The level of ulcerogenic potential

The level of ulcerogenic potential and anti-inflammatory activities of compounds 5b and 7a prompted us to perform molecular docking studies to understand the ligand–protein interactions in detail. All the calculations were performed using MOE 2008.10 software [24] installed on 2.0G Core 2 Duo. The crystal structures of COX-1 and COX-2 enzymes complexed with flurbiprofen [25] and SC-558 [26] [1EQH, 1CX2] were used for the docking. The active site of the enzyme was defined to include residues within a 10.0 Å radius to any of the inhibitor atoms. The automated docking program of MOE was used to dock compounds 5b and 7a on the active sites of both COX-1 and COX-2 enzymes. For each compound the most stable docking model was selected according to the best scored conformation predicted by the MOE scoring function. The complexes were energy-minimized with an MMFF94 force field [27] till the gradient convergence 0.05 kcal/mol was reached. The two compounds could dock into the active site of COX-1 successfully. The binding energies of −40.17 and −7.99 kcal/mol were obtained for 5b and 7a, respectively (Table 6, Fig. 3). Compound 5b complexes with COX-1 showed the occurrence of two strong hydrogen bonds with Arg 120 and Tyr 355 with distances 2.63 Å and 2.40 Å, respectively. The lower interaction energy observed for 7a rationalizes the insufficient binding of amide fragment into the COX-1 active site than that of the carboxylate fragment of 5b (Fig. 3). The insufficient binding can be explained in terms of the occurrence of only one weak hydrogen bond between the amide group and Arg 120 (3.28 Å) and the absence of hydrogen bonding with Tyr 355. The hydrophobic phenyl ring and conjugated pi-system of the two double bonds of 5b was surrounded by active site amino acid residues Tyr 385, Leu 352, Trp 387, Gly 526, Ala 527, Val 349, Ile 523, Met 522 and Ser 530. A similar hydrophobic interaction trend was observed for 7a complexes with COX-1.