- ข้อความ
- ประวัติศาสตร์
4. Identification of syntenic block
4. Identification of syntenic blocks between melon and cucumber chromosomes
Among the 401 markers present on the consensus melon map, 199 were SSR or CAPS markers developed from cucumber, one from the watermelon, and the remaining 201 were derived from melon. The cucumber Gy14 and 9930 draft genome scaffold locations of these 401 markers were predicted by in silico PCR or BLAST searches of the cucumber draft genome sequences.Seventy-four of the 401 markers on the consensus melon map had no in silico PCR products or BLAST hits suggesting that they may be specific to the melon genome. Three markers (CMN53_36, UW084111, and SSR05758) were located in sequences that were annotated as repeated sequences [42], and, therefore, their cucumber scaffold locations were difficult to determine. The remaining 324 markers could be assigned to the Gy14 and 9930 cucumber scaffolds. The scaffold names and physical positions of these markers are presented in Table S3 (Additional File 1). Once the association of these markers on the melon consensus map with cucumber scaffolds was established, the locations of these cucumber scaffolds in the seven chromosomes of cucumber were deduced from published
cucumber genetic maps [43,67-69] (provided in Table S4, Additional File 1). Among the 401 markers placed on the melon consensus map, 79 have been mapped in previous cucumber mapping studies [43,67-69]. Therefore, their locations on cucumber genetic maps could be assigned directly. For markers with associated cucumber scaffold(s), their map locations
in the cucumber genome was inferred by other markers derived from the same scaffold, which had been previously placed on cucumber maps (Table S4). However,three markers (UW060336, LycB, and CMCTN7)were located in cucumber scaffolds from which no marker
has been mapped. Therefore, their locations in the cucumber genome were unknown.With molecular markers shared between the melon and cucumber genetic maps or linked by cucumber draft genome scaffolds, syntenic relationships between cucumber and melon chromosomes could be directly inferred. Figure 2 depicts a view of the 12 melon chromosomes consisting of cucumber syntenic blocks (Chromosomes I to XII, where each melon chromosome is portrayed in increasing order of map saturation). Inspection of Figure 2 and Table S3 indicated that melon Chromosome I was syntenic to cucumber Chromosome 7. Likewise, Chromosomes II and XII were syntenic with cucumber Chromosome 1; Chromosomes IV and VI were syntenic with cucumber Chromosome 3; and Chromosomes IX and X were syntenic with cucumber Chromosome 5. Similarly, the three melon chromosomes
III, VIII, and XI contained blocks that were syntenic to two cucumber chromosomes, 2+6, 4+6, and 2+6, respectively. These melon-cucumber syntenic relationships
are summarized in Table 2.It has been previously hypothesized that cucumber chromosomes evolved from a progenitor species with 2n= 2 × = 24 chromosomes through chromosome fusion([42]; also see Discussion below). Thus, a melon syntenic block view of cucumber chromosomes was developed which is shown in Figure 3. In this view, the
scaffolds in each cucumber chromosome were arranged in the same order as were marker loci on cucumber genetic maps. In most cases, the high resolution genetic
map developed by Ren et al. [43] was used as a reference for ordering those scaffolds. In rare instances, however,marker locations did not coincide with those of Ren et al. [43] and, thus, other more recent cucumber genetic maps [67-69] were consulted to infer marker map locations (data not shown).The arrangement of melon syntenic blocks across the seven cucumber chromosomes indicates that cucumber chromosome evolution is more complex than simple chromosome fusion (Figure 3). For instance, cucumber
Chromosome 7 was homoeologous to melon Chromosome I along its entire length. Cucumber Chromosomes 2 and 6 each contained three syntenic blocks detected in melon Chromosomes V+XI+III, and III+XI+XIII, respectively, and the remaining four cucumber chromosomes
(1, 3, 4, and 5) were syntenic with two melon chromosomes but differed in patterns of arrangement of melon syntenic blocks. Cucumber Chromosome 1 was syntenic to melon Chromosome II and XII, whereas cucumber Chromosome 5 was syntenic to melon Chromosome
IX and X. In both cases, the syntenic blocks from the two melon chromosomes were arranged alternatively along each cucumber chromosome. In contrast, the syntenic blocks residing in melon Chromosomes VI and IV were in a side-by-side alignment in cucumber Chromosome 3. Lastly, cucumber Chromosome 4 housed syntenic blocks of melon Chromosome VII and VIII, but the syntenic block of melon Chromosome VIII was found to be incorporated into the syntenic block of melon Chromosome VII. Taken collectively, these syntenic patterns were suggestive of a complex history of chromosomal structure changes during cucumber evolution.
