นายกรัฐมนตรี อยู่ในฐานะหัวหน้ารัฐบาล ซึ่งได้กำหนดนโยบายการรับจำนำข้าวมาตั้งแต่ต้น และในฐานะประธานคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติมีอำนาจหน้าที่กำหนดนโยบายและมีส่วนร่วมในการบริหารโครงการรับจำนำข้าว ได้กำหนดราคารับจำนำข้าวเปลือกสูงกว่าราคาตลาด เป็นการบิดเบือนกลไกตลาด และการดำเนินโครงการดังกล่าวปรากฏว่าได้เกิดการทุจริตในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การขึ้นทะเบียนเกษตรกร การสวมสิทธิ์เกษตรกร โกงความชื้น โกงตาชั่ง นำข้าวมาเวียนเข้าโครงการ การลักลอบนำข้าวออกจากคลัง ในส่วนของการระบายข้าวที่รับจำนำ มีการใช้อิทธิพลทางการเมืองช่วยเหลือพวกพ้องให้ได้ข้าวจากโครงการไปจำหน่าย เกิดระบบนายหน้าค้าข้าว โดยไม่เปิดประมูลข้าวอย่างเปิดเผย การทุจริตดังกล่าวได้ก่อให้เกิดภาระรายจ่ายของรัฐและภาวะขาดทุนเป็นจำนวนมาก ทั้งการอุดหนุนเกษตรกรและค่าใช้จ่ายต่างๆ เช่น การสีแปรสภาพ การขนส่ง การเก็บรักษา และยังอาจมีปัญหาข้าวเสื่อมคุณภาพ ขายข้าวขาดทุน ข้าวสูญหายจากโกดัง รัฐบาลกลายเป็นผู้ค้าข้าวรายใหญ่ ทำลายระบบการค้าข้าวโดยเสรี โรงสีและผู้ส่งออกไม่สามารถจัดหาซื้อข้าวได้เพียงพอ โรงสีในโครงการและผู้ส่งออกที่ชนะการประมูลข้าวจะมีการค้าขายที่มีข้อได้เปรียบโรงสีและผู้ส่งออกที่อยู่นอกโครงการ ตลอดจนทำให้ราคาข้าวไทยแพงกว่าคู่แข่งในต่างประเทศ ทำให้ประเทศไทยสูญเสียตลาดส่งออกที่สำคัญ
การรับจำนำข้าวเปลือกทุกเมล็ด โดยไม่จำกัดพื้นที่ผลิตและวงเงินการรับจำนำ ทำให้เกิดความเสี่ยงและความเสียหายต่อโครงการ โดยเฉพาะการนำข้าวจากประเทศเพื่อนบ้านมาสวมสิทธิ์ ตลอดจนปริมาณรับจำนำสูงเกินกว่าข้อเท็จจริง แต่คุณภาพข้าวต่ำกว่าราคาที่รับจำนำ ต่อมาเมื่อมีการระบายข้าวที่รับจำนำได้เกิดผลขาดทุนเป็นจำนวนมาก ซึ่งผู้ถูกกล่าวหาได้รับรู้ รับทราบจากรายงานผลการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวของรัฐบาล และยังรับทราบว่ามีการทุจริตในทุกขั้นตอนจากการรับจำนำข้าวและการระบายข้าว อีกทั้งปรากฏข้อเท็จจริงว่ามีชาวนาที่เข้าร่วมโครงการรับจำนำข้าวนับล้านครอบครัวไม่ได้รับเงิน ทำให้ได้รับความเดือดร้อนเสียหายหลายรายถึงกับฆ่าตัวตาย