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ระดับของกิจกรรมต้านการอักเสบ และอาจเกิด ulcerogenic ของสารประกอบ 5b และ 7a พร้อมท์เราดำเนินโมเลกุลเทียบศึกษาเข้าใจการโต้ตอบที่ลิแกนด์ – โปรตีนในรายละเอียด ทั้งการคำนวณดำเนินการโดยใช้ซอฟต์แวร์ MOE 2008.10 [24] การติดตั้งบน 2.0G Core 2 Duo โครงสร้างผลึกของ COX-1 และเอนไซม์ค็อกซ์-2 complexed flurbiprofen [25] และ SC-558 [26] [1EQH, 1CX2] ถูกใช้สำหรับแท่นวางอุปกรณ์ ไซต์ใช้งานของเอนไซม์ถูกกำหนดเพื่อรวมตกค้างภายใน 10.0 Åรัศมีของอะตอมยับยั้ง โปรแกรมเชื่อมต่ออัตโนมัติของ MOE ถูกใช้เพื่อท่าสาร 5b และ 7a ในไซต์งานของเอนไซม์ค็อกซ์-1 และ COX-2 สำหรับสารแต่ละแบบเชื่อมต่อมีเสถียรภาพมากที่สุดเลือกตามสุดประตูโครงสร้างที่คาดการณ์ โดย MOE ฟังก์ชั่นการให้คะแนน คอมเพล็กซ์ถูกย่อเล็กสุดพลังงาน มีแรง MMFF94 เขต [27] จนบรรจบกันไล่ระดับ 0.05 กิโลแคลอรี/โมลก็มาถึง สารทั้งสองอาจท่าลงในไซต์งานของ COX 1 เรียบร้อยแล้ว พลังงานรวมของ −40.17 และ −7.99 กิโลแคลอรี่/โมลได้รับ 5b และ 7a ตามลำดับ (ตารางที่ 6 รูปที่ 3) คอมเพล็กซ์สารประกอบ 5b ค็อกซ์ 1 แสดงให้เห็นการเกิดขึ้นของสองแรงพันธะ 120 อาร์กิวเมนต์ของค่าและ Tyr 355 มีระยะทาง 2.63 Åและ 2.40 Å ตามลำดับ พลังงานการโต้ตอบที่สังเกตสำหรับ 7a rationalizes รวมไม่เพียงพอของ amide ส่วนลงในไซต์งานค็อกซ์-1 กว่าของส่วน carboxylate ของ 5b (3 รูป) การผูกข้อมูลที่ไม่เพียงพอสามารถอธิบายได้ในแง่ของการเกิดพันธะไฮโดรเจนอ่อนแอเดียวระหว่างกลุ่ม amide และอาร์กิวเมนต์ของค่า 120 (3.28 Å) และการขาดงานของไฮโดรเจนที่พันธะกับ Tyr 355 ฝ่ามือฟีนิลแหวนและ pi ระบบรวมของพันธะคู่ที่สองของ 5b ถูกล้อมรอบ ด้วยกรดอะมิโนไซต์ใช้งานตกค้าง Tyr 385, 352 ลิว Trp 387, Gly 526, Ala 527, Val 349, Ile 523 พบ 522 และ Ser 530 เป็นเหมือนกับพบว่า แนวโน้มแบบโต้ตอบสำหรับ 7a คอมเพล็กซ์กับค็อกซ์-1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระดับของกิจกรรมที่มีศักยภาพและต้านการอักเสบของสาร ulcerogenic 5b และ 7a แจ้งให้เราดำเนินการศึกษาในระดับโมเลกุลเชื่อมต่อที่จะเข้าใจปฏิสัมพันธ์แกนด์โปรตีนในรายละเอียด การคำนวณทั้งหมดถูกดำเนินการโดยใช้กระทรวงศึกษาธิการ 2,008.10 ซอฟแวร์ [24] การติดตั้งบน 2.0G Core 2 Duo โครงสร้างผลึกของ COX-1 และ COX-2 เอนไซม์ complexed กับ flurbiprofen [25] และ SC-558 [26] [1EQH, 1CX2] ถูกนำมาใช้สำหรับการเชื่อมต่อ เว็บไซต์ที่ใช้งานของเอนไซม์ที่ถูกกำหนดให้มีสารตกค้างภายในรัศมี 10.0 ใด ๆ ของอะตอมยับยั้ง โปรแกรมเชื่อมต่ออัตโนมัติของกระทรวงศึกษาธิการถูกใช้ในการเทียบท่าสารประกอบ 5b และ 7a ในเว็บไซต์ที่ใช้งานของทั้ง COX-1 และ COX-2 เอนไซม์ สำหรับแต่ละสารประกอบรุ่นเชื่อมต่อเสถียรภาพมากที่สุดได้รับการแต่งตั้งตามโครงสร้างคะแนนที่ดีที่สุดตามคำทำนายของฟังก์ชั่นการให้คะแนนกระทรวงศึกษาธิการ คอมเพล็กซ์ถูกพลังงานลดลงกับสนามพลัง MMFF94 [27] จนบรรจบลาด 0.05 kcal / mol ก็มาถึง สารสองสามารถเทียบท่าเข้าสู่การใช้งานเว็บไซต์ของ COX-1 ที่ประสบความสำเร็จ พลังงานที่มีผลผูกพันของ -40.17 -7.99 และ kcal / mol ที่ได้รับสำหรับ 5b และ 7a ตามลำดับ (ตารางที่ 6 รูปที่. 