Among the 401 markers present on the consensus melon map, 199 were SSR or CAPS markers developed from cucumber, one from the watermelon, and the remaining 201 were derived from melon. The cucumber Gy14 and 9930 draft genome scaffold locations of these 401 markers were predicted by in silico PCR or BLAST searches of the cucumber draft genome sequences.Seventy-four of the 401 markers on the consensus melon map had no in silico PCR products or BLAST hits suggesting that they may be specific to the melon genome. Three markers (CMN53_36, UW084111, and SSR05758) were located in sequences that were annotated as repeated sequences [42], and, therefore, their cucumber scaffold locations were difficult to determine. The remaining 324 markers could be assigned to the Gy14 and 9930 cucumber scaffolds. The scaffold names and physical positions of these markers are presented in Table S3 (Additional File 1). Once the association of these markers on the melon consensus map with cucumber scaffolds was established, the locations of these cucumber scaffolds in the seven chromosomes of cucumber were deduced from published
cucumber genetic maps [43,67-69] (provided in Table S4, Additional File 1). Among the 401 markers placed on the melon consensus map, 79 have been mapped in previous cucumber mapping studies [43,67-69]. Therefore, their locations on cucumber genetic maps could be assigned directly. For markers with associated cucumber scaffold(s), their map locations
in the cucumber genome was inferred by other markers derived from the same scaffold, which had been previously placed on cucumber maps (Table S4). However,three markers (UW060336, LycB, and CMCTN7)were located in cucumber scaffolds from which no marker
has been mapped. Therefore, their locations in the cucumber genome were unknown.With molecular markers shared between the melon and cucumber genetic maps or linked by cucumber draft genome scaffolds, syntenic relationships between cucumber and melon chromosomes could be directly inferred. Figure 2 depicts a view of the 12 melon chromosomes consisting of cucumber syntenic blocks (Chromosomes I to XII, where each melon chromosome is portrayed in increasing order of map saturation). Inspection of Figure 2 and Table S3 indicated that melon Chromosome I was syntenic to cucumber Chromosome 7. Likewise, Chromosomes II and XII were syntenic with cucumber Chromosome 1; Chromosomes IV and VI were syntenic with cucumber Chromosome 3; and Chromosomes IX and X were syntenic with cucumber Chromosome 5. Similarly, the three melon chromosomes
III, VIII, and XI contained blocks that were syntenic to two cucumber chromosomes, 2+6, 4+6, and 2+6, respectively. These melon-cucumber syntenic relationships
are summarized in Table 2.It has been previously hypothesized that cucumber chromosomes evolved from a progenitor species with 2n= 2 × = 24 chromosomes through chromosome fusion([42]; also see Discussion below). Thus, a melon syntenic block view of cucumber chromosomes was developed which is shown in Figure 3. In this view, the
scaffolds in each cucumber chromosome were arranged in the same order as were marker loci on cucumber genetic maps. In most cases, the high resolution genetic
map developed by Ren et al. [43] was used as a reference for ordering those scaffolds. In rare instances, however,marker locations did not coincide with those of Ren et al. [43] and, thus, other more recent cucumber genetic maps [67-69] were consulted to infer marker map locations (data not shown).The arrangement of melon syntenic blocks across the seven cucumber chromosomes indicates that cucumber chromosome evolution is more complex than simple chromosome fusion (Figure 3). For instance, cucumber
Chromosome 7 was homoeologous to melon Chromosome I along its entire length. Cucumber Chromosomes 2 and 6 each contained three syntenic blocks detected in melon Chromosomes V+XI+III, and III+XI+XIII, respectively, and the remaining four cucumber chromosomes
(1, 3, 4, and 5) were syntenic with two melon chromosomes but differed in patterns of arrangement of melon syntenic blocks. Cucumber Chromosome 1 was syntenic to melon Chromosome II and XII, whereas cucumber Chromosome 5 was syntenic to melon Chromosome
