Cloning of ccpA, ptsH and hprK gene

Cloning of ccpA, ptsH and hprK genes from T. aotearoense SCUT27
Alignment of the putative ccpA, ptsH and hprK genes from five TGPAs (Thermoanaerobacter
sp. X514, CP000923; Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571, CP002171;
Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485, CP003184; Thermoanaerobacterium
xylanolyticum LX-11, CP002739 and Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum M0795,
CP003066) showed that there are about 25 bp conserved regions presented at their 5' and 3' of
the targeted genes, respectively, except the Thermoanaerobacter sp. X514 (S1 Fig). Based on the
conserved sequences, primers of ccpA-F/ccpA-R, hpr-F/hpr-R and hprK-F/ hprK-R (Table 2)
were designed and used to amplify the corresponding genes. The generated PCR products were
cloned into pMD118-T and sequenced separately. The nucleotide sequences of these genes
have been deposited in the GenBank database under the accession number KC899078 (1011
bp), KR818834 (267 bp) and KR818835 (915 bp) for ccpA, ptsH and hprK, respectively. The
sequenced products could be translated into ORFs of 336, 88 and 304 amino acids beginning

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ของยีน ccpA, ptsH และ hprK จากต. aotearoense SCUT27จัดตำแหน่งของ putative ccpA, ptsH และ hprK ยีนจากห้า TGPAs (Thermoanaerobactersp. X 514, CP000923 Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571, CP002171Thermoanaerobacterium saccharolyticum เจดับ บลิว/SL-YS485, CP003184 Thermoanaerobacteriumxylanolyticum thermosaccharolyticum LX-11, CP002739 และ Thermoanaerobacterium M0795CP003066) แสดงให้เห็นว่า มีเกี่ยวกับ 25 bp อยู่ภูมิภาคนำของ 5' และ 3' ของยีนเป้าหมาย ตามลำดับ ยกเว้น sp. Thermoanaerobacter X 514 (S1 ฟิก) ตามนำลำดับ ไพรเมอร์ ccpA-F/ccpA-R, hpr-F/hpr-R และ hprK F / hprK-R (ตาราง 2)ออกแบบ และใช้ขยายยีนที่เกี่ยวข้อง ผลิตภัณฑ์ PCR ขึ้นโคลนเป็น pMD118-T และเรียงลำดับโดยแยกต่างหาก ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนเหล่านี้ได้รับฝากไว้ในฐานข้อมูลของ GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียน KC899078 (1011bp), KR818834 (267 bp) และ KR818835 (915 bp) ccpA, ptsH และ hprK ตามลำดับ ที่ผลิตภัณฑ์ตามลำดับอาจแปลตาม ORFs 336, 88 และ 304 กรดอะมิโนเริ่มต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โคลน CCPA, ptsH และยีน hprK จาก T. aotearoense SCUT27
การจัดตำแหน่งของสมมุติ CCPA, ptsH และยีน hprK จากห้า TGPAs (Thermoanaerobacter
SP X514, CP000923. Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 CP002171;
Thermoanaerobacterium saccharolyticum เจดับบลิว / SL-YS485, CP003184 ; Thermoanaerobacterium
xylanolyticum LX-11 CP002739 และ Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum M0795,
CP003066) พบว่ามีประมาณ 25 bp ภูมิภาคอนุรักษ์ที่นำเสนอใน 5 ของพวกเขาและ 3
'ของยีนเป้าหมายตามลำดับยกเว้นThermoanaerobacter SP X514 (S1 รูป) ขึ้นอยู่กับลำดับการอนุรักษ์ไพรเมอร์ของ CCPA-F / CCPA-R HPR-F / HPR-R และ hprK-F / hprK-R (ตารางที่ 2) ได้รับการออกแบบและใช้ในการขยายยีนที่เกี่ยวข้อง ที่สร้างผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ถูกโคลนเข้า pMD118-T และติดใจแยกต่างหาก ลำดับเบสของยีนเหล่านี้ได้รับการฝากไว้ในฐานข้อมูล GenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ KC899078 (1011 bp) KR818834 (267 bp) และ KR818835 (915 bp) สำหรับ CCPA, ptsH และ hprK ตามลำดับ ผลิตภัณฑ์ติดใจจะได้รับการแปลเป็น ORFs 336, 88 และ 304 จุดเริ่มต้นของกรดอะมิโน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การโคลนยีนและ ptsh CCPA hprk , จาก aotearoense scut27
การเรียงตัวของกรดอะมิโนและ ptsh CCPA , hprk ยีนจากห้า tgpas ( thermoanaerobacter
x514 cp000923 sp . , ; thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 cp002171 ;
, thermoanaerobacterium saccharolyticum 16 / sl-ys485 cp003184 thermoanaerobacterium
xylanolyticum lx-11 , ; ,และ cp002739 thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum m0795
, cp003066 ) พบว่า มีประมาณ 25 BP บริเวณอนุรักษ์เสนอของพวกเขา 5 ' และ 3 ' ของยีนเป้าหมาย
ตามลำดับ ยกเว้น thermoanaerobacter sp . x514 ( S1 มะเดื่อ ) ตามลําดับ
อนุรักษ์ไพรเมอร์ของ ccpa-f / ccpa-r hpr-f / , และ / hpr-r hprk-f hprk-r ( ตารางที่ 2 )
ถูกออกแบบมาเพื่อใช้ขยายยีนที่เกี่ยวข้อง สร้างผลิตภัณฑ์ที่ถูกโคลนเข้าดีเอ็นเอ
pmd118-t ลำดับและแยก โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน
เหล่านี้ได้ถูกฝากในขนาดฐานข้อมูลภายใต้การครอบครองจำนวน kc899078 ( การ์ตูน
BP ) kr818834 ( 267 BP ) และ kr818835 ( 915 BP ) สำหรับ CCPA ptsh hprk , และ ตามลำดับ
ผลิตภัณฑ์นี้สามารถแปลเป็น orfs ของ 336 , 88 และ 304 กรดอะมิโน จุดเริ่มต้น