การจำแนกตามลักษณะทางพันธุกรรมโดยใช้จีโนม (genome) ของกล้วยเป็นตัวกำหนดในการแยกชนิด กล่าวคือ กล้วยที่บริโภคกันในปัจจุบันนี้มี บรรพบุรุษเพียง ๒ ชนิด เท่านั้น คือ กล้วยป่า และกล้วยตานี กล้วยที่มีกำเนิดจากกล้วยป่ามีจีโนมเป็น AA กล้วยที่มีกำเนิดจากกล้วยตานีมีจีโนมเป็น BB ส่วนกล้วยที่เกิดจากลูกผสมของกล้วยทั้ง ๒ ชนิดจะมีจีโนมแตกต่างกันไป โดยสามารถจำแนกกลุ่มได้ดังนี้ กลุ่ม AA, AAA, AAB, ABB, BBB, ABBB และBBBB