Comparison with homologous sequence

Comparison with homologous sequences was done with
ClustalW (Larkin et al., 2007). Theoretical isoelectric point (pI) and
molecular weight (mw) for the conceptually translated protein
sequences were calculated by the Expasy Protparam tool available
at http://expasy.org/. Gene ontology term was assigned through
AmiGO BLAST. Signal peptides were predicted by the SignalP
server (Petersen, 2011). Secondary structure of the protein was
predicted with an ab initio protein modelling server I-TASSER (Roy
et al., 2010). This server uses the threading technique to predict the
3D models. The server generated 5 best models based on multiple-
threading alignments and iterative template fragment assembly
simulations along with their confidence scores. The 5 models were
visualized by the Visual Molecular Dynamics (VMD) software
models, different validation techniques were used. In a similar
fashion, PROCHECK (Laskowski, 1996) and VERIFY 3D
(Eisenberg, 1997) were used to validate the predicted protein
structures. The PROCHECK software generates ramachandran plot
which nicely explains the stereochemical configuration of amino
acid residues. The VERIFY 3D analyses the compatibility of an
atomic model with its amino acid sequence. Finally, the better
model was adopted based on the aforementioned tools.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เปรียบเทียบกับลำดับ homologous ทำด้วย ClustalW (ลาร์คินร้อยเอ็ด al., 2007) ทฤษฎีจุด isoelectric (ปี่) และ น้ำหนักโมเลกุล (mw) สำหรับโปรตีนแปลทางแนวคิด ลำดับคำนวณได้ โดยเครื่องมือ Expasy Protparam ว่าง ที่ http://expasy.org/ กำหนดให้ยีนภววิทยาระยะผ่าน อะมิโก้ระเบิด สัญญาณเปปไทด์ถูกทำนาย โดยการ SignalP เซิร์ฟเวอร์ (Petersen, 2011) มีโครงสร้างรองของโปรตีน ทำนาย ด้วยโปรตีน initio ab การสร้างแบบจำลอง server ผม-TASSER (รอย ร้อยเอ็ด al., 2010) เซิร์ฟเวอร์นี้ใช้เทคนิคเธรดเพื่อทำนายการ โมเดล 3D เซิร์ฟเวอร์สร้าง 5 สุดตามหลาย - รูปแบบเธรดการจัดแนวและแอสเซมบลีส่วนแม่ซ้ำ จำลองพร้อมกับคะแนนความเชื่อมั่นของพวกเขา รุ่น 5 ได้ visualized ซอฟต์แวร์ภาพโมเลกุล Dynamics (VMD) ใช้รูปแบบ เทคนิคการตรวจสอบแตกต่างกัน ในความคล้ายคลึงกัน แฟชั่น PROCHECK (Laskowski, 1996) และการตรวจสอบสามมิติ (ไอเซนเบิร์ก 1997) ใช้ในการตรวจสอบโปรตีนคาดการณ์ โครงสร้างการ ซอฟต์แวร์ PROCHECK สร้างพล็อต ramachandran อย่างที่อธิบายการกำหนดค่า stereochemical ของอะมิโน กรดตกค้าง 3D ตรวจสอบวิเคราะห์ของการ แบบจำลองอะตอม ด้วยลำดับของกรดอะมิโน ในที่สุด ดีกว่า รูปแบบถูกนำมาใช้โดยใช้เครื่องมือดังกล่าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเปรียบเทียบลำดับได้ด้วย
clustalw ( Larkin et al . , 2007 ) ทฤษฎีจุดไอโซอิเล็กทริก ( PI ) และ
น้ำหนักโมเลกุล ( MW ) สำหรับแนวคิดแปลโปรตีน
ลำดับคำนวณด้วยเครื่องมือ protparam expasy ใช้ได้
http : / / expasy . org / ยีนอภิปรัชญาในระยะที่ได้รับมอบหมายผ่าน
ระเบิดเพื่อน เปปไทด์สัญญาณถูกคาดการณ์โดย signalp
( Petersen เซิร์ฟเวอร์ ,2011 ) โครงสร้างทุติยภูมิของโปรตีนคือ
ทำนายด้วย Ab initio โปรตีนแบบเซิร์ฟเวอร์ i-tasser ( รอย
et al . , 2010 ) Server นี้ใช้ Threading เทคนิคพยากรณ์
โมเดล 3 มิติ เซิร์ฟเวอร์ที่สร้างขึ้น 5 โมเดลที่ดีที่สุดขึ้นอยู่กับหลาย - Threading System ของแม่แบบและ

ส่วนประกอบจำลองพร้อมกับมั่นใจคะแนน โมเดล
5ภาพโดยภาพพลศาสตร์โมเลกุล ( vmd ) รุ่นซอฟต์แวร์
, เทคนิคการตรวจสอบต่าง ๆที่ใช้ ในแฟชั่นที่คล้ายกัน
, ปตท. ( laskowski , 1996 ) และตรวจสอบ 3D
( Eisenberg , 1997 ) ถูกใช้เพื่อตรวจสอบทำนายโครงสร้างโปรตีน

ส่วน ปตท. ซอฟต์แวร์สร้าง Ramachandran พล็อต
ซึ่งอย่างดีอธิบายการกำหนดค่าตกค้าง stereochemical กรดอะมิโน

การตรวจสอบความเข้ากันได้ของ 3D ~
แบบจำลองอะตอมที่มีลำดับของกรดอะมิโน สุดท้ายดีกว่า
รูปแบบเป็นลูกบุญธรรมจากเครื่องมือดังกล่าว