16S rDNA sequence analysis Total ge

16S rDNA sequence analysis
Total genomic DNA was extracted from the isolated microorganism using the benzyl chloride method [7]. The purified DNA was used as the template for amplification of the full-length 16S rDNA using bacterial specific primers BSF8/20 (5’agagtttgatcctggctcag 3’) and REVB (5’ ggttaccttgttacgactt 3’) with DyNAzyme EXT DNA polymerase (Finnzyme, Espoo, Finland), according to Kanokratana et al. [8]. The PCR products were gel-purified using a QIAGEN Gel Extraction kit, ligated to pTZ57R/T vector (Fermentas, Vilnius, Lithuania) and transformed into Escherichia coli '+ĮEWKHKHDW-shock method. Transformants were selected on Luria-Bertani agar plates containing ampicillin (100 μg/ml), supplemented with 40 μg/ml 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-ȕ-d-galactopyranoside (X-GAL) and 20 μg/ml isopropyl-ȕ-d-thiogalactopyranoside (IPTG). Sequences were initially compared to the available databases using the BLAST network services to determine the approximate phylogeny.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S rDNA วิเคราะห์ลำดับ
รวมดีเอ็นเอถูกสกัดจากจุลินทรีย์ที่แยกได้โดยใช้วิธีการเบนซิลคลอไรด์ [7] ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของความยาวเต็ม 16S rDNA ใช้ไพรเมอร์โดยเฉพาะแบคทีเรีย BSF8 / 20 (5'agagtttgatcctggctcag 3) และ REVB (5 'ggttaccttgttacgactt 3') กับ DyNAzyme EXT DNA Polymerase (Finnzyme, เอสโป ฟินแลนด์) ตาม Kanokratana et al, [8] ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นเจลบริสุทธิ์โดยใช้ชุด QIAGEN เจลสกัด, ligated เพื่อ pTZ57R / T เวกเตอร์ (Fermentas วิลนีอุลิทัวเนีย) และกลายเป็นเชื้อ Escherichia coli '+ I? E ? WKH? KHDW-SHOCK วิธี Transformants ได้รับการคัดเลือกใน Luria-Bertani วุ้นแผ่นที่มี ampicillin (100 ไมโครกรัม / มิลลิลิตร) เสริมด้วย 40 ไมโครกรัม / มิลลิลิตร 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-ȕ-D-galactopyranoside (X-แกลลอน) และ 20 ไมโครกรัม / มล. ไอโซโพรพิ-ȕ-D-thiogalactopyranoside (IPTG) ลำดับแรกถูกนำมาเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลที่มีอยู่ใช้บริการเครือข่ายการระเบิดเพื่อตรวจสอบเชื้อชาติโดยประมาณ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ลำดับเบส 16S rDNAรวม genomic DNA ที่สกัดจากจุลินทรีย์ที่แยกได้โดยใช้วิธีเบนซิลคลอไรด์ [ 7 ] ทำให้ดีเอ็นเอถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของ 16S rDNA เต็มตัวโดยใช้แบคทีเรียชนิดที่เฉพาะเจาะจง bsf8 / 20 ( 5"agagtttgatcctggctcag 3 " ) และ revb ( 5 " ggttaccttgttacgactt 3 " ) กับ dynazyme ext DNA polymerase ( finnzyme Espoo , ประเทศฟินแลนด์ , ) ตาม kanokratana et al . [ 8 ] ที่เพิ่มปริมาณเจลเป็นเจลสกัดบริสุทธิ์ใช้เพิ่มชุดผูกกับ ptz57r / T เวกเตอร์ ( fermentas , Vilnius ลิทัวเนีย ) และกลายเป็นเชื้อ Escherichia coli " + Į ewkhkhdw ช็อกด้วย คัดเลือก transformants บนจานวุ้นลุเรียแบร์ตานิที่มีแอมพิซิลลิน ( 100 μ g / ml ) เสริมด้วย 40 μ g / ml 5-bromo-4-chloro-3-indolyl - ȕ - d-galactopyranoside ( x-gal ) และ 20 μ g / ml isopropyl - ȕ - d-thiogalactopyranoside ( โปรตีน ) ลำดับเริ่มต้นเมื่อเทียบกับของฐานข้อมูลโดยใช้เครือข่ายระเบิดบริการตรวจสอบระบบเชื้อชาติประมาณ