Oligonucleotide microarrays designe

Oligonucleotide microarrays designed
for detection of maize genes were purchased from Affymetrix
(Santa Clara, CA). This microarray was designed using EST
contig sequences. There are 15 probes for each represented
gene on the microarray. The EST sequences are derived from
multiple inbred lines and contain sequence polymorphisms.
All polymorphic positions were masked such that when possible,
the probe sets will be robust for multiple genotypes. The
maize Affymetrix array contains 17,622 probe sets that are
designed to detect the expression of 13,495 genes. Some genes
are represented by multiple probe sets designed to detect
sense and antisense expression or the expression of alternative
transcripts. The Affymetrix array likely represents approximately
one-third of the maize genes and is likely to have a
partial bias toward highly expressed genes. However, we also
noted low expression states for many genes and a consistent
lack of expression for almost one-quarter of the genes on the
array, indicating that genes with low transcription are represented
on the array.
Plant growth and tissue collection: Eleven-day old seedlings:
Seeds for inbreds Mo17 and B73 and hybrids Mo17 3 B73
and B73 3 Mo17 were sown and grown under greenhouse
conditions for 11 days and then sampled for gene expression
analysis. Three biological replicates were planted and grown
sequentially over an
5-week period during May 2005. Seeds
were planted such that one seed of each genotype was present
in every pot. Twelve pots were selected for tissue collection;
thus 12 plants were sampled per genotype. All plants were
sampled between 9 am and 10 am and plants were cut immediately
above the highest root; thus all aboveground tissues
and meristems were sampled. The sampled tissues were flash
frozen in liquid nitrogen and stored at 80 prior to RNA
isolation.
Immature ears: Immature ears from inbreds Mo17 and B73
and hybrids Mo173B73 and B733Mo17 were collected from
field-grown maize plants during July 2005 for gene expression
analysis. The maize plants were grown on the St. Paul campus
Agricultural Experiment Station. Ears were collected for each
genotype between 9 am and 11 am on each of three consecutive
days from various positions in the field. Ears ranging
from 3.7 to 5.4 mm in length were sampled. Ears were flash
frozen in liquid nitrogen following the manual removal of
husks and silks.
Embryos: Embryos were collected from kernels of inbreds
Mo17 and B73 and hybrids Mo17 3 B73 and B73 3 Mo17 for
gene expression analysis. Samples were collected during August
2005 from field-grown maize plants grown on the St. Paul
campus Agricultural Experiment Station. Inbred and hybrid
crosses were performed at three different time intervals within
the same week. Embryos were collected at 19 days after
pollination (DAP) for the three bioreplicates. All tissues were
flash frozen in a dry ice-cooled ethanol bath and subsequently
stored at 80. We collected the plant materials for each biological
replicate on the same date between 9 am and 10 am.
The three biological replicates represent collections performed
on three different dates.
RNA isolation: For seedling RNA isolation, tissues from 12
seedlings/genotype/biological replicate were pooled and
ground in liquid nitrogen. For immature ear RNA isolation,
tissues from 6 ears/genotype/biological replicate were pooled
and ground in liquid nitrogen. RNAs were extracted using
Trizol reagent according to the manufacturer’s instructions
(Invitrogen, Carlsbad, CA). All RNAs were subsequently subjected
to DNAse treatment and phenol:chloroform extraction.
RNAs were precipitated with 0.13 volume sodium acetate
(pH 5.5) and 2.53 volume ethanol. Resuspended RNAs were
purified further using the RNeasy system, according to the
manufacturer’s instructions (QIAGEN, Valencia, CA). Five
embryos from six different 19 DAP ears were pooled and
ground in liquid nitrogen. Embryo RNAs were isolated using
the plant RNeasy kit, according to the manufacturer’s