IX and X. In both cases, the syntenic blocks from the two melon chromosomes were arranged alternatively along each cucumber chromosome. In contrast, the syntenic blocks residing in melon Chromosomes VI and IV were in a side-by-side alignment in cucumber Chromosome 3. Lastly, cucumber Chromosome 4 housed syntenic blocks of melon Chromosome VII and VIII, but the syntenic block of melon Chromosome VIII was found to be incorporated into the syntenic block of melon Chromosome VII. Taken collectively, these syntenic patterns were suggestive of a complex history of chromosomal structure changes during cucumber evolution.
0/5000
4. รหัส syntenic บล็อกระหว่าง chromosomes แตงโมและแตงกวาระหว่าง 401 เครื่องหมายปัจจุบันแผนที่แตงโมมติ 199 ถูกพัฒนาจากแตงกวา แตงโม จากเครื่องหมาย SSR หรือหมวก และ 201 ที่เหลือได้มาจากแตงโม แตงกวา Gy14 และ 9930 ตั้งนั่งร้านจีโนมร่างของเครื่องหมายเหล่านี้ 401 ถูกทำนายโดย silico PCR หรือระเบิดค้นหาแตงกวาร่างจีโนมลำดับเจ็ดสี่เครื่องหมาย 401 แผนที่แตงโมช่วยในผลิตภัณฑ์ PCR silico หรือแนะนำว่า พวกเขาอาจจะเฉพาะกลุ่มแตงโมฮิตระเบิดได้ เครื่องหมายสาม (CMN53_36, UW084111 และ SSR05758) ได้อยู่ในลำดับที่มีการใส่คำอธิบายประกอบเป็นลำดับซ้ำ [42], และ จึง ตำแหน่งที่ตั้งนั่งร้านแตงกวาก็ยากที่จะกำหนด เหลือ 324 เครื่องหมายสามารถได้รับการ Gy14 และแตงกวา 9930 scaffolds นั่งร้านชื่อและตำแหน่งทางกายภาพของเครื่องหมายเหล่านี้จะนำเสนอในตาราง S3 (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 1) เมื่อก่อตั้งสมาคมเหล่านี้เครื่องหมายแผนที่ช่วยให้แตงโมแตงกวา scaffolds ตำแหน่งของเหล่า scaffolds แตงกวาใน chromosomes เจ็ดของแตงกวามี deduced จากประกาศแตงกวาพันธุแผนที่ [43,67-69] (อยู่ในตาราง S4, 1 ไฟล์เพิ่มเติม) ระหว่างเครื่องหมายที่ 401 วางแผนที่ช่วยให้แตงโม 79 มีการแมปในศึกษาการแม็ปแตงกวาก่อนหน้า [43,67-69] ดังนั้น ตำแหน่งที่ตั้งบนแผนที่พันธุแตงกวาสามารถถูกกำหนดโดยตรง สำหรับเครื่องหมายกับแตงกวาเกี่ยวข้อง scaffold(s) ตำแหน่งที่ตั้งแผนที่ในแตงกวากลุ่มได้สรุป โดยเครื่องหมายอื่น ๆ มานั่งร้านเดียวกัน ที่มีก่อนหน้านี้ไว้ในแผนที่แตงกวา (ตาราง S4) อย่างไรก็ตาม เครื่องหมายสาม (UW060336, LycB และ CMCTN7) มีอยู่ในแตงกวา scaffolds จากเครื่องหมายที่ไม่มีการแมป ดังนั้น ตำแหน่งในจีโนมแตงกวาก็ไม่รู้จักด้วยโมเลกุลเครื่องหมายใช้ร่วมกันระหว่างแผนที่พันธุแตงโมและแตงกวา หรือเชื่อมโยง โดยแตงกวาร่างจีโนม scaffolds, syntenic ความสัมพันธ์ระหว่าง chromosomes แตงกวาและแตงโมอาจโดยตรงสรุป รูปที่ 2 แสดงให้เห็นมุมมองของ chromosomes แตงโม 12 ประกอบด้วยแตงกวา syntenic บล็อก (Chromosomes เป็น XII ที่แต่ละโครโมโซมแตงโมเป็นเซ็กส์เพิ่มสั่งเข้มแผนที่) ตรวจสอบรูปที่ 2 และ S3 ตารางระบุว่า แตงโมผม syntenic กับแตงกวา 7 โครโมโซมโครโมโซม ในทำนองเดียวกัน Chromosomes II และ XII ได้ syntenic กับแตงกวา 1 โครโมโซม Chromosomes IV และ VI ได้ syntenic กับแตงกวาโครโมโซม 3 และ Chromosomes IX และ X ถูก syntenic กับแตงกวา 5 โครโมโซม ในทำนองเดียวกัน chromosomes แตงโม 3III, VIII และ XI อยู่บล็อกที่ syntenic chromosomes แตงกวา 2, 2 + 6, 4 + 6, 2 + 6 และตามลำดับ ความสัมพันธ์เหล่านี้ syntenic แตงโมแตงกวาได้สรุปไว้ในตาราง 2.จะมีการตั้งสมมติฐานว่าก่อนหน้านี้ว่า แตงกวา chromosomes พัฒนาจากพันธุ์ progenitor กับ 2n = 2 × = chromosomes 24 ผ่านโครโมโซมฟิวชั่น ([42]; ยัง ดูคำอธิบายด้านล่าง) ดังนั้น มุมบล็อก syntenic แตงโมของ chromosomes แตงกวาถูกพัฒนาขึ้นซึ่งจะแสดงในรูปที่ 3 ในมุมมอง การscaffolds ในแต่ละโครโมโซมแตงกวาถูกจัดในลำดับเดียวกับมีเครื่องหมาย loci แผนที่พันธุแตงกวา ในกรณีส่วนใหญ่ ความละเอียดสูงพันธุกรรมแผนพัฒนาโดยเร็น et al. [43] ถูกใช้เป็นการอ้างอิง scaffolds เหล่านั้นการสั่งซื้อ ในกรณีที่หายาก แต่ ตำแหน่งเครื่องหมายได้ไม่ทับกันกับของเร็น et al. [43] และ จึง อื่น ๆ ล่าสุดแตงกวาพันธุแผนที่ [67-69] ขอคำปรึกษาได้เข้าใจตำแหน่งเครื่องหมายแผนที่ (ข้อมูลไม่แสดง)การจัดเรียงของบล็อก syntenic แตงโมระหว่าง chromosomes แตงกวาเจ็ดบ่งชี้ว่า แตงกวาโครโมโซมวิวัฒนาการซับซ้อนกว่าโครโมโซมอย่างฟิวชั่น (3 รูป) ตัวอย่าง แตงกวาโครโมโซม 7 ถูก homoeologous กับแตงโมโครโมโซมผมตามความยาวทั้งหมด แตงกวา Chromosomes 2 และ 6 แต่ละอยู่สามบล็อก syntenic พบในแตงโม Chromosomes V + XI + III และ III + XI + XIII ตามลำดับ และ chromosomes แตงกวา 4 ที่เหลือ(1, 3, 4 และ 5) syntenic กับ chromosomes แตงโมสอง แต่แตกต่างในรูปแบบของการเรียงตัวของบล็อก syntenic แตงโม แตงกวาโครโมโซม 1 syntenic แตง II โครโมโซมและ XII ในขณะที่แตงกวา 5 โครโมโซมถูก syntenic กับแตงโมโครโมโซมIX และ X ในทั้งสองกรณี บล็อก syntenic จาก chromosomes แตงโมสองถูกจัดหรือตามแต่ละโครโมโซมแตงกวา ในทางตรงกันข้าม บล็อก syntenic ในแตงโม Chromosomes VI และ IV อยู่ในตำแหน่งด้านข้างโดยด้านในแตงกวา 3 โครโมโซม สุดท้ายนี้ แตงกวา 4 โครโมโซมเอน syntenic บล็อกของแตงโมโครโมโซม VII และ VIII แต่ช่วง syntenic ของแตงโม VIII โครโมโซมพบรวมอยู่ในช่วง syntenic ของแตงโม VII โครโมโซม ดำเนินการโดยรวม รูปแบบเหล่านี้ syntenic ได้ถึงประวัติศาสตร์ที่ซับซ้อนของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของโครโมโซมในระหว่างวิวัฒนาการแตงกวา
การแปล กรุณารอสักครู่..
