AbstractThe mechanism whereby RNA i

Abstract
The mechanism whereby RNA is translocated by the
single subunit viral RNA-dependent RNA polymerases
is not yet understood. These enzymes lack homologs
of the “O-helix” structures and associated fingers
domain movements thought to be responsible for
translocation in many DNA-templated polymerases.
The structures of multiple picornavirus polymerase
elongation complexes suggest that these enzymes use
a different molecular mechanism where translocation is
not strongly coupled to the opening of the active site
following catalysis. Here we present the 2.0- to
2.6-Å-resolution crystal structures and biochemical
data for 12 poliovirus polymerase mutants that together
show how proper enzyme functions and translocation
activity requires conformational flexibility of a loop
sequence in the palm domain B-motif. Within the loop,
the Ser288-Gly289-Cys290 sequence is shown to play
a major role in the catalytic cycle based on RNA
binding, processive elongation activity, and single
nucleotide incorporation assays. The structures show
that Ser288 forms a key hydrogen bond with Asp238,
the backbone flexibility of Gly289 is required for
translocation competency, and Cys290 modulates the
overall elongation activity of the enzyme. Some
conformations of the loop represent likely intermediates
on the way to forming the catalytically competent
closed active site, while others are consistent with a role
in promoting translocation of the nascent base pair out
of the active site. The loop structure and key residues
surrounding it are highly conserved, suggesting that the
structural dynamics we observe in poliovirus 3Dpol are
a common feature of viral RNA-dependent RNA
polymerases.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
กลไก RNA ถูก translocated โดย
subunit เดียวไวรัส RNA polymerases RNA ขึ้นอยู่กับ
ไม่เข้าใจเลย เอนไซม์เหล่านี้ขาด homologs
ของ "O-เกลียว" โครงสร้างและนิ้วมือที่เกี่ยวข้อง
การเคลื่อนไหวโดเมนคิดที่จะเป็นผู้รับผิดชอบในการ
โยกย้ายใน polymerases ดีเอ็นเอ templated หลาย.
โครงสร้างของหลาย picornavirus โพลิเมอร์
เชิงซ้อนยืดตัวชี้ให้เห็นว่าเอนไซม์เหล่านี้ใช้
กลไกในระดับโมเลกุลที่แตกต่างกันที่การโยกย้ายเป็น
ไม่ได้คู่กับการเปิดใช้งานเว็บไซต์
ต่อไปนี้การเร่งปฏิกิริยา ที่นี่เรานำเสนอไป 2.0
2.6-A-ความละเอียดโครงสร้างผลึกและชีวเคมี
ข้อมูลสำหรับ 12 กลายพันธุ์โพลิเมอร์โปลิโอที่ร่วมกัน
แสดงให้เห็นว่าฟังก์ชั่นการทำงานของเอนไซม์ที่เหมาะสมและการโยกย้าย
กิจกรรมต้องมีความยืดหยุ่นของโครงสร้างห่วง
ลำดับบรรทัดฐาน B-โดเมนปาล์ม ภายในวง
Ser288-Gly289-Cys290 ลำดับแสดงให้เห็นว่าการเล่น
บทบาทสำคัญในวงจรการเร่งปฏิกิริยาขึ้นอยู่กับอาร์เอ็นเอ
ที่มีผลผูกพันและการจัดกิจกรรมการยืดตัว processive และซิงเกิ้ล
ชุดตรวจการรวมตัวกันเบื่อหน่าย โครงสร้างแสดง
ว่า Ser288 รูปแบบพันธะไฮโดรเจนสำคัญกับ Asp238,
ความยืดหยุ่นกระดูกสันหลังของ Gly289 เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับ
ความสามารถโยกย้ายและ Cys290 modulates
กิจกรรมการยืดตัวโดยรวมของการทำงานของเอนไซม์ บาง
conformations ของวงแทนตัวกลางที่มีแนวโน้ม
ในทางที่จะก่อให้เกิดอำนาจตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับ
ใช้งานเว็บไซต์ที่ปิดขณะที่คนอื่นมีความสอดคล้องกับบทบาท
ในการส่งเสริมการโยกย้ายของคู่ฐานที่พึ่งออก
ของเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ โครงสร้างห่วงและสารตกค้างที่สำคัญ
โดยรอบก็มีการอนุรักษ์อย่างมากแสดงให้เห็นว่า
การเปลี่ยนแปลงของโครงสร้างเราสังเกตในโปลิโอ 3Dpol เป็น
ลักษณะทั่วไปของไวรัส RNA ขึ้นอยู่กับ RNA
polymerases

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
กลไกโดย RNA จะ translocated โดยไวรัสอาร์เอ็นเอ ( RNA ชนิดเดียว

polymerases ยังไม่สามารถเข้าใจได้ เอนไซม์เหล่านี้ขาดโฮโมลอกส์
ของ " o-helix " โครงสร้างและการเคลื่อนไหวของนิ้วมือ
โดเมน คิดที่จะรับผิดชอบในการเคลื่อนย้ายในดีเอ็นเอ templated มากมาย

polymerases ที่เกี่ยวข้อง โครงสร้างของหลายวิธี
พิคอร์นาไวรัสสารประกอบเชิงซ้อนเอนไซม์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า การใช้กลไกระดับโมเลกุลที่แตกต่างกันที่พบ

ไม่ก็ขอคู่กับการเปิดใช้งานเว็บไซต์
ต่อไปนี้ปฏิกิริยา ที่นี่เรานำเสนอ 2.0 -
2.6 - • - ความละเอียดโครงสร้างผลึกและข้อมูลทางชีวเคมี
12 สายพันธุ์โดยโปลิโอไวรัสที่แสดงให้เห็นว่าเอนไซม์ที่เหมาะสมกัน

และโยกย้ายหน้าที่กิจกรรมต้องมีความยืดหยุ่นในห่วง
ลำดับในปาล์มเมน b-motif . ภายในห่วง
ser288-gly289-cys290 ลำดับแสดงเล่น
มีบทบาทสำคัญในวัฏจักรการใช้ RNA
ผูกพัน กิจกรรมการ processive และพยายามประสานนิวคลีโอไทด์เดียว

โครงสร้างแสดง
ที่ ser288 รูปแบบพันธบัตรไฮโดรเจน คีย์กับ asp238
,กระดูกสันหลังมีความยืดหยุ่นของ gly289 ที่จําเป็นสําหรับ
สมรรถโยกย้าย และ cys290 modulates
โดยรวมมีค่ากิจกรรมของเอนไซม์ โครงสร้างของลูปแสดงบาง

ตัวกลางอาจไปสร้าง
เชี่ยวชาญ catalytically ปิดแอคทีฟไซต์ ในขณะที่คนอื่นจะสอดคล้องกับบทบาทในการส่งเสริมการเคลื่อนย้ายของ nascent

ฐานคู่ของเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ห่วงโครงสร้างและคีย์เร
รอบมันสูงเพื่อบอกว่า
พลศาสตร์โครงสร้างเราสังเกตในโปลิโอไวรัส 3dpol เป็นคุณลักษณะทั่วไปของไวรัส RNA
.
) polymerases .