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Oligonucleotide microarrays การออกแบบตรวจยีนข้าวโพดซื้อจาก Affymetrix(ซานตาคลารา CA) Microarray นี้ถูกออกแบบมาใช้ ESTcontig ลำดับ มีคลิปปากตะเข้ 15 สำหรับแต่ละรายการที่แสดงยีนบน microarray ลำดับ EST มาจากหลาย inbred บรรทัด และประกอบด้วยลำดับ polymorphismsตำแหน่งทั้งหมด polymorphic ถูกหลอกลวงเช่นว่าเมื่อได้ชุดโพรบจะมีประสิทธิภาพในการศึกษาจีโนไทป์หลาย ที่ชุดโพรบ 17,622 ที่ประกอบด้วยข้าวโพด Affymetrix เรย์ออกแบบมาเพื่อตรวจสอบค่าของยีน 13,495 ยีนบางจะแสดง โดยใช้โพรบหลาย ๆ แบบความรู้สึกและ antisense นิพจน์หรือค่าของทางเลือกใบแสดงผลการ หมายถึงอาร์เรย์ Affymetrix น่าจะประมาณหนึ่งในสามของยีนข้าวโพด และมีแนวโน้มที่จะมีการบางส่วนความโน้มเอียงไปทางสูงแสดงยีน อย่างไรก็ตาม เรายังสังเกตสถานะต่ำนิพจน์หลายยีนและความสอดคล้องกันขาดของนิพจน์สำหรับเกือบหนึ่งไตรมาสของยีนในการอาร์เรย์ การบ่งชี้ว่า ยีน มี transcription ต่ำจะแสดงในอาร์เรย์พืชเจริญเติบโตและเนื้อเยื่อคอลเลกชัน: กล้าไม้เอ็ด - วันเก่า:เมล็ดพืชลูกผสม Mo17 3 B73 inbreds Mo17 และ B73และหว่าน และปลูกใต้เรือนกระจก B73 3 Mo17เงื่อนไขวันที่ 11 และตัวอย่างการแสดงออกของยีนนั้นวิเคราะห์ เหมือนกับชีวภาพสามปลูก และเติบโตขึ้นผ่านเป็นเวลา 5 สัปดาห์ในช่วง 2548 พฤษภาคมตามลำดับ เมล็ดพืชwere planted such that one seed of each genotype was presentin every pot. Twelve pots were selected for tissue collection;thus 12 plants were sampled per genotype. All plants weresampled between 9 am and 10 am and plants were cut immediatelyabove the highest root; thus all aboveground tissuesand meristems were sampled. The sampled tissues were flashfrozen in liquid nitrogen and stored at 80 prior to RNAisolation.Immature ears: Immature ears from inbreds Mo17 and B73and hybrids Mo173B73 and B733Mo17 were collected fromfield-grown maize plants during July 2005 for gene expressionanalysis. The maize plants were grown on the St. Paul campusAgricultural Experiment Station. Ears were collected for eachgenotype between 9 am and 11 am on each of three consecutivedays from various positions in the field. Ears rangingfrom 3.7 to 5.4 mm in length were sampled. Ears were flashfrozen in liquid nitrogen following the manual removal ofhusks and silks.Embryos: Embryos were collected from kernels of inbredsMo17 and B73 and hybrids Mo17 3 B73 and B73 3 Mo17 forgene expression analysis. Samples were collected during August2005 from field-grown maize plants grown on the St. Paulcampus Agricultural Experiment Station. Inbred and hybridcrosses were performed at three different time intervals withinthe same week. Embryos were collected at 19 days afterpollination (DAP) for the three bioreplicates. All tissues wereflash frozen in a dry ice-cooled ethanol bath and subsequentlystored at 80. We collected the plant materials for each biologicalreplicate on the same date between 9 am and 10 am.The three biological replicates represent collections performedon three different dates.RNA isolation: For seedling RNA isolation, tissues from 12seedlings/genotype/biological replicate were pooled andground in liquid nitrogen. For immature ear RNA isolation,tissues from 6 ears/genotype/biological replicate were pooledand ground in liquid nitrogen. RNAs were extracted usingTrizol reagent according to the manufacturer’s instructions(Invitrogen, Carlsbad, CA). All RNAs were subsequently subjectedto DNAse treatment and phenol:chloroform extraction.RNAs were precipitated with 0.13 volume sodium acetate(pH 5.5) and 2.53 volume ethanol. Resuspended RNAs werepurified further using the RNeasy system, according to themanufacturer’s instructions (QIAGEN, Valencia, CA). Fiveembryos from six different 19 DAP ears were pooled andground in liquid nitrogen. Embryo RNAs were isolated usingthe plant RNeasy kit, according to the manufacturer’s