4. Identification of syntenic blocks between melon and cucumber chromosomes
Among the 401 markers present on the consensus melon map, 199 were SSR or CAPS markers developed from cucumber, one from the watermelon, and the remaining 201 were derived from melon. The cucumber Gy14 and 9930 draft genome scaffold locations of these 401 markers were predicted by in silico PCR or BLAST searches of the cucumber draft genome sequences.Seventy-four of the 401 markers on the consensus melon map had no in silico PCR products or BLAST hits suggesting that they may be specific to the melon genome. Three markers (CMN53_36, UW084111, and SSR05758) were located in sequences that were annotated as repeated sequences [42], and, therefore, their cucumber scaffold locations were difficult to determine. The remaining 324 markers could be assigned to the Gy14 and 9930 cucumber scaffolds. The scaffold names and physical positions of these markers are presented in Table S3 (Additional File 1). Once the association of these markers on the melon consensus map with cucumber scaffolds was established, the locations of these cucumber scaffolds in the seven chromosomes of cucumber were deduced from published
cucumber genetic maps [43,67-69] (provided in Table S4, Additional File 1). Among the 401 markers placed on the melon consensus map, 79 have been mapped in previous cucumber mapping studies [43,67-69]. Therefore, their locations on cucumber genetic maps could be assigned directly. For markers with associated cucumber scaffold(s), their map locations
in the cucumber genome was inferred by other markers derived from the same scaffold, which had been previously placed on cucumber maps (Table S4). However,three markers (UW060336, LycB, and CMCTN7)were located in cucumber scaffolds from which no marker
has been mapped. Therefore, their locations in the cucumber genome were unknown.With molecular markers shared between the melon and cucumber genetic maps or linked by cucumber draft genome scaffolds, syntenic relationships between cucumber and melon chromosomes could be directly inferred. Figure 2 depicts a view of the 12 melon chromosomes consisting of cucumber syntenic blocks (Chromosomes I to XII, where each melon chromosome is portrayed in increasing order of map saturation). Inspection of Figure 2 and Table S3 indicated that melon Chromosome I was syntenic to cucumber Chromosome 7. Likewise, Chromosomes II and XII were syntenic with cucumber Chromosome 1; Chromosomes IV and VI were syntenic with cucumber Chromosome 3; and Chromosomes IX and X were syntenic with cucumber Chromosome 5. Similarly, the three melon chromosomes
III, VIII, and XI contained blocks that were syntenic to two cucumber chromosomes, 2+6, 4+6, and 2+6, respectively. These melon-cucumber syntenic relationships
are summarized in Table 2.It has been previously hypothesized that cucumber chromosomes evolved from a progenitor species with 2n= 2 × = 24 chromosomes through chromosome fusion([42]; also see Discussion below). Thus, a melon syntenic block view of cucumber chromosomes was developed which is shown in Figure 3. In this view, the
scaffolds in each cucumber chromosome were arranged in the same order as were marker loci on cucumber genetic maps. In most cases, the high resolution genetic
map developed by Ren et al. [43] was used as a reference for ordering those scaffolds. In rare instances, however,marker locations did not coincide with those of Ren et al. [43] and, thus, other more recent cucumber genetic maps [67-69] were consulted to infer marker map locations (data not shown).The arrangement of melon syntenic blocks across the seven cucumber chromosomes indicates that cucumber chromosome evolution is more complex than simple chromosome fusion (Figure 3). For instance, cucumber
Chromosome 7 was homoeologous to melon Chromosome I along its entire length. Cucumber Chromosomes 2 and 6 each contained three syntenic blocks detected in melon Chromosomes V+XI+III, and III+XI+XIII, respectively, and the remaining four cucumber chromosomes
(1, 3, 4, and 5) were syntenic with two melon chromosomes but differed in patterns of arrangement of melon syntenic blocks. Cucumber Chromosome 1 was syntenic to melon Chromosome II and XII, whereas cucumber Chromosome 5 was syntenic to melon Chromosome
IX and X. In both cases, the syntenic blocks from the two melon chromosomes were arranged alternatively along each cucumber chromosome. In contrast, the syntenic blocks residing in melon Chromosomes VI and IV were in a side-by-side alignment in cucumber Chromosome 3. Lastly, cucumber Chromosome 4 housed syntenic blocks of melon Chromosome VII and VIII, but the syntenic block of melon Chromosome VIII was found to be incorporated into the syntenic block of melon Chromosome VII. Taken collectively, these syntenic patterns were suggestive of a complex history of chromosomal structure changes during cucumber evolution.
