การเดินทางไปเกาะหลีเป๊ะ สามารถเดินทางโดนเครื่องบินได้ โดย เดินทางลงที่ท่าอากาศยานหาดใหญ่ จากนั้นเดินทางเข้าหาดใหญ่โดยรถตู้สนามบิน ไปยังคิวรถตู้ตลาดเกษตร แล้ว ต่อรถตู้จากคิวรถตู้ตลาดเกษตรไปยัง ท่าเรือปากบารา โดยระบุว่า ลงที่ท่าเรือปากบาร เนื่องจากเรือที่เดินทางไปเกาะหลีเป๊ะมีแค่ ช่วงระยะเวลา 11.30 – 13.30และเรือที่เดินทางออกจากเกาะหลีเป๊ะมีช่วงเวลา 9.00 – 12.30 เพราะฉะนั้น ควรจอง เที่ยวบินขามาที่ถึงหาดใหญ่ก่อนเวลา 11.00 น. และ เที่ยวบินขากลับเป็นเที่ยวบินหลังเวลา ถ้าหากไม่สะดวกทางเครื่องบิน สามารถเดินทางไปกับขบวนรถไฟ กรุงเทพฯ - ยะลา หรือกรุงเทพฯ - หาดใหญ่ ได้ โดยซื้อตั๋วและระบุลงที่สถานีรถไฟหาดใหญ่ หรือ รถโดยสารปรับอากาศและรถธรรมดา กรุงเทพฯ - สตูล ให้บริการ ทุกวัน