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

oligonucleotide microarrays
ได้รับการออกแบบสำหรับการตรวจสอบของยีนข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ที่ซื้อมาจากAffymetrix
(ซานตาคลารา, แคลิฟอร์เนีย) microarray นี้ได้รับการออกแบบโดยใช้ EST
contig ลำดับ มี 15
โพรบสำหรับแต่ละตัวแทนที่มียีนmicroarray ลำดับ EST
จะได้มาจากสายพันธุ์ที่หลากหลายและมีความหลากหลายลำดับ.
ตำแหน่ง polymorphic
ทั้งหมดถูกหลอกลวงดังกล่าวว่าเมื่อเป็นไปได้ชุดสอบสวนจะมีประสิทธิภาพสำหรับยีนหลาย
ข้าวโพดอาร์เรย์ Affymetrix มี 17,622
ชุดสอบสวนที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อตรวจสอบการแสดงออกของยีนที่13495 ยีนบางคนเป็นตัวแทนจากชุดสอบสวนหลายออกแบบมาเพื่อตรวจสอบความรู้สึกและการแสดงออกantisense หรือการแสดงออกของทางเลือกจิตบำบัด อาร์เรย์ Affymetrix แนวโน้มแสดงให้เห็นถึงประมาณหนึ่งในสามของยีนข้าวโพดและมีแนวโน้มที่จะมีอคติต่อยีนบางส่วนแสดงความสูง อย่างไรก็ตามเรายังตั้งข้อสังเกตรัฐแสดงออกต่ำยีนจำนวนมากและสอดคล้องขาดการแสดงออกเป็นเวลาเกือบหนึ่งในสี่ของยีนในอาเรย์แสดงให้เห็นว่ายีนที่มีการถอดความต่ำจะแสดงบนอาร์เรย์. เจริญเติบโตของพืชและการเก็บเนื้อเยื่อ: สิบเอ็ดวัน ต้นกล้าอายุเมล็ดพันธุ์สำหรับสายพันธุ์Mo17 และ B73 และลูกผสม Mo17 3 B73 และ B73 3 Mo17 ถูกหว่านและปลูกเรือนกระจกภายใต้เงื่อนไขเป็นเวลา11 วันและชิมแล้วสำหรับการแสดงออกของยีนการวิเคราะห์ สามซ้ำชีวภาพถูกนำมาปลูกและเติบโตขึ้นตามลำดับมากกว่า? ระยะเวลา 5 สัปดาห์ในช่วงเดือนพฤษภาคมปี 2005 เมล็ดพันธุ์ถูกนำมาปลูกดังกล่าวว่าเมล็ดพันธุ์แต่ละถูกนำเสนอในหม้อทุก สิบสองหม้อได้รับการคัดเลือกในการเก็บรวบรวมเนื้อเยื่อทำให้พืช 12 ตัวอย่างต่อพันธุกรรม พืชทั้งหมดถูกเก็บตัวอย่าง 09:00-10:00 และพืชที่ถูกตัดทันทีข้างต้นรากสูงสุด; ทำให้เนื้อเยื่อเหนือพื้นดินทั้งหมดและ meristems เก็บตัวอย่าง ตัวอย่างเนื้อเยื่อถูกแฟลชแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวและเก็บไว้ที่? 80? ก่อนที่จะมีอาร์เอ็นเอ. แยกหูอ่อน: หูอ่อนจาก inbreds Mo17 และ B73 และลูกผสม Mo173B73 และ B733Mo17 ถูกเก็บรวบรวมจากสนามพืชที่ปลูกข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ในช่วงเดือนกรกฎาคม2005 การแสดงออกของยีนการวิเคราะห์ พืชข้าวโพดที่ปลูกในมหาวิทยาลัยเซนต์ปอลสถานีทดลองเกษตร หูที่ถูกเก็บรวบรวมสำหรับแต่ละจีโนไทป์ 09:00-11:00 ในแต่ละติดต่อกันสามวันนับจากตำแหน่งต่างๆในสนาม หูตั้งแต่3.7-5.4 มิลลิเมตรยาวเก็บตัวอย่าง หูแฟลชถูกแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวต่อไปนี้การกำจัดคู่มือของเปลือกและผ้าไหม. ตัวอ่อน: ตัวอ่อนที่ถูกเก็บรวบรวมจากเมล็ดของสายพันธุ์Mo17 และ B73 และลูกผสม Mo17 3 B73 และ B73 3 Mo17 สำหรับการวิเคราะห์การแสดงออกของยีน เก็บตัวอย่างในช่วงเดือนสิงหาคม2005 สนามที่ปลูกพืชข้าวโพดที่ปลูกในเซนต์พอลมหาวิทยาลัยสถานีทดลองเกษตร พันธุ์แท้และลูกผสมข้ามได้ดำเนินการในสามช่วงเวลาที่แตกต่างกันภายในสัปดาห์เดียวกัน ตัวอ่อนที่ถูกเก็บรวบรวมใน 19 วันหลังจากการผสมเกสร(DAP) สำหรับงวดสาม bioreplicates เนื้อเยื่อทั้งหมดถูกแฟลชแช่แข็งในเอทานอลอาบน้ำน้ำแข็งเย็นแห้งและต่อมาเก็บไว้ที่? 80 ?. เราเก็บรวบรวมวัสดุพืชสำหรับแต่ละชีวภาพซ้ำในวันเดียวกัน 09:00-10:00. สามซ้ำทางชีวภาพเป็นตัวแทนของคอลเลกชันดำเนินการในวันที่สามวันที่แตกต่างกัน. แยก RNA: สำหรับการแยกอาร์เอ็นเอของต้นกล้าเนื้อเยื่อจาก 12 ต้นกล้า / จีโนไทป์ / ซ้ำทางชีวภาพได้ รวบรวมและพื้นดินในไนโตรเจนเหลว สำหรับการแยก RNA หูอ่อนเนื้อเยื่อจาก6 หู / จีโนไทป์ / ซ้ำทางชีวภาพที่ได้รวบรวมและพื้นดินในไนโตรเจนเหลว RNAs ถูกสกัดโดยใช้น้ำยาTrizol ตามคำแนะนำของผู้ผลิต(Invitrogen, Carlsbad, CA) ทั้งหมด RNAs ถูกยัดเยียดภายหลังการรักษาDNase และฟีนอล. สกัดคลอโรฟอร์มRNAs ถูกตกตะกอนกับ 0.13 ปริมาณโซเดียมอะซิเตท(pH 5.5) และเอทานอลปริมาณ 2.53 RNAs resuspended ถูกบริสุทธิ์ต่อการใช้ระบบRNeasy ที่เป็นไปตามคำแนะนำของผู้ผลิต(QIAGEN, วาเลนเซีย, CA) ห้าตัวอ่อนจากหกที่แตกต่างกัน 19 หู DAP ถูกรวบรวมและพื้นดินในไนโตรเจนเหลว RNAs ตัวอ่อนที่แยกได้โดยใช้พืชชุดRNeasy ตามที่ผู้ผลิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ซึ่งการแสดงออกแบบ
ตรวจหายีนข้าวโพด ซื้อมาจาก affymetrix
( ซานตา คลาร่า , แคลิฟอร์เนีย ) ไมโครอาเรย์นี้ถูกออกแบบโดยใช้ EST
contig ลำดับ มี 15 ฟิวส์ใน microarray แต่ละแทน
ยีน ลำดับ EST จะได้มาจาก
สายพันธุ์แท้หลายและมีความหลากหลายที่มีลำดับ .
ตำแหน่งถูกสวมหน้ากากเช่น
เมื่อเป็นไปได้สอบสวนชุดจะมีประสิทธิภาพสำหรับหลายพันธุ์ .
ข้าวโพด affymetrix เรย์มี 17622 สอบสวนชุดที่มี
ที่ออกแบบมาเพื่อตรวจสอบการแสดงออกของยีน 13495 . ยีนบางตัวจะแสดงโดยหลายตัว