Among the 401 markers present on the consensus melon map, 199 were SSR or CAPS markers developed from cucumber, one from the watermelon, and the remaining 201 were derived from melon. The cucumber Gy14 and 9930 draft genome scaffold locations of these 401 markers were predicted by in silico PCR or BLAST searches of the cucumber draft genome sequences.Seventy-four of the 401 markers on the consensus melon map had no in silico PCR products or BLAST hits suggesting that they may be specific to the melon genome. Three markers (CMN53_36, UW084111, and SSR05758) were located in sequences that were annotated as repeated sequences [42], and, therefore, their cucumber scaffold locations were difficult to determine. The remaining 324 markers could be assigned to the Gy14 and 9930 cucumber scaffolds. The scaffold names and physical positions of these markers are presented in Table S3 (Additional File 1). Once the association of these markers on the melon consensus map with cucumber scaffolds was established, the locations of these cucumber scaffolds in the seven chromosomes of cucumber were deduced from published
cucumber genetic maps [43,67-69] (provided in Table S4, Additional File 1). Among the 401 markers placed on the melon consensus map, 79 have been mapped in previous cucumber mapping studies [43,67-69]. Therefore, their locations on cucumber genetic maps could be assigned directly. For markers with associated cucumber scaffold(s), their map locations
in the cucumber genome was inferred by other markers derived from the same scaffold, which had been previously placed on cucumber maps (Table S4). However,three markers (UW060336, LycB, and CMCTN7)were located in cucumber scaffolds from which no marker
has been mapped. Therefore, their locations in the cucumber genome were unknown.With molecular markers shared between the melon and cucumber genetic maps or linked by cucumber draft genome scaffolds, syntenic relationships between cucumber and melon chromosomes could be directly inferred. Figure 2 depicts a view of the 12 melon chromosomes consisting of cucumber syntenic blocks (Chromosomes I to XII, where each melon chromosome is portrayed in increasing order of map saturation). Inspection of Figure 2 and Table S3 indicated that melon Chromosome I was syntenic to cucumber Chromosome 7. Likewise, Chromosomes II and XII were syntenic with cucumber Chromosome 1; Chromosomes IV and VI were syntenic with cucumber Chromosome 3; and Chromosomes IX and X were syntenic with cucumber Chromosome 5. Similarly, the three melon chromosomes
III, VIII, and XI contained blocks that were syntenic to two cucumber chromosomes, 2+6, 4+6, and 2+6, respectively. These melon-cucumber syntenic relationships
are summarized in Table 2.It has been previously hypothesized that cucumber chromosomes evolved from a progenitor species with 2n= 2 × = 24 chromosomes through chromosome fusion([42]; also see Discussion below). Thus, a melon syntenic block view of cucumber chromosomes was developed which is shown in Figure 3. In this view, the
scaffolds in each cucumber chromosome were arranged in the same order as were marker loci on cucumber genetic maps. In most cases, the high resolution genetic
map developed by Ren et al. [43] was used as a reference for ordering those scaffolds. In rare instances, however,marker locations did not coincide with those of Ren et al. [43] and, thus, other more recent cucumber genetic maps [67-69] were consulted to infer marker map locations (data not shown).The arrangement of melon syntenic blocks across the seven cucumber chromosomes indicates that cucumber chromosome evolution is more complex than simple chromosome fusion (Figure 3). For instance, cucumber
Chromosome 7 was homoeologous to melon Chromosome I along its entire length. Cucumber Chromosomes 2 and 6 each contained three syntenic blocks detected in melon Chromosomes V+XI+III, and III+XI+XIII, respectively, and the remaining four cucumber chromosomes
(1, 3, 4, and 5) were syntenic with two melon chromosomes but differed in patterns of arrangement of melon syntenic blocks. Cucumber Chromosome 1 was syntenic to melon Chromosome II and XII, whereas cucumber Chromosome 5 was syntenic to melon Chromosome
IX and X. In both cases, the syntenic blocks from the two melon chromosomes were arranged alternatively along each cucumber chromosome. In contrast, the syntenic blocks residing in melon Chromosomes VI and IV were in a side-by-side alignment in cucumber Chromosome 3. Lastly, cucumber Chromosome 4 housed syntenic blocks of melon Chromosome VII and VIII, but the syntenic block of melon Chromosome VIII was found to be incorporated into the syntenic block of melon Chromosome VII. Taken collectively, these syntenic patterns were suggestive of a complex history of chromosomal structure changes during cucumber evolution.
การแปล กรุณารอสักครู่..
