To verify whether unknown transcrip

To verify whether unknown transcripts in collembolan transcriptomes are species-specific, we performed tBlastX analysis [43] of these unknowns against the other springtail transcriptome and twenty collembolan transcriptomes from 1KITE project [1, 69]. As a result, we determined that 9,820 sequences for O. cincta (30.1%) and 16,565 (43.6%) sequences for F. candida do not show a Blast hit. These transcripts could be specific to particular developmental stage or treatment, so they may not be expressed in other transcriptomes. Alternatively, these transcripts could also correspond to the species-specific and strains-specific genes. Such genes are often called orphans, because they lack homology with any other species. They have shown to be a universal feature in genomes and are most likely associated with developmental adaptations and interactions with the environment [26].

Finally, the annotation analysis identified 739 unique enzyme codes associated with F. candida contigs and 668 enzyme codes associated with O. cincta contigs. Plotting these codes onto metabolic pathways in iPATH 2.0 [70], indicated that the majority of genes involved in essential metabolic pathways are present in both transcriptomes (S3 Fig). For both organisms the best-represented KEGG pathways are ‘Purine metabolism’, ‘Pyrimidine metabolism’ and ‘Oxidative phosphorylation’.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อตรวจสอบว่า ใบที่ไม่รู้จักใน collembolan transcriptomes สาย เราทำการวิเคราะห์ tBlastX [43] เหล่านี้ไงครับกับ transcriptome เร็นอื่น ๆ และยี่สิบ collembolan transcriptomes จากโครงการ 1KITE [1, 69] ดังนั้น เรากำหนดว่า ลำดับ 9,820 สำหรับโอ cincta (30.1%) และ 16,565 (43.6%) ลำดับสำหรับแคน F. แสดงตีระเบิด ใบแสดงผลการทำงานเหล่านี้อาจจะเฉพาะขั้นตอนพัฒนาการที่เฉพาะหรือการรักษา ดังนั้นพวกเขาอาจไม่แสดงใน transcriptomes อื่น ๆ อีกวิธีหนึ่งคือ ใบแสดงผลการทำงานนี้อาจยังสอดคล้องกับยีน เฉพาะสายพันธุ์ และสาย ยีนดังกล่าวมักจะเรียกว่าเด็กกำพร้า เนื่องจากพวกเขาขาด homology กับสายพันธุ์อื่น ๆ พวกเขาได้แสดงเป็น คุณลักษณะใน genomes สากล และมักเกี่ยวข้องกับดัดแปลงพัฒนาและโต้ตอบกับสิ่งแวดล้อม [26]ในที่สุด การวิเคราะห์อธิบายระบุ 739 เอนไซม์เฉพาะรหัสที่เกี่ยวข้องกับ F. แคน contigs และ 668 รหัสเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับโอ cincta contigs รหัสเหล่านี้ลงบนทางเดินที่เผาผลาญใน iPATH 2.0 [70], การวางแผนระบุว่า ส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องในการเผาผลาญทางจำเป็นมีอยู่ในทั้งสอง transcriptomes (S3 มะเดื่อ) สำหรับสิ่งมีชีวิตทั้งสอง KEGG เป็นตัวแทนที่ดีที่สุด เส้นทาง 'เผาผลาญ Purine' 'เผาผลาญ Pyrimidine' และ 'ฟฟอสโฟรี'

