RESULTS16S rDNA sequence analysis a

RESULTS
16S rDNA sequence analysis and bacterial identification.
An almost-complete 16S rDNA sequence containing fewer
than 1% undetermined positions was obtained for all of the
isolates included in the study; thus, 177 query sequences were
available for comparison (Table 1). For three isolates (1.7%)
belonging to the genus Corynebacterium and an unidentified
species, DNA extraction had to be repeated after initial 16S
rDNA amplification attempts failed. For two isolates (1.1%),
the 16S rDNA sequencing procedure had to be carried out
twice after the first analysis demonstrated probable mixed sequences.
16S rDNA-based analysis resulted in the classification
of the isolates into three categories (Table 1 and Fig. 1). A
total of 139 of 177 isolates (78.5%) possessed a 16S rDNA
sequence with $99% similarity to that of a previously characterized
bacterial species. A total of 159 of 177 (89.8%) possessed
a 16S rDNA sequence with $97% similarity to that of
a genus member. Among these 159 isolates, Enterobacter and
Pantoea exhibited a 99% 16S rDNA sequence similarity with
GenBank sequences significantly less frequently than isolates
belonging to the other genera (P 5 0.04; odds ratio 5 0.32
[95% confidence interval, 0.10 to 1.14] [Fischer’s exact test]). A
total of 18 of 177 isolates (10.2%) had a 16S rDNA sequence
with ,97% similarity with the closest sequence in GenBank.
The efficiency in achieving a 99% 16S rDNA similarity level
was not significantly different between isolates obtained from
clinical or environmental sources. However, 12 of 18 isolates
with ,97% similarity to other GenBank sequences originated
from environmental sources (P 5 0.07 by the Mantel-Haenszel
test). A total of 41 original 16S rDNA sequences corresponding
to new species and new genera have been deposited in
public databases (Table 1).
Taxonomic relationships of unidentified isolates. 16S rDNA
analysis determined that 6 of 18 unidentified isolates belonged
to low-percent-G1C-content gram-positive bacteria, 4 of 18
belonged to high-percent-G1C-content gram-positive bacteria,
6 of 18 belonged to gamma subgroup Proteobacteria, and 2
of 18 belonged to the Bacteroides-Cytophaga phylum. The phylogenetic
relationships of these isolates as inferred by neighbor-joining
analysis are presented in Fig. 2.
Analysis of conventional-identification failures. Failures in
appropriate conventional identification are presented in Fig. 1.
Among 16 Bacillus isolates analyzed, 16S rDNA-based identi-
fication confirmed conventional identification for 3 isolates;
inaccurate conventional identification was a result of unmatched
Gram determination for 7 isolates, unmatched biochemical
profile determination for 5 isolates, and unmatched
growth requirement determination for 1 isolate. Failure to
accurately identify Escherichia coli isolates when using conventional
methods was a result of unmatched biochemical profile
determination for eight of nine isolates and of inaccurate oxidase
activity determination for one of nine isolates. Failure of
conventional identification of Staphylococcus spp. resulted