4 . การ syntenic บล็อกระหว่างแตงโมกับโครโมโซมแตงกวา
ระหว่าง 401 เครื่องหมายแสดงบนแผนที่เป็นฉันทามติแตงโม 199 หมวกเครื่องหมาย SSR หรือพัฒนาจากแตงกวา จากแตงโม และที่เหลืออีก 201 ได้มาจากเมลอนแตงกวาและร่าง gy14 9930 จีโนมนั่งร้านที่ตั้งของ 401 เครื่องหมายถูกทำนายโดยวิธี PCR หรือระเบิดสำหรับการค้นหาของแตงกวา ร่างของจีโนม sequences.seventy-four 401 เครื่องหมายบนแผนที่สำหรับฉันทามติแตงไม่มีโดยผลิตภัณฑ์หรือระเบิดฮิตชี้ให้เห็นว่าพวกเขาอาจจะเฉพาะเจาะจงกับแตงเป็นต้น . สามเครื่องหมาย ( cmn53_36 uw084111 , ,ssr05758 ) และอยู่ในลำดับที่ถูกบันทึกย่อเป็นลำดับซ้ำ [ 42 ] , และ , จึง , พวกเขาแตงกวานั่งร้านที่ตั้งยากที่จะตรวจสอบได้ ที่เหลือพวกเครื่องหมายอาจจะมอบหมายให้ gy14 9930 แตงกวาและนั่งร้าน นั่งร้านชื่อและตำแหน่งทางกายภาพของเครื่องหมายเหล่านี้จะแสดงในตาราง S3 แฟ้ม ( เพิ่มเติม 1 )เมื่อสมาคมของเครื่องหมายเหล่านี้บนแตงโมเอกฉันท์แผนที่โครงแตงกวาก่อตั้งที่ตั้งนั่งร้านแตงกวาเหล่านี้ในเจ็ดแท่งแตงกวาถูก deduced จากแผนที่พันธุกรรมตีพิมพ์
แตงกวา [ 43,67-69 ] ( ที่ให้ไว้ในโต๊ะ S4 เพิ่มเติมไฟล์ 1 ) ระหว่าง 401 เครื่องหมายไว้บนแตงโม เอกฉันท์ แผนที่79 ได้รับการแมปในก่อนหน้านี้แตงกวาแผนที่การศึกษา [ 43,67-69 ] ดังนั้น สถานที่ของพวกเขาบนแผนที่พันธุกรรมแตงกวาอาจจะได้รับมอบหมายโดยตรง สำหรับเครื่องหมายที่เกี่ยวข้องกับแตงกวานั่งร้าน ( s )
แผนที่สถานที่ของพวกเขาในแตงกวาจีโนมถูกสรุปโดยอื่น ๆเครื่องหมายมาจากนั่งร้านเดียวกัน ซึ่งได้เคยวางไว้บนแผนที่ แตงกวา ( โต๊ะ S4 ) อย่างไรก็ตาม สาม ( uw060336 เครื่องหมาย ,lycb และ cmctn7 ) ตั้งอยู่ในโครงแตงกวาที่ไม่มีเครื่องหมาย
ได้รับการแมป . ดังนั้น สถานที่ของพวกเขาในแตงกวา ( ไม่รู้จัก ด้วยเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้ร่วมกัน ระหว่าง แตงโม และแตงกวา แตงกวา หรือเชื่อมโยงกับแผนที่ทางพันธุกรรมจีโนมร่างโครง ความสัมพันธ์ระหว่าง แตงกวาและแตงโม syntenic โครโมโซมสามารถโดยตรงได้ .รูปที่ 2 แสดงให้เห็นมุมมองของ 12 เมล่อนโครโมโซมประกอบด้วยบล็อกแตงกวา syntenic ( โครโมโซมชั้น 12 ซึ่งแต่ละเมล โครโมโซมเป็น portrayed ในการสั่งซื้อที่เพิ่มขึ้นของแผนที่อิ่มตัว ) ตรวจสอบรูปที่ 2 และตาราง S3 พบว่าผม syntenic แตงกวาแตงโมโครโมโซมโครโมโซม 7 อนึ่ง โครโมโซม 2 และ 12 เป็น syntenic กับแตงกวา โครโมโซม 1 ;โครโมโซม 4 และ 6 เป็น syntenic กับแตงกวาและโครโมโซม และโครโมโซม 3 ; 9 X เป็น syntenic กับแตงกวา โครโมโซมคู่ที่ 5 ส่วนสามเมล โครโมโซม
3 , 8 และ 11 มีบล็อกที่ syntenic สองแตงกวาโครโมโซม 2 6 , 4 6 , 2 และ 6 ตามลำดับ แตงโม แตงกวา เหล่านี้ syntenic ความสัมพันธ์
สรุปได้ในตารางที่ 2มันมีก่อนหน้านี้ ตั้งสมมติฐานว่า โครโมโซม แตงกวา วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษชนิดมีโครโมโซม 2n = 24 × 2 = ผ่านโครโมโซมฟิวชั่น ( [ 42 ] ; ยังเห็นการสนทนาด้านล่าง ) ดังนั้น แตง syntenic ปิดกั้นมุมมองของโครโมโซมแตงกวาได้รับการพัฒนาซึ่งจะแสดงในรูปที่ 3 ในมุมมองนี้ ,
นั่งร้านในแต่ละแตงกวาโครโมโซมถูกจัดเรียงในลำดับเดียวกันเป็นเครื่องหมายตำแหน่งบนแผนที่พันธุกรรมแตงกวา ในกรณีส่วนใหญ่ , ความละเอียดสูงพันธุกรรม
