To assess what genomic factors are

To assess what genomic factors are correlated with rates of protein evolution, we estimated partial correlation coefficients in the programming language r (v.2.13.0. [63], package ppcor.r ). We assessed the degree of partial correlation between protein divergence (log(dN/dS)), genetic divergence (mean FSTper gene), genetic diversity (pi, calculated in sites , expression specificity, log(expression level), and the absolute value of log(expression species 1/expression species 2). For genetic diversity (pi), we also considered using the Watterson estimator theta given that this parameter may have a different bias than pi . Both estimators (pi and Watterson) were strongly correlated (r2 = 0.96) and partial correlation coefficient results were largely the same for both. As such, we only report values of pi. We calculated FSTvalues for each SNP (according to using the r package hierfstat and then averaged it per gene.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อประเมินปัจจัยใด genomic มี correlated ด้วยราคาที่ของโปรตีนวิวัฒนาการ เราประมาณค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนในภาษาเขียนโปรแกรม r (v.2.13.0 [63], แพคเกจ ppcor.r) เราประเมินระดับของความสัมพันธ์บางส่วนระหว่างโปรตีน divergence (log(dN/dS)), divergence พันธุกรรม (ยีน FSTper เฉลี่ย), ความหลากหลายทางพันธุกรรม (ปี่ คำนวณในอเมริกา specificity นิพจน์ ล็อก (นิพจน์ระดับ), และค่าสัมบูรณ์ของล็อก (นิพจน์ชนิด 1/นิพจน์ ชนิด 2) สำหรับพันธุ (ปี่), เรายังถือว่าใช้ทีตาประมาณการ Watterson พารามิเตอร์นี้อาจมีความโน้มเอียงที่แตกต่างกว่าปี่ที่ ทั้ง estimators (ปี่และ Watterson) ได้ขอ correlated (r2 = 0.96) และสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนก็ใหญ่เหมือนกันทั้งนั้น เช่น เราเพียงรายงานค่าของปี่นั้น เราได้ FSTvalues สำหรับแต่ละ SNP (ตามการใช้ hierfstat แพคเกจอาร์ และ averaged ต่อยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อประเมินสิ่งที่ปัจจัยที่จีโนมมีความสัมพันธ์ที่มีอัตราการวิวัฒนาการของโปรตีนที่เราประมาณค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนในการเขียนโปรแกรมภาษาอาร์ (v.2.13.0. [63], ppcor.r แพคเกจ) เราประเมินระดับของความสัมพันธ์ระหว่างความแตกต่างบางส่วนโปรตีน (เข้าสู่ระบบ (DN / DS)) ความแตกต่างทางพันธุกรรม (ยีนหมายถึง FSTper) ความหลากหลายทางพันธุกรรม (PI, การคำนวณในเว็บไซต์ที่เฉพาะเจาะจงแสดงออกล็อก (ระดับการแสดงออก) และค่าสัมบูรณ์ของ เข้าสู่ระบบ (สายพันธุ์แสดงออก 1 สายพันธุ์ / การแสดงออก 2). สำหรับความหลากหลายทางพันธุกรรม (PI) เรายังพิจารณาใช้ประมาณการ Watterson theta กำหนดว่าพารามิเตอร์นี้อาจจะมีอคติที่แตกต่างกันกว่าปี่. ประมาณทั้งสอง (PI และ Watterson) มีความสัมพันธ์อย่างมาก (r2 = 0.96) และผลค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนเป็นส่วนใหญ่เหมือนกันสำหรับทั้งสอง. ดังนั้นเราเพียงรายงานค่าของปี่. เราคำนวณ FSTvalues​​ สำหรับแต่ละ SNP (ตามการใช้แพคเกจ R hierfstat แล้วมันเฉลี่ยต่อยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อประเมินปัจจัยอะไรที่มี มีความสัมพันธ์กับอัตราการวิวัฒนาการของโปรตีน เราคำนวณค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนในการเขียนโปรแกรมภาษา R ( v.2.13.0 . [ 63 ] , แพคเกจ ppcor R ) เราประเมินระดับของความสัมพันธ์ระหว่างความแตกต่างของโปรตีนบางส่วน ( บันทึก ( DN / DS ) กรรมพันธุ์ ความแตกต่าง ( หมายถึงยีน fstper ) ความหลากหลายทางพันธุกรรม ( เมื่อคำนวณในการแสดงออกต่อเว็บไซต์เข้าสู่ระบบ ( ระดับการแสดงออกและแน่นอนค่า log ( สีหน้าการแสดงออกชนิดชนิด 1 / 2 ) ความหลากหลายทางพันธุกรรม ( PI ) เรายังถือว่าใช้ Watterson ประมาณการ Theta ให้พารามิเตอร์นี้อาจจะมีอคติที่แตกต่างกันกว่า pi ทั้งสองตัวประมาณ ( พี และ Watterson ) มีความสัมพันธ์อย่างยิ่ง ( R2 = 0.96 ) และผลของสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์บางส่วนส่วนใหญ่เหมือนกันทั้งคู่ เช่นเรารายงานเฉพาะค่าของ Pi เราคำนวณ fstvalues แต่ละ SNP ( ตามการใช้ R ชุด hierfstat แล้วเฉลี่ยต่อจีน