาส์ที่เกี่ยวข้องชิป seq อ่านไม่ได้คาดว่าจะจัดไปอ้างอิงจีโนมของเมาส์ unmapped เหล่านี้อ่านตั้งหลักที่จะทำให้คอลเลกชันลำดับอ้างอิงใหม่ที่สอดคล้องกับภายนอกแทรกลำดับ (ส่วนที่ 2) ถ้าสิ่งเหล่านี้อ่านจัดลำดับการอ้างอิงที่กำหนดเองนี้แล้วการปรากฏตัวของลำดับที่ได้รับการระบุไว้ในตัวอย่างที่น่าสนใจ.

ทั้งสามของตัวอย่างทดสอบสำหรับการศึกษาที่มีการแทรกต่างประเทศให้กับจีโนมของเมาส์ (ตารางที่ 1) แทรกต่างประเทศมาจากจีโนมมนุษย์ (ACTA1 และ TPM3 ในจีเอ็มโอตัวอย่าง 1), จีโนมของไวรัส (SV40 จีเอ็มโอในตัวอย่างที่ 1 และ 2) และเครื่องมือ transfection พันธุวิศวกรรมทั่วไป (SB10 เทปในกลุ่มตัวอย่างจีเอ็มโอ 3) unmapped อ่านถูกสอดคล้องกับจีโนมอ้างอิงยอดที่ตรวจพบถูกพล็อตและการตรวจสอบคุณภาพสำหรับความเหมือนและความแตกต่างระหว่างชนิดป่าและตัวอย่างจีเอ็มโอ (รูปที่. 4)