แผนที่พัฒนาโดยเรน et al . [ 43 ] ถูกใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงสำหรับการสั่งซื้อนั่งร้านนั้น ในกรณีที่หายาก อย่างไรก็ตาม สถานที่เครื่องหมายไม่เหมือนกับของเรน et al . [ 43 ] และ จึงอื่น ๆล่าสุดแผนที่พันธุกรรมแตงกวา [ 67-69 ] ปรึกษา สรุปว่าที่ตั้งแผนที่ Marker ( ข้อมูลไม่แสดง ) . การจัดเรียงของแตง syntenic บล็อกข้ามเจ็ดแตงกวาโครโมโซมพบว่า วิวัฒนาการของโครโมโซม โครโมโซม แตงกวามีความซับซ้อนกว่าแบบง่าย ( รูปที่ 3 ) เช่น แตงกวา
โครโมโซม 7 homoeologous กับแตงโมโครโมโซมผมตามความยาวทั้งหมดของโครโมโซมแตงกวา 2 และ 6 คน มีอยู่ 3 บล็อก syntenic ตรวจพบในแตงโมโครโมโซม v ซี 3 ซี 3 และ 13 ตามลำดับ ส่วนที่เหลืออีก 4 แตงกวา )
( 1 , 3 , 4 , และ 5 ) syntenic กับเมลอน 2 โครโมโซม แต่แตกต่างในรูปแบบของการจัดเรียงของบล็อกเมล syntenic . แตงกวากับแตงโม 1 syntenic โครโมโซมโครโมโซม 2 และ 12 ,ส่วนแตงกวากับแตงโม syntenic โครโมโซม 5
9 X โครโมโซมและในทั้งสองกรณี , บล็อก syntenic จากเมลอน 2 โครโมโซมจัดหรือแตงกวาตามแต่ละโครโมโซม ในทางตรงกันข้าม , ที่อาศัยอยู่ในบล็อก syntenic แตง 6 และ 4 ในโครโมโซมในโครโมโซมเคียงข้างแนวแตงกวา 3 ท้ายนี้แตงกวา โครโมโซม 4 ตั้งอยู่ syntenic บล็อกของแตง 7 และ 8 โครโมโซม แต่บล็อก syntenic แตงโครโมโซมคู่ที่ 8 พบว่า มีการรวมอยู่ในบล็อก syntenic แตงโครโมโซม VII ถ่ายรวม , รูปแบบ syntenic เหล่านี้ร่องรอยประวัติศาสตร์ที่ซับซ้อนของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างโครโมโซมในระหว่างการวิวัฒนาการของแตงกวา
ระหว่าง 401 เครื่องหมายแสดงบนแผนที่เป็นฉันทามติแตงโม 199 หมวกเครื่องหมาย SSR หรือพัฒนาจากแตงกวา จากแตงโม และที่เหลืออีก 201 ได้มาจากเมลอนแตงกวาและร่าง gy14 9930 จีโนมนั่งร้านที่ตั้งของ 401 เครื่องหมายถูกทำนายโดยวิธี PCR หรือระเบิดสำหรับการค้นหาของแตงกวา ร่างของจีโนม sequences.seventy-four 401 เครื่องหมายบนแผนที่สำหรับฉันทามติแตงไม่มีโดยผลิตภัณฑ์หรือระเบิดฮิตชี้ให้เห็นว่าพวกเขาอาจจะเฉพาะเจาะจงกับแตงเป็นต้น . สามเครื่องหมาย ( cmn53_36 uw084111 , ,ssr05758 ) และอยู่ในลำดับที่ถูกบันทึกย่อเป็นลำดับซ้ำ [ 42 ] , และ , จึง , พวกเขาแตงกวานั่งร้านที่ตั้งยากที่จะตรวจสอบได้ ที่เหลือพวกเครื่องหมายอาจจะมอบหมายให้ gy14 9930 แตงกวาและนั่งร้าน นั่งร้านชื่อและตำแหน่งทางกายภาพของเครื่องหมายเหล่านี้จะแสดงในตาราง S3 แฟ้ม ( เพิ่มเติม 1 )เมื่อสมาคมของเครื่องหมายเหล่านี้บนแตงโมเอกฉันท์แผนที่โครงแตงกวาก่อตั้งที่ตั้งนั่งร้านแตงกวาเหล่านี้ในเจ็ดแท่งแตงกวาถูก deduced จากแผนที่พันธุกรรมตีพิมพ์
แตงกวา [ 43,67-69 ] ( ที่ให้ไว้ในโต๊ะ S4 เพิ่มเติมไฟล์ 1 ) ระหว่าง 401 เครื่องหมายไว้บนแตงโม เอกฉันท์ แผนที่79 ได้รับการแมปในก่อนหน้านี้แตงกวาแผนที่การศึกษา [ 43,67-69 ] ดังนั้น สถานที่ของพวกเขาบนแผนที่พันธุกรรมแตงกวาอาจจะได้รับมอบหมายโดยตรง สำหรับเครื่องหมายที่เกี่ยวข้องกับแตงกวานั่งร้าน ( s )
แผนที่สถานที่ของพวกเขาในแตงกวาจีโนมถูกสรุปโดยอื่น ๆเครื่องหมายมาจากนั่งร้านเดียวกัน ซึ่งได้เคยวางไว้บนแผนที่ แตงกวา ( โต๊ะ S4 ) อย่างไรก็ตาม สาม ( uw060336 เครื่องหมาย ,lycb และ cmctn7 ) ตั้งอยู่ในโครงแตงกวาที่ไม่มีเครื่องหมาย
ได้รับการแมป . ดังนั้น สถานที่ของพวกเขาในแตงกวา ( ไม่รู้จัก ด้วยเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้ร่วมกัน ระหว่าง แตงโม และแตงกวา แตงกวา หรือเชื่อมโยงกับแผนที่ทางพันธุกรรมจีโนมร่างโครง ความสัมพันธ์ระหว่าง แตงกวาและแตงโม syntenic โครโมโซมสามารถโดยตรงได้ .รูปที่ 2 แสดงให้เห็นมุมมองของ 12 เมล่อนโครโมโซมประกอบด้วยบล็อกแตงกวา syntenic ( โครโมโซมชั้น 12 ซึ่งแต่ละเมล โครโมโซมเป็น portrayed ในการสั่งซื้อที่เพิ่มขึ้นของแผนที่อิ่มตัว ) ตรวจสอบรูปที่ 2 และตาราง S3 พบว่าผม syntenic แตงกวาแตงโมโครโมโซมโครโมโซม 7 อนึ่ง โครโมโซม 2 และ 12 เป็น syntenic กับแตงกวา โครโมโซม 1 ;โครโมโซม 4 และ 6 เป็น syntenic กับแตงกวาและโครโมโซม และโครโมโซม 3 ; 9 X เป็น syntenic กับแตงกวา โครโมโซมคู่ที่ 5 ส่วนสามเมล โครโมโซม
