2.2. Identification of bacteria iso

2.2. Identification of bacteria isolates
Representative colonies were selected for phylogenetic characterisation
by sequencing the V4 region of each 16S-rRNA gene.
The DNA of bacterial isolates was extracted by a thermal freeze
thaw method (Knapp et al., 2012), alternating between 80 C and
70 C in 100 mL PBS (phosphate buffer solution; pH 7.4). PCR reaction
was performed with a Bio-Rad iQ5 Real-Time PCR Detection
System. Forward and reverse primers (SigmaeAldrich, Life Sciences,
UK) were V4-16S-515F (50-TGTGCCAGCMGCCGCGGTAA) and
V4-16S-806R (50-GGCTACHVGGGTWTCTAAT) (Caporaso et al.,
2011). Each PCR reaction contained 10 mL of Universal Supermix
(Bio-Rad, UK), 500 ɳM of each primer, 0.1 mL SYBR green, 6 mL of
nuclease free water and 3 mL of DNA template. A PCR run consisted
of initial denaturation at 95 C for 3 min followed by 40 cycles of
denaturation at 95 C for 30 s, annealing at 50 C for 30 s,
extension at 72 C for 30 s and then a 10 min final extension at
72 C. PCR product length was verified on 2% agarose gel (Bio-Rad,
UK) with ethidium bromide (SigmaeAldrich, UK) and a 50-bp DNA
ladder.
A QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen, UK) was used to purify