from inaccurate biochemical profile determination for all nine
isolates examined.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์16S rDNA ลำดับวิเคราะห์และเชื้อแบคทีเรียรหัสมีเกือบสมบูรณ์ 16S rDNA ลำดับที่ประกอบด้วยน้อยกว่ากว่าร้อยละ 1 ตำแหน่งไม่ได้ถูกระบุไว้ได้รับทั้งหมดของการแยกรวมอยู่ในการศึกษา ดังนั้น 177 สอบถามลำดับพร้อมใช้งานสำหรับการเปรียบเทียบ (ตาราง 1) สามแยก (1.7%)สกุล Corynebacterium และที่ไม่ได้ระบุพันธุ์ สกัดดีเอ็นเอมีการทำซ้ำหลังจากครั้งแรก 16SrDNA ขยายความพยายามล้มเหลว สำหรับสองแยก (1.1%),16S rDNA ลำดับขั้นตอนมีการดำเนินการสองครั้งหลังจากการวิเคราะห์ครั้งแรกแสดงให้เห็นลำดับน่าจะผสม16S rDNA คะแนนวิเคราะห์ผลการจำแนกของการแยกเป็นสามประเภท (ตารางที่ 1 และรูปที่ 1) Aจำนวน 139 ของ 177 แยก (78.5%) ครอบครองเป็น 16S rDNAลำดับ ด้วย 99% คล้ายคลึงของลักษณะก่อนหน้านี้สายพันธุ์แบคทีเรีย ทั้งหมด 159 ของ 177 (89.8%) สิง16S rDNA ลำดับ ด้วย $97% คล้ายคลึงกับของสมาชิกสกุล ในหมู่เหล่านี้ 159 แยก Enterobacter และPantoea เป็น 99% 16S rDNA ลำดับความคล้ายคลึงกับการจัดแสดงได้มากน้อยบ่อยกว่าแยกลำดับ GenBankเป็นของสกุลอื่น (P 5 0.04 อัตราต่อรองอัตรา 5 0.32[95% ช่วงความเชื่อมั่น 0.10 1.14] [ของ Fischer แน่นอนการทดสอบ]) Aรวม 18 ของ 177 แยก (10.2%) มีลำดับ 16S rDNAด้วย 97% ที่ความคล้ายคลึงกับลำดับที่ใกล้เคียงใน GenBankประสิทธิภาพในการบรรลุระดับความเหมือน 99% 16S rDNAไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างที่แยกได้จากแหล่งข้อมูลทางการแพทย์ หรือสิ่งแวดล้อม อย่างไรก็ตาม 12 ของแยก 18กำเนิด 97% คล้ายคลึงอื่น ๆ ลำดับ GenBankจากแหล่งข้อมูลสิ่งแวดล้อม (P 5 0.07 โดยหิ้ง-Haenszelการทดสอบ) รวม 41 เดิม 16S rDNA ลำดับที่สอดคล้องสายพันธุ์ใหม่ และใหม่สกุลได้รับฝากไว้ในฐานข้อมูลสาธารณะ (ตาราง 1)ความสัมพันธ์ของอนุกรมวิธานของแยกไม่ 16S rDNAวิเคราะห์กำหนด 6 ของ 18 ไม่ได้ระบุแยกเป็นเพื่อแบคทีเรียต่ำเปอร์เซ็นต์ G1C เนื้อหา 4 18เป็นแบคทีเรียแกรมบวกสูงร้อยละ G1C เนื้อหา6 18 เป็นกลุ่มย่อยแกมมา Proteobacteria และ 218 เป็นไฟลัม Bacteroides Cytophaga ที่ทางความสัมพันธ์ของเหล่านี้แยกเป็นสรุปการเข้าร่วมเพื่อนบ้านการวิเคราะห์จะแสดงในรูปที่ 2การวิเคราะห์ความล้มเหลวทั่วไประบุ ความล้มเหลวในรหัสทั่วไปที่เหมาะสมจะแสดงในรูปที่ 1หมู่ 16 บาซิลลัส ที่แยกวิเคราะห์ 16S rDNA จาก identi-fication ยืนยันรหัสเดิมสำหรับแยก 3รหัสทั่วไปที่ไม่ถูกต้องคือ ผลลัพธ์ของการไม่ตรงกันกำหนดกรัมสำหรับ 7 แยก ไม่ตรงทางชีวเคมีการกำหนดโพรไฟล์ สำหรับ แยก 5 และไม่ตรงกันกำหนดความต้องการเจริญเติบโตสำหรับ 1 แยก ความล้มเหลวระบุอย่างถูกต้อง Escherichia coli ที่แยกเมื่อใช้ทั่วไปวิธีคือ ผลลัพธ์ของโปรไฟล์ทางชีวเคมีที่ไม่ตรงกันกำหนดแปดเก้าแยก และ oxidase ที่ไม่ถูกต้องกำหนดกิจกรรมหนึ่งแยกเก้า ความล้มเหลวของรหัสเดิมของ Staphylococcus ออกซิเจนส่งผลให้จากกำหนดโปรไฟล์ทางชีวเคมีที่ไม่ถูกต้องสำหรับทุกเก้าแยกการตรวจสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผล
. 16S rDNA วิเคราะห์ลำดับและบัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรีย
ลำดับ 16S rDNA เกือบสมบูรณ์มีน้อยลง
ตำแหน่งบึกบึนกว่า 1% ที่ได้รับสำหรับทุก
สายพันธุ์รวมในการศึกษานั้น จึง 177 ลำดับแบบสอบถามมีความ
พร้อมสำหรับการเปรียบเทียบ (ตารางที่ 1) สามไอโซเลท (1.7%)
ที่อยู่ในประเภท Corynebacterium และไม่ปรากฏชื่อ
สายพันธุ์สกัดดีเอ็นเอจะต้องมีการทำซ้ำหลังจากที่เริ่มต้น 16S
rDNA พยายามขยายล้มเหลว สำหรับสองไอโซเลท (1.1%)
ขั้นตอนลำดับ 16S rDNA จะต้องมีการดำเนินการ
ครั้งที่สองหลังจากการวิเคราะห์ครั้งแรกที่แสดงให้เห็นถึงลำดับผสมน่าจะเป็น.