3 , 8 และ 11 มีบล็อกที่ syntenic สองแตงกวาโครโมโซม 2 6 , 4 6 , 2 และ 6 ตามลำดับ แตงโม แตงกวา เหล่านี้ syntenic ความสัมพันธ์
สรุปได้ในตารางที่ 2มันมีก่อนหน้านี้ ตั้งสมมติฐานว่า โครโมโซม แตงกวา วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษชนิดมีโครโมโซม 2n = 24 × 2 = ผ่านโครโมโซมฟิวชั่น ( [ 42 ] ; ยังเห็นการสนทนาด้านล่าง ) ดังนั้น แตง syntenic ปิดกั้นมุมมองของโครโมโซมแตงกวาได้รับการพัฒนาซึ่งจะแสดงในรูปที่ 3 ในมุมมองนี้ ,
นั่งร้านในแต่ละแตงกวาโครโมโซมถูกจัดเรียงในลำดับเดียวกันเป็นเครื่องหมายตำแหน่งบนแผนที่พันธุกรรมแตงกวา ในกรณีส่วนใหญ่ , ความละเอียดสูงพันธุกรรม
แผนที่พัฒนาโดยเรน et al . [ 43 ] ถูกใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงสำหรับการสั่งซื้อนั่งร้านนั้น ในกรณีที่หายาก อย่างไรก็ตาม สถานที่เครื่องหมายไม่เหมือนกับของเรน et al . [ 43 ] และ จึงอื่น ๆล่าสุดแผนที่พันธุกรรมแตงกวา [ 67-69 ] ปรึกษา สรุปว่าที่ตั้งแผนที่ Marker ( ข้อมูลไม่แสดง ) . การจัดเรียงของแตง syntenic บล็อกข้ามเจ็ดแตงกวาโครโมโซมพบว่า วิวัฒนาการของโครโมโซม โครโมโซม แตงกวามีความซับซ้อนกว่าแบบง่าย ( รูปที่ 3 ) เช่น แตงกวา
โครโมโซม 7 homoeologous กับแตงโมโครโมโซมผมตามความยาวทั้งหมดของโครโมโซมแตงกวา 2 และ 6 คน มีอยู่ 3 บล็อก syntenic ตรวจพบในแตงโมโครโมโซม v ซี 3 ซี 3 และ 13 ตามลำดับ ส่วนที่เหลืออีก 4 แตงกวา )
( 1 , 3 , 4 , และ 5 ) syntenic กับเมลอน 2 โครโมโซม แต่แตกต่างในรูปแบบของการจัดเรียงของบล็อกเมล syntenic . แตงกวากับแตงโม 1 syntenic โครโมโซมโครโมโซม 2 และ 12 ,ส่วนแตงกวากับแตงโม syntenic โครโมโซม 5
9 X โครโมโซมและในทั้งสองกรณี , บล็อก syntenic จากเมลอน 2 โครโมโซมจัดหรือแตงกวาตามแต่ละโครโมโซม ในทางตรงกันข้าม , ที่อาศัยอยู่ในบล็อก syntenic แตง 6 และ 4 ในโครโมโซมในโครโมโซมเคียงข้างแนวแตงกวา 3 ท้ายนี้แตงกวา โครโมโซม 4 ตั้งอยู่ syntenic บล็อกของแตง 7 และ 8 โครโมโซม แต่บล็อก syntenic แตงโครโมโซมคู่ที่ 8 พบว่า มีการรวมอยู่ในบล็อก syntenic แตงโครโมโซม VII ถ่ายรวม , รูปแบบ syntenic เหล่านี้ร่องรอยประวัติศาสตร์ที่ซับซ้อนของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างโครโมโซมในระหว่างการวิวัฒนาการของแตงกวา
การแปล กรุณารอสักครู่..
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.
- ส่วนตัวฉันก็ใช้สินค้านี้ ใช้แล้วน่าไม่มั
- ช่วงให้นมบุตร
- Changing the blend mode and lowering the
- บางสิ่งที่สำคัญอยู่ที่นี่
- Pls send to me current photo~
- bag
- NFC technology is a fine concept, but ca
- เพื่อการจัดหาให้เพียงพอต่อการบริจาค
- คุณหลับก่อนฉันได้เลย
- I told you before
- กำลังฟัง
- comfort
- which faculty are you stuadying
- what kind of business do have?I am not f
- what kind of your job? why to meet custo
- ฉันชอบหนังเรื่องนี้มาก
- เพราะนี่คือวันปีใหม่ไทยคนเลยเฉลิมฉลองในว
- คุณเลิกงานแล้วหรือ
- Assuming
- are you like partys?
- ผลลัพธ์ (ภาษาอังกฤษ) 1:You will flirt wi
- เจอกัน ชะอำ
- the way of life to live
- อธิบาย