ชุดที่ออกแบบมาเพื่อตรวจสอบความรู้สึกและการแสดงออกหรือการแสดงออกของยีน antisense แทน

อาร์เรย์ affymetrix น่าจะประมาณ
หมายถึงหนึ่งในสามของข้าวโพดและยีนน่าจะมี
บางส่วนอคติที่มีต่อสูงแสดงออกยีน อย่างไรก็ตาม เรายัง
สังเกตต่ำหลายยีนและการแสดงออกของรัฐสอดคล้อง
ขาดการแสดงออกเกือบหนึ่งในสี่ของยีนบน
เรย์ ระบุว่า ยีนกับถอดความต่ำแทน

กับเรย์ การเจริญเติบโตของพืชและเก็บเนื้อเยื่อต้นกล้าอายุ 11 วัน :
:เมล็ดสายพันธุ์แท้และลูกผสม b73 mo17 และ mo17 b73
3 และ 3 mo17 b73 ถูกหว่านและปลูกภายใต้สภาพโรงเรือน
11 วันแล้ว โดยการวิเคราะห์การแสดงออก
ยีน สามแบบชีวภาพ ปลูกและปลูก
เป็นมากกว่า
ระยะเวลา 5 สัปดาห์ในเดือนพฤษภาคม 2005 เมล็ดพันธุ์ที่ปลูก เช่น เมล็ดเดียว

