Sequencing of amplified 16S rRNAThe

Sequencing of amplified 16S rRNA
The amplified 16S rRNA were purified by using a QIAquick
PCR purification kit (Qiagen, Hilden, Germany) according
to the manufacturer’s instructions and then sequenced by
a Korean sequencing company (Macrogene). The isolates
were then identified and discriminated by blasting their
sequences with BLAST software (http://blast.ncbi.nlm.
nih.gov/Blast.cgi). The strains were then compared with the
sequences deposited in NCBI and GenBank.
Low pH and high concentrations of bile salts
tolerance tests
Bacterial stocks were incubated in 5 mL of MRS growth
medium at 37°C for 24 h. Then, 200 lL of bacterial
media were incubated in 5 mL of fresh medium for
another 24 h. Bacterial cells were suspended by centrifuging
at 2000g for 15 min and then washed twice with PBS
(Phosphate-buffered saline). Thereafter, the cells were resuspended
in adjusted PBS (1 mL) with pH 2.5 or mediaTHIO
(thioglycollate media) broth (37°C) for 3 h. The
media-THIO broth was prepared by mixing MRS broth
with 0.3% (w/v) oxgall and 0.2% (w/v) sodium thioglycollate
(Sigma, St. Louis, MO, USA). The resistant cells
were isolated, and their survival rates were calculated by
using the pour plate technique in agar media; the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับของขยาย 16S rRNA16S เอาต์ที่ rRNA ที่บริสุทธิ์ โดยใช้การ QIAquickPCR ฟอกชุด (Qiagen, Hilden เยอรมนี) ตามให้คำแนะนำของผู้ผลิต และจากนั้น เรียงลำดับตามบริษัทเกาหลีลำดับ (Macrogene) การแยกได้ระบุ แล้ว discriminated โดยระเบิดของพวกเขาลำดับกับซอฟต์แวร์ระเบิด (http://blast.ncbi.nlmnih.gov/Blast.cgi) สายพันธุ์ถูกแล้วเปรียบเทียบกับการลำดับที่ฝากใน GenBank NCBIค่า pH ต่ำและสูงความเข้มข้นของเกลือน้ำดีทดสอบการยอมรับหุ้นจากแบคทีเรียถูก incubated ใน 5 mL ของนางเจริญเติบโตกลางที่ 37° C ใน 24 ชม แล้ว 200 จะของแบคทีเรียสื่อถูก incubated ใน 5 mL ของสดปานกลาง24 h. อีกเซลล์แบคทีเรียถูกหยุดชั่วคราว โดย centrifugingที่ g 2000 สำหรับ 15 นาที และล้าง ด้วย PBS สองครั้งแล้ว(Buffered ฟอสเฟตน้ำเกลือ) หลังจากนั้น มี resuspended เซลล์ในการปรับปรุง PBS (1 มล) มีค่า pH 2.5 หรือ mediaTHIO(thioglycollate media) ซุป (37° C) สำหรับ 3 h. การซุป THIO สื่อถูกเตรียม โดยผสมนางซุป0.3% (w/v) oxgall และ thioglycollate โซเดียม 0.2% (w/v)(ซิก St. Louis, MO สหรัฐอเมริกา) เซลล์ทนต่อได้แยก และมีคำนวณอัตราการอยู่รอดโดยการใช้เทคนิคจานเทใน agar media ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับเบส 16S rRNA ของเบสเบสเบส 16S rRNA
ได้ทำให้บริสุทธิ์โดยใช้ qiaquick
PCR ฟอก Kit ( QIAGEN Hilden เยอรมนี ,
) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต จากนั้นทำการโดย
บริษัทจัดลำดับเกาหลี ( macrogene ) การระบุและจำแนกสายพันธุ์
แล้วโดยลำดับของพวกเขาระเบิด
กับซอฟต์แวร์ระเบิด ( http : / / ระเบิด ncbi . nlm .
NIH . gov / ระเบิด CGI )สายพันธุ์ที่ถูกเปรียบเทียบกับลำดับฝากไว้ในขนาดและ ncbi
.
pH ต่ำ และความเข้มข้นสูงของน้ำดีเกลือ

ยอมรับการทดสอบแบคทีเรียหุ้น ) 5 มิลลิลิตรอาหารเลี้ยงเชื้อ MRS ที่ 37 ° C
เป็นเวลา 24 ชั่วโมง แล้ว 200 จะของแบคทีเรีย
สื่อ ) 5 ml ) สด
อีก 24 ชั่วโมง เซลล์แบคทีเรียที่ถูกระงับโดยการเซนตริฟิว
ที่ 2000g 15 นาทีแล้วล้างซ้ำด้วย PBS
( ฟอสเฟตบัฟเฟอร์น้ำเกลือ ) หลังจากนั้นเซลล์ก็ resuspended
PBS ( 1 มิลลิลิตร ) ในการปรับ pH 2.5 หรือ mediathio
( thioglycollate สื่อ ) ซุป ( 37 ° C ) 3 H .
สื่อเทียว broth เตรียมโดยการผสมอาหารเหลว MRS
0.3% ( w / v ) และ oxgall 0.2% ( w / v ) thioglycollate โซเดียม
( Sigma , St . Louis , MO , USA ) ป้องกันเซลล์
ถูกแยกและอัตราการอยู่รอดของตนเองได้ โดยการใช้เทคนิคในการเท
แผ่นวุ้นสื่อ