n This package is a gene set analys

n This package is a gene set analysis function for one-sided test (OLS), twosided
test (multivariate analysis of variance).
If the experimental conditions are equal to 2, the p-value for Hotelling's t^2 test is calculated.
If the experimental conditions are great than 2, the pvalue
for Wilks' Lambda is determined and post-hoc test is reported too.
Three multiple comparison procedures, Dunnett, Tukey, and sequential pairwise comparison,
are implemented.
The program computes the p-values and FDR (false discovery rate) q-values for all gene sets.
The p-values for individual genes in a significant gene set are also listed.
MAVTgsa generates two visualization output: a p-value plot of gene sets (GSA plot) and a GSTplot
of the empirical distribution function of the ranked test statistics of a given gene set.
A Random Forests-based procedure is to identify gene sets that can accurately predict samples
from different experimental conditions or are associated with the continuous phenotypes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แพคเกจนี้เพิ่ม n ที่มียีนที่กำหนดฟังก์ชันการวิเคราะห์ทดสอบด้านเดียว (OLS), twosidedการทดสอบ (ตัวแปรพหุการวิเคราะห์ของผลต่าง)หากมีเงื่อนไขทดลองเท่ากับ 2 ค่า p สำหรับของ Hotelling t ^ 2 ทดสอบคำนวณหากมีเงื่อนไขทดลองดีกว่า 2, pvalueแลมบ์ดา Wilks' ถูกกำหนด และรายงานทดสอบแบบเฉพาะกิจลงเกินไปสามขั้นตอนเปรียบเทียบ Dunnett, Tukey และหลายลำดับเปรียบ เทียบแพร์ไวส์จะดำเนินการโปรแกรมคำนวณค่า p และค่า q FDR (อัตราการค้นพบเท็จ) สำหรับชุดยีนทั้งหมดยังอยู่ค่า p ในยีนแต่ละยีนที่สำคัญในการMAVTgsa สร้างผลการแสดงภาพประกอบเพลง 2: แปลงค่า p ของชุดยีน (พล็อต GSA) และ GSTplotของฟังก์ชันการแจกผลของสถิติทดสอบอันดับของชุดยีนที่กำหนดขั้นตอนตามป่าสุ่มจะระบุชุดของยีนที่ถูกต้องสามารถทำนายตัวอย่างจากเงื่อนไขการทดลองที่แตกต่างกันหรือไม่เกี่ยวข้องกับฟีอย่างต่อเนื่อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

n แพคเกจนี้เป็นชุดของยีนที่ฟังก์ชั่นการวิเคราะห์สำหรับการทดสอบด้านเดียว (OLS)
การพิมพ์สองหน้าการทดสอบ(การวิเคราะห์หลายตัวแปรความแปรปรวน).
ถ้าเงื่อนไขการทดลองจะเท่ากับ 2, p-value สำหรับ t Hotelling ของ ^ 2 การทดสอบจะถูกคำนวณ.
ถ้า เงื่อนไขการทดลองที่ดีกว่า 2, pvalue
สำหรับแลมบ์ดาวิลก์ส 'จะถูกกำหนดและทดสอบ post-hoc รายงานเกินไป.
สามขั้นตอนการเปรียบเทียบหลาย Dunnett, ทูกีและลำดับการเปรียบเทียบคู่,
จะดำเนินการ.
โปรแกรมคำนวณค่าพีและ . FDR (อัตราการค้นพบเท็จ) ค่า
Q-สำหรับชุดของยีนทั้งหมดพีค่าสำหรับยีนในแต่ละชุดของยีนอย่างมีนัยสำคัญนอกจากนี้ยังมีการระบุไว้.
MAVTgsa สร้างผลลัพธ์สองการสร้างภาพ: พล็อต p-value ของชุดยีน (พล็อต GSA) และ GSTplot
ของฟังก์ชั่นการกระจายเชิงประจักษ์ของสถิติทดสอบการจัดอันดับของชุดของยีนที่กำหนด.
สุ่มป่าตามขั้นตอนคือการระบุชุดยีนที่ถูกต้องสามารถทำนายตัวอย่างจากเงื่อนไขการทดลองแตกต่างกันหรือมีความเกี่ยวข้องกับ phenotypes อย่างต่อเนื่อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

- แพ็คเกจนี้เป็นฟังก์ชันการวิเคราะห์ยีนชุดทดสอบข้างเดียว ( OLS ) twosided
ทดสอบ ( เมื่อวิเคราะห์ความแปรปรวน ) .
ถ้าเงื่อนไขการทดลองจะเท่ากับ 2 , p สำหรับ Hotelling t
2 ทดสอบคำนวณ .
ถ้าเงื่อนไขการทดลองที่ดีกว่า 2 ,
p ' สำหรับวิล แลมบ์ดามุ่งมั่นและ Post Hoc Test รายงานด้วย .
3 เปรียบเทียบพหุคูณวิธี Dunnett , ,ลำดับคู่ และคู่เปรียบเทียบ

มีการใช้งาน โปรแกรมคำนวณ p-values และ FDR ( อัตราการค้นพบเท็จ ) q-values สำหรับชุดของยีนทั้งหมด
p-values สำหรับยีนแต่ละยีนสำคัญในชุดยังมีอยู่ .
mavtgsa สร้างสองภาพออก : p พล็อตของชุดยีน ( GSA แปลง ) และ gstplot
ของฟังก์ชันการแจกแจงเชิงสถิติทดสอบของการจัดอันดับของยีนที่กําหนดไว้ .
สุ่มป่าขั้นตอนใช้เพื่อระบุชุดของยีนที่ถูกต้องสามารถทำนายสภาวะการทดลองที่แตกต่างกันตัวอย่าง
จากหรือเกี่ยวข้องกับการเกิดอย่างต่อเนื่อง