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อตรวจสอบว่ายีนที่ไม่รู้จักในทรานส collembolan เป็นสายพันธุ์เฉพาะที่เราดำเนินการวิเคราะห์ tBlastX [43] แห่งราชวงศ์เหล่านี้กับยีน springtail อื่น ๆ และยี่สิบราน collembolan จาก 1KITE โครงการ [1, 69] เป็นผลให้เราพิจารณาแล้วว่า 9820 ลำดับสำหรับทุม cincta (30.1%) และ 16,565 (43.6%) ลำดับสำหรับเอฟ Candida ไม่แสดงตีระเบิด ใบรับรองผลการศึกษาเหล่านี้อาจจะเฉพาะเจาะจงไปยังขั้นตอนการพัฒนาโดยเฉพาะอย่างยิ่งหรือการรักษาเพื่อให้พวกเขาอาจจะไม่ได้แสดงในทรานสอื่น ๆ อีกวิธีหนึ่งคือการถอดเสียงเหล่านี้ยังสามารถตรงกับสายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงและสายพันธุ์เฉพาะยีน ยีนดังกล่าวมักจะเรียกว่าเด็กกำพร้าเพราะพวกเขาขาดที่คล้ายคลึงกันกับสายพันธุ์อื่น ๆ พวกเขาได้แสดงให้เห็นว่ามีคุณสมบัติที่เป็นสากลในจีโนมและมักจะเกี่ยวข้องกับการปรับตัวของการพัฒนาและการมีปฏิสัมพันธ์กับสภาพแวดล้อม [26]. ในที่สุดการวิเคราะห์คำอธิบายประกอบที่ระบุรหัส 739 เอนไซม์ที่ไม่ซ้ำกันที่เกี่ยวข้องกับเอฟ contigs Candida และ 668 รหัสเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับ O . contigs cincta พล็อตรหัสเหล่านี้ไปยังเผาผลาญเซลล์ใน iPATH 2.0 [70] ชี้ให้เห็นว่าส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องกับเผาผลาญเซลล์ที่สำคัญที่มีอยู่ในทั้งสองราน (S3 รูป) สำหรับทั้งชีวิตอย่างทุลักทุเล KEGG ที่ดีที่สุดเป็นตัวแทนจาก 'พิวรีนเผาผลาญ', 'การเผาผลาญ pyrimidine' และ 'phosphorylation Oxidative'

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อตรวจสอบว่าไม่รู้จักใบใน collembolan transcriptomes เป็นเผ่าพันธุ์ - เฉพาะ เราก็แสดง tblastx การวิเคราะห์ [ 43 ] ของ unknowns เหล่านี้กับอื่น ๆแมลงหางดีดทราน ริปโตมยี่สิบ collembolan transcriptomes จาก 1kite โครงการ [ 1 , 3 ] เป็นผลให้เราตัดสินใจว่า 9820 ลำดับสำหรับ o . bauensis ( 30.1 % ) และ 16565 ( 43.6 % ) ลำดับสำหรับ F . แคนดิดไม่แสดงระเบิดโจมตี บันทึกเหล่านี้อาจจะเจาะจงเฉพาะตามขั้นตอนหรือการรักษา ดังนั้น พวกเขาอาจจะไม่แสดงใน transcriptomes อื่น ๆ อีกวิธีหนึ่งคือ ยีนเหล่านี้จะสอดคล้องกับเผ่าพันธุ์ - เฉพาะสายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงและยีน เช่นยีนที่มักจะเรียกว่าเป็นเด็กกำพร้า เพราะพวกเขาไม่มีโรคอื่นใดกับชนิด พวกเขาได้แสดงให้เห็นคุณลักษณะสากลในจีโนม และมากที่สุดที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนา และการปฏิสัมพันธ์กับสิ่งแวดล้อม [ 26 ]ในที่สุด การวิเคราะห์หมายเหตุระบุรหัสเฉพาะเรื่องเอนไซม์เกี่ยวข้องกับ F สูง 668 รหัส Candida และเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับ o . bauensis สูง . รหัสเหล่านี้บนวางแผนเส้นทางการเผาผลาญใน IPATH 2.0 [ 70 ] , แสดงให้เห็นว่าส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องในการเผาผลาญเซลล์ที่จำเป็นมีอยู่ทั้งใน transcriptomes ( S3 มะเดื่อ ) ทั้งสองสิ่งมีชีวิตที่ดีที่สุดแสดงเป็น " " เคกจ์เส้นทางการเผาผลาญอาหาร purine และ pyrimidine ) " " " ตัวละครชาวออสเตรเลีย "