of gene expression (CAGE) [5], syst

of gene expression (CAGE) [5], systematic empirical annotation of a
set of transcript products by 5′ rapid amplification of cDNA ends
(RACE) and high-density resolution tiling arrays [6]. However, they
are experimentally labor-intensive and they have not been widely applied
in comparison with the standard expressed sequence tag (EST)
approach for fast characterization of cDNAs [7,8].
We previously used individual EST-based gene model refinement
by classic in silico sequence analysis to revise the mRNA sequence
of 109 human chromosome 21 protein-coding genes [1]. The success
of this approach encouraged us to develop a piece of software
(“5′_ORF_Extender” software) in order to automate the steps that
were previously performed manually, applying it to the Danio rerio
(zebrafish) genome [9].
The aim of this work was to perform a systematic identification of
coding regions at the 5′ end of all human known mRNAs. However, it
proved difficult to simply transfer the method used for D. rerio to
Homo sapiens, due to the much larger size and complexity of RNA and
EST sequence databases as well as the sequence analysis (BLAST, Basic
Local Alignment Search Tool) results file. In order to overcome these
problems, a fully revised computational biology strategy was adopted,
which has been able to conclude the task for human mRNAs. We have
thus been able to compile a database containing 477 loci, out of a total
of 18,665 investigated (2.6%), where an extension of the RNA 5′ coding
region has been identified. Proof-of-concept confirmation has been
obtained by actual in vitro cloning and sequencing for GNB2L1, QARS
and TDP2 genes. The availability of the database with the results of thewhole analysis should help further to reduce the incidence of 5′ endmRNA artifacts when studying human gene structure and function in biomedical research

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ของยีน (กรง) [5], คำอธิบายการรวมระบบของการชุดของเสียงบรรยายผลิตภัณฑ์โดยขยายอย่างรวดเร็ว 5′ ของ cDNA สิ้นสุดลง(แข่งขัน) และอาร์เรย์การเรียงความละเอียด high-density [6] อย่างไรก็ตาม พวกเขามี experimentally labor-intensive และพวกเขาไม่ได้ถูกกันใช้เมื่อเปรียบเทียบกับมาตรฐานแสดงลำดับแท็ก (EST)วิธีการจำแนกอย่างรวดเร็วของ cDNAs [7,8]เราเคยใช้ยีน EST ตามแต่ละรุ่นรีไฟน์เมนท์โดยคลาสสิกใน silico วิเคราะห์แก้ไขลำดับ mRNAของ 109 โครโมโซมมนุษย์ 21 รหัสโปรตีน [1] ประสบความสำเร็จของวิธีการนี้สนับสนุนให้เราพัฒนาตัวซอฟต์แวร์(ซอฟต์แวร์ "5′_ORF_Extender") เพื่อทำขั้นตอนที่ไม่เคยปฏิบัติด้วยตนเอง ใช้กับ rerio ปลาซิวใบไผ่จีโนม (ปลาม้าลาย) [9]จุดมุ่งหมายของงานนี้คือการระบุระบบของรหัสภูมิภาคที่สุด 5′ ของ mRNAs รู้จักมนุษย์ทั้งหมด อย่างไรก็ตาม มันพิสูจน์ยากเพียงถ่ายโอนวิธีการใช้สำหรับ rerio D. การSapiens ตุ๊ด ขนาดและความซับซ้อนของอาร์เอ็นเอขนาดใหญ่ และฐานข้อมูล EST ลำดับตลอดจนการวิเคราะห์ลำดับ (ระเบิด Basicแฟ้มผลการค้นหาภายในตำแหน่งมือ) เพื่อเอาชนะเหล่านี้ถึงปัญหา ชีววิทยาเชิงคำนวณเต็มปรับปรุงกลยุทธ์ที่ได้สามารถสรุปงานสำหรับมนุษย์ mRNAs เรามีจึง ได้รวบรวมฐานข้อมูลที่ประกอบด้วย loci 477 ข่าวของ 18,665 ตรวจสอบ (2.6%), ส่วนขยายของรหัส 5′ อาร์เอ็นเอระบุภูมิภาค ยืนยันหลักฐานของแนวคิดได้รับจริงในโคลนและลำดับสำหรับ GNB2L1, QARSและยีน TDP2 ความพร้อมของฐานข้อมูลกับผลการวิเคราะห์ของ thewhole จะช่วยเพิ่มเติมเพื่อลดอุบัติการณ์ของ 5′ endmRNA วัตถุเมื่อศึกษาโครงสร้างของยีนมนุษย์และหน้าที่ในการวิจัยทางชีวการแพทย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การแสดงออกของยีน (CAGE) [5],
คำอธิบายประกอบการทดลองระบบของชุดของผลิตภัณฑ์หลักฐานจาก5 'การขยายตัวอย่างรวดเร็วของยีนปลาย
(RACE) และความละเอียดสูงความหนาแน่นอาร์เรย์ปูกระเบื้อง [6] แต่พวกเขามีแรงงานมากทดลองและพวกเขาไม่ได้รับการใช้กันอย่างแพร่หลายในการเปรียบเทียบกับมาตรฐานแท็กลำดับแสดง(EST) วิธีการสำหรับตัวละครอย่างรวดเร็วของ cDNAs [7,8]. เราแต่ละคนใช้ก่อนหน้านี้ EST ตามการปรับแต่งรูปแบบของยีนโดยคลาสสิกในการวิเคราะห์ลำดับ silico ในการแก้ไขลำดับของ mRNA ของโครโมโซมของมนุษย์ 109 21 ยีนโปรตีนเข้ารหัส [1] ความสำเร็จของวิธีการนี้ได้รับการสนับสนุนเราในการพัฒนาชิ้นส่วนของซอฟต์แวร์("5'_ORF_Extender ซอฟต์แวร์") เพื่อที่จะทำให้ขั้นตอนที่ได้ดำเนินการมาก่อนหน้านี้ด้วยตนเองใช้มันไปDanio rerio (zebrafish) จีโนม [9]. จุดมุ่งหมายของ งานนี้ก็คือการดำเนินการประจำตัวประชาชนระบบของภูมิภาคการเข้ารหัสที่ปลาย5 'ของมนุษย์ที่รู้จักกันทั้งหมด mRNAs แต่ก็ยากที่จะเพียงแค่การถ่ายโอนวิธีการที่ใช้ในการดี rerio เพื่อมนุษย์ปัจจุบันเนื่องจากขนาดที่ใหญ่มากและความซับซ้อนของอาร์เอ็นเอและลำดับEST ฐานข้อมูลรวมทั้งการวิเคราะห์ลำดับ (BLAST พื้นฐานการจัดเครื่องมือค้นหาท้องถิ่น) ผลไฟล์ . เพื่อที่จะเอาชนะเหล่านี้ปัญหากลยุทธ์ชีววิทยาแก้ไขอย่างเต็มที่เป็นลูกบุญธรรมซึ่งได้รับการสามารถที่จะสรุปงานสำหรับmRNAs ของมนุษย์ เราได้รับจึงสามารถรวบรวมฐานข้อมูลที่มี 477 ตำแหน่งที่ออกจากทั้งหมดของการตรวจสอบ18,665 (2.6%) ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของอาร์เอ็นเอ 5 'เข้ารหัสภูมิภาคได้รับการยืนยัน หลักฐานของแนวคิดที่ได้รับการยืนยันที่ได้จากการที่เกิดขึ้นจริงในหลอดทดลองและโคลนลำดับสำหรับ GNB2L1, QARS และยีน TDP2 ความพร้อมของฐานข้อมูลที่มีผลการวิเคราะห์ thewhole จะช่วยต่อไปเพื่อลดอุบัติการณ์ของ 5 สิ่งประดิษฐ์ 'endmRNA เมื่อศึกษาโครงสร้างของยีนของมนุษย์และฟังก์ชั่นในการวิจัยทางการแพทย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การแสดงออกของยีน ( กรง ) [ 5 ] , การจัดการเชิงระบบของ
ชุดผลิตภัณฑ์บรรยายไทยโดย 5 นั้นขยายอย่างรวดเร็วของ cDNA Ends
( การแข่งขัน ) และความหนาแน่นสูงความละเอียดเช่นอาร์เรย์ [ 6 ] อย่างไรก็ตาม , พวกเขาจะใช้แรงงานและพวกเขามีขนาด