3) คอมเพล็กซ์สารประกอบ 5b กับ COX-1 แสดงให้เห็นว่าการเกิดขึ้นของทั้งสองพันธะไฮโดรเจนที่แข็งแกร่งกับ Arg 120 และ 355 เทอร์ด้วยระยะทาง 2.63 และ 2.40 ตามลำดับ พลังงานที่ต่ำกว่าการมีปฏิสัมพันธ์สังเกต 7a rationalizes ไม่เพียงพอผูกพันของชิ้นส่วนเอไมด์เข้ามาใช้งานเว็บไซต์ COX-1 กว่าชิ้นส่วนของ carboxylate 5B (รูปที่. 3) ไม่เพียงพอผูกพันสามารถอธิบายได้ในแง่ของการเกิดเพียงหนึ่งพันธะไฮโดรเจนอ่อนแอระหว่างกลุ่มเอไมด์และ Arg 120 (3.28) และกรณีที่ไม่มีพันธะไฮโดรเจนกับเทอร์ 355 แหวน phenyl ชอบน้ำและผัน Pi-ระบบของทั้งสองที่ พันธะคู่ของ 5b ถูกล้อมรอบด้วยการใช้งานเว็บไซต์กรดอะมิโนเทอร์ 385, 352 Leu, Trp 387, Gly 526, 527 Ala วาล 349 Ile 523 Met 522 และ 530 Ser แนวโน้มการมีปฏิสัมพันธ์ที่คล้ายกันชอบน้ำเป็นข้อสังเกตสำหรับคอมเพล็กซ์ 7a กับ COX-1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ระดับ ulcerogenic ศักยภาพและต้านการอักเสบสารและกิจกรรมของ 5B 7a แจ้งเรามาศึกษาโมเลกุล Docking เข้าใจ–โปรตีนลิแกนด์ปฏิสัมพันธ์ในรายละเอียด การคำนวณทั้งหมดถูกวิเคราะห์โดยใช้โม 2008.10 ซอฟต์แวร์ [ 24 ] ติดตั้งบน 2.0g Core 2 Duo . โครงสร้างผลึกของ cox-1 และ cox-2 เอนไซม์ complexed กับเฟอร์บิโพรเฟน [ 25 ] และ sc-558 [ 26 ] [ 1eqh 1cx2 ] , ถูกใช้เพื่อเชื่อมต่อ . เว็บไซต์ที่ใช้งานของ เอนไซม์ได้นิยามรวมที่ตกค้างภายในรัศมีดังกล่าวใด ๆและกริพเพนของอะตอม เชื่อมต่ออัตโนมัติโปรแกรมโมใช้ Dock และสารประกอบ 5B 7a บนเว็บไซต์ที่ใช้งานของทั้ง cox-1 cox-2 และเอนไซม์ สำหรับสารแต่ละมั่นคง Docking แบบเลือกตามคะแนนที่ดีที่สุดของโมคะแนนทำนายด้วยฟังก์ชัน สารประกอบเชิงซ้อน คือ พลังงานลดลงด้วย mmff94 สนามพลัง [ 27 ] จนถึงลาดลู่ 0.05 กิโลแคลอรีต่อโมล ครบ สารสองสามารถท่าเรือเข้าไปในเว็บไซต์ที่ใช้งานของ cox-1 เรียบร้อยแล้ว พลังงานรวมของ−− 7.99 kcal / mol และ 40.17 และได้รับสำหรับ 5B 7a ตามลำดับ ( ตารางที่ 6 รูปที่ 3 ) สารประกอบเชิงซ้อนที่มี cox-1 5B พบการเกิดพันธะไฮโดรเจนกับสองแรงตัน 120 tyr 355 กับระยะทาง 2.63 กริพเพนกริพเพน และ 2.40 ตามลำดับ ลดการพลังงาน ) 7a rationalizes ไม่มีการจับเป็นและมี active site cox-1 กว่าของคาร์บอกซิเลตเบสของ 5B ( รูปที่ 3 ) ไม่มีผลผูกพันสามารถอธิบายได้ในแง่ของการเกิดเพียงหนึ่งอ่อนแอพันธะไฮโดรเจนระหว่างแร่ง arg และ 120 ( 3.28 Å ) และการเกิดพันธะไฮโดรเจนกับ tyr 355 . การ ) ) แหวนและผลิตภัณฑ์ของระบบ พี 2 พันธะคู่ของบีถูกล้อมรอบ ด้วยการใช้งานเว็บไซต์กรดอะมิโนตกค้าง tyr 385 , ลิว 352 TRP 387 GLY 526 , ala 527 Val 349 , ด้วยแล้ว เจอแล้วเซอร์ 530 แนวโน้มปฏิสัมพันธ์ ) ที่คล้ายกันพบว่าสำหรับเชิงซ้อน 7A กับ cox-1 .