วิเคราะห์ 16S rDNA ตามผลในการจัดหมวดหมู่
ของเชื้อออกเป็นสามประเภท (ตารางที่ 1 และรูปที่ 1. )
รวมของ 139 177 ไอโซเลท (78.5%) เป็นเจ้าของ 16S rDNA
ลำดับด้วย $ 99% ความคล้ายคลึงกันกับที่โดดเด่นก่อนหน้านี้
สายพันธุ์ของเชื้อแบคทีเรีย รวม 159 177 (89.8%) สิง
ลำดับ 16S rDNA ด้วย $ 97% ความคล้ายคลึงกันกับที่ของ
สมาชิกสกุล กลุ่มคนเหล่านี้ 159 ไอโซเลท, Enterobacter และ
Pantoea แสดง 99% 16S rDNA คล้ายคลึงกันลำดับที่มี
ลำดับ GenBank อย่างมีนัยสำคัญน้อยกว่าสายพันธุ์
ที่อยู่ในจำพวกอื่น ๆ (P 5 0.04 odds ratio 5 0.32
[95% ช่วงความเชื่อมั่น, 0.10-1.14] [ฟิสเชอร์ การทดสอบที่แน่นอน])
รวม 18 177 ไอโซเลท (10.2%) มีลำดับ 16S rDNA
กับ 97% ความคล้ายคลึงกันกับลำดับใกล้เคียงที่สุดใน GenBank.
มีประสิทธิภาพในการบรรลุ 99% 16S rDNA ระดับความคล้ายคลึงกัน
ไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างสายพันธุ์ที่ได้รับจาก
คลินิกหรือสิ่งแวดล้อม แหล่งที่มา อย่างไรก็ตาม 12 แยก 18
กับ 97% คล้ายคลึงกันลำดับ GenBank อื่น ๆ ที่มีต้นกำเนิดมา
จากแหล่งข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม (P 5 0.07 โดย Mantel-Haenszel
Test) ทั้งหมด 41 เดิมลำดับ 16S rDNA สอดคล้อง
สายพันธุ์ใหม่และจำพวกใหม่ได้รับการฝากไว้ใน
ฐานข้อมูลสาธารณะ (ตารางที่ 1).
ความสัมพันธ์อนุกรมวิธานของเชื้อที่ไม่ปรากฏชื่อ 16S rDNA
วิเคราะห์ระบุว่า 6 จาก 18 สายพันธุ์ที่ไม่ปรากฏชื่อเป็น
ไปร้อยละ G1C เนื้อหาต่ำแบคทีเรียแกรมบวก 4 จาก 18
เป็นของสูงร้อยละ G1C เนื้อหาแบคทีเรียแกรมบวก
6 จาก 18 เป็นแกมมากลุ่มย่อย Proteobacteria, 2 และ
18 เป็นของประเภท Bacteroides-Cytophaga phylogenetic
ความสัมพันธ์ของเชื้อเหล่านี้เป็นสรุปโดยเพื่อนบ้านเข้าสู่
การวิเคราะห์จะถูกนำเสนอในรูป 2.
การวิเคราะห์ความล้มเหลวของการชุมนุมบัตรประจำตัว ความล้มเหลวใน
บัตรประจำตัวเดิมที่เหมาะสมจะถูกนำเสนอในรูป 1.
ในบรรดา 16 Bacillus แยกวิเคราะห์ 16S rDNA ตามบ่ง
การตรวจบัตรประจำตัวยืนยันการชุมนุม 3 ไอโซเลท;
ไม่ถูกต้องประจำตัวประชาชนทั่วไปเป็นผลมาจากที่ไม่มีใครเทียบ
ความมุ่งมั่นแกรม 7 ไอโซเลทที่ไม่ตรงกันทางชีวเคมี
การกำหนดรายละเอียดสำหรับ 5 สายพันธุ์และที่ไม่มีใครเทียบ
การกำหนดความต้องการสำหรับการเจริญเติบโต 1 แยก ล้มเหลวในการ
ระบุ Escherichia coli ได้อย่างถูกต้องแยกการชุมนุมเมื่อใช้
วิธีการเป็นผลมาจากรายละเอียดที่ไม่ตรงกันทางชีวเคมี
มุ่งมั่นแปดเก้าไอโซเลทและ oxidase ที่ไม่ถูกต้อง
การกำหนดกิจกรรมหนึ่งในเก้าไอโซเลท ความล้มเหลวของ
บัตรประจำตัวทั่วไปของเชื้อ Staphylococcus spp ผล
จากการกำหนดรายละเอียดทางชีวเคมีที่ไม่ถูกต้องสำหรับทุกเก้า
ไอโซเลทตรวจสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์การวิเคราะห์และการกำหนดลำดับ 16S rDNA จากแบคทีเรียเกือบสมบูรณ์ 16S rDNA sequence ที่มีน้อยลงกว่า 1% บึกบึนตำแหน่งได้รับทั้งหมดของสายพันธุ์ รวมอยู่ในการศึกษา ดังนั้น ผมสอบถาม ลำดับคือพร้อมใช้งานสำหรับการเปรียบเทียบ ( ตารางที่ 1 ) 3 สายพันธุ์ ( ร้อยละ 1.7 )บ้านสกุลโคโรนีแบคทีเรียมและระบุชนิดสกัดดีเอ็นเอได้ซ้ำหลังจากใช้ครั้งแรกด้วยการเพิ่มความพยายามล้มเหลว สองสายพันธุ์ ( 1.1% ) ,ช่วง 16S rDNA ลำดับขั้นตอนต้องถูกหามออกมาสองครั้งหลังการวิเคราะห์ลำดับแรกโดยผสมน่าจะเป็น16S rDNA จากการวิเคราะห์ผลในการจำแนกแห่ง แยกเป็นสามประเภท ( ตารางที่ 1 และรูปที่ 1 ) เป็นทั้งหมด 139 177 สายพันธุ์ ( ร้อยละ 78.5 ) ครอบครอง 16S rDNAลำดับกับ $ 99 % เหมือนที่เคยโดดเด่นแบคทีเรียชนิด ทั้งหมด 159 177 ( 89.8 % ) ครอบครองเป็นลำดับ 16S rDNA กับ $ 97 % ความเหมือนที่เป็นประเภทของสมาชิก ระหว่างนี้ 159 เชื้อ Enterobacter และpantoea มี 99% 16S rDNA sequence ที่คล้ายคลึงกับขนาดลำดับอย่างมีนัยสำคัญน้อยกว่าไอโซเลทเป็นของสกุลอื่น ๆ ( P 5 0.04 ; Odds Ratio 5 0.32[ ช่วงความเชื่อมั่น 95% เท่ากับ 1.14 ] [ ฟิชเชอร์ Exact Test ] ) เป็นรวม 18 177 สายพันธุ์ ( ร้อยละ 10.2 ) มีลำดับ 16S rDNAกับ , 97 ความเหมือนกับลำดับใกล้บริเวณประสิทธิภาพในการบรรลุระดับความเหมือน 99% 16S rDNAไม่มีความแตกต่างกันระหว่างสายพันธุ์ที่ได้รับจากแหล่งข้อมูลทางคลินิกหรือสิ่งแวดล้อม อย่างไรก็ตาม , 12 18 ไอโซเลทกับ , 97 ความคล้ายคลึงกับลำดับขนาดอื่น ๆที่มาจากแหล่งข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม ( P 5 อะ - 0.07 โดยทดสอบ ) ทั้งหมด 41 ต้นฉบับ 16S rDNA ยีนที่เกี่ยวข้องสายพันธุ์ใหม่ สกุลใหม่ ได้รับเงินในฐานข้อมูลสาธารณะ ( ตารางที่ 1 )ระบุความสัมพันธ์ทางอนุกรมวิธานของเชื้อ 16S rDNAการวิเคราะห์ระบุว่า 6 18 ระบุ แยกเป็นของเพื่อ low-percent-g1c-content แบคทีเรียแกรมบวก 4 18เป็นของ high-percent-g1c-content แบคทีเรียแกรมบวกแบคทีเรีย6 18 เป็นของแกมมากลุ่มย่อยโพรทีโอแบคทีเรียและ18 เป็นของไฟลัม bacteroides cytophaga . การวิวัฒนาการความสัมพันธ์ของจำนวนเป็นสรุปโดยเพื่อนบ้านเข้าร่วมการวิเคราะห์จะแสดงในรูปที่ 2การวิเคราะห์แบบระบุความล้มเหลว ความล้มเหลวในจะถูกนำเสนอในรูปแบบที่เหมาะสมตัว 1ระหว่าง 16 Bacillus สายพันธุ์ 16S rDNA จาก identi - วิเคราะห์fication ยืนยันการชุมนุม 3 ไอโซเลท ;ไม่ถูกต้อง ปกติจำแนกได้ผลไม่ตรงกันกรัม ปริมาณ 7 สายพันธุ์ที่ไม่ตรงกัน ทางชีวเคมีรายละเอียดหา 5 ไอโซเลท และไม่ตรงกันการกำหนดความต้องการสำหรับ 1 ไอโซเลท ความล้มเหลวถูกต้องระบุเชื้อ Escherichia coli สายพันธุ์เมื่อใช้ตามปกติวิธีที่ได้ผลของโปรไฟล์ไม่ตรงกัน ทางชีวเคมีหาแปดเก้าสายพันธุ์ของเอนไซม์และไม่ถูกต้องกิจกรรมการหาหนึ่งในเก้าของเชื้อ ความล้มเหลวของการจำแนกเชื้อ Staphylococcus spp . ทำให้ปกติการกำหนดรายละเอียดที่ไม่ถูกต้องทางชีวเคมีทั้งหมดเก้าจากการตรวจสอบ