ไม่ได้ใช้กันอย่างแพร่หลายในเปรียบเทียบมาตรฐานแสดงลำดับแท็ก ( EST )
วิธีการอย่างรวดเร็วของ cdnas
[ 7 , 8 )เราเคยใช้บุคคลตามรูปแบบยีน EST โสรัจจะ
โดยคลาสสิกในการวิเคราะห์ลำดับสำหรับทบทวนลำดับยีนของโครโมโซมคู่ที่ 21
109 การเข้ารหัสยีนโปรตีน [ 1 ] ความสำเร็จ
ของวิธีการนี้สนับสนุนให้เราพัฒนาชิ้นส่วนของซอฟต์แวร์
( " 5 นั้น _orf_extender ซอฟต์แวร์ " ) เพื่อที่จะได้โดยอัตโนมัติขั้นตอนที่
เคยปฏิบัติด้วยตนเอง ใช้ไป rerio
ปลาซิวใบไผ่( ปลาม้าลาย ) เป็นต้น [ 9 ] .
จุดมุ่งหมายของงานนี้คือการกำหนดระบบ
รหัสภูมิภาคที่ 5 สุดท้ายของมนุษย์ทุกคนนั้นรู้จักรหัส แต่มันพิสูจน์ยากที่จะเพียงแค่การถ่ายโอน
D

ใช้วิธี rerio โฮโมเซเปี้ยน เนื่องจากมีขนาดใหญ่มาก ขนาด และความซับซ้อนของ RNA และ
EST ลำดับฐานข้อมูล ตลอดจนการวิเคราะห์ลำดับ ( ระเบิดขั้นพื้นฐาน
เครื่องมือค้นหาท้องถิ่นจัด ) ไฟล์ผลลัพธ์ เพื่อที่จะเอาชนะปัญหาเหล่านี้
, พร้อมแก้ไขการคำนวณชีววิทยากลยุทธ์เป็นลูกบุญธรรม
ซึ่งได้สรุปงานของมนุษย์รหัส เราจึงได้รวบรวม
ฐานข้อมูลที่มีอีกตำแหน่ง จากทั้งหมด
ของ 18665 สอบสวน ( 2.6% ) ซึ่งเป็นส่วนขยายของ RNA 5 นั้นได้ระบุเขตนะครับ
.หลักฐานยืนยันแนวคิดได้รับ
ได้จริงในหลอดทดลองการโคลนนิ่งและจัดลำดับเพื่อ gnb2l1 qars
tdp2 , และยีน ความพร้อมของฐานข้อมูลกับผลลัพธ์ของการวิเคราะห์แล้วจะช่วยเพิ่มเติมเพื่อลดอุบัติการณ์ของ 5 ได้รับสิ่งประดิษฐ์ endmrna เมื่อศึกษาโครงสร้างของยีนมนุษย์และหน้าที่ในการวิจัยทางการแพทย์