ในแต่ละ genotype เป็นปัจจุบันทุกหม้อสิบสองกระถางสุ่มเก็บเนื้อเยื่อ ;
ดังนั้น 12 โรง จำนวนต่อพันธุกรรม . ทั้งหมดพืช
ตัวอย่างระหว่าง 9 และ 10 และพืชที่ถูกตัดทันที
เหนือรากสูงสุด ดังนั้นทั้งหมดเหนือพื้นดินและเนื้อเยื่อ
meristems จำนวน . ตัวอย่างเนื้อเยื่อที่ถูกแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวและแฟลช
เก็บไว้ที่  80  ก่อนแยก RNA
.
เด็กหู :เด็กหูจากสายพันธุ์แท้และลูกผสม mo173b73 และ mo17 b73

b733mo17 และเก็บจากเขตปลูกข้าวโพดพืชในช่วงเดือนกรกฎาคม 2005
การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน ข้าวโพดปลูกใน เซนต์ พอล วิทยาเขต
สถานีทดลองเกษตร . หู ศึกษาด้านพันธุกรรมระหว่างแต่ละ
9 และ 11 am ในแต่ละสามวันติดต่อกัน
จากตำแหน่งต่าง ๆในเขต หูตั้งแต่
จาก 3.7 5.4 มม. จำนวน . หูถูกแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวตามแฟลช

" คู่มือการกำจัดของเส้นไหม .
: ตัวอ่อนตัวอ่อนจากการเก็บเมล็ดของ mo17 สายพันธุ์แท้และลูกผสม และ b73
3 และ mo17 b73 b73 3 mo17 สำหรับ
การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน ทำการเก็บตัวอย่างในช่วงเดือนสิงหาคม
2005 จากสนามโตข้าวโพดที่ปลูกใน เซนต์ พอล
สถานีทดลองเกษตรวิทยาเขต . สายพันธุ์แท้และลูกผสมคู่ผสมแสดง

สามช่วงเวลาที่ต่างกันภายในสัปดาห์เดียวกัน การเก็บตัวอ่อนที่ 19 วัน หลังจากการผสมเกสร ( DAP )
3 bioreplicates . เนื้อเยื่อที่ทั้งหมดถูก
แฟลชแช่แข็งในน้ำแข็งแห้ง ระบายความร้อนด้วยนํ้าอ้อยและต่อมา
เก็บไว้ที่  80  . เรารวบรวมพืชชีวภาพ
สำหรับแต่ละทำซ้ำในวันเดียวกันระหว่าง 9 และ 10 am .
3 ทางชีวภาพแบบเป็นตัวแทนของคอลเลกชัน )
3
วันที่แตกต่างกัน แยก RNA : ต้นกล้า RNA แยกเนื้อเยื่อจาก 12
ต้นกล้า / พันธุกรรม / ชีวภาพเลียนแบบถูก pooled และ
บดในไนโตรเจนเหลว สำหรับเด็กหู RNA การแยกเนื้อเยื่อจากหู /
6 จี / ชีวภาพเลียนแบบเป็นพู
และบดในไนโตรเจนเหลว RNAs สกัดใช้
trizol รีเอเจนต์ตามคําแนะนําของผู้ผลิต
( Invitrogen Carlsbad , CA ) ทั้งหมดอยู่ภายใต้การตรวจหา ADNase RNAs ในภายหลัง
รักษาและฟีนอล : การสกัดคลอโรฟอร์ม
RNAs ถูกตกตะกอนกับ 0.13 ปริมาณโซเดียมอะซิเตต
( pH 5.5 ) และไม่มีปริมาณเอทานอล resuspended RNAs ถูก
เพิ่มเติม โดยใช้ระบบ rneasy บริสุทธิ์ ,ตามคำแนะนำของผู้ผลิต (
เร็ง , Valencia , CA ) 5
ตัวอ่อนจากหกที่แตกต่างกัน 19 DAP หู pooled และ
บดในไนโตรเจนเหลว ตัวอ่อน RNAs แยกใช้
พืช rneasy Kit , ตาม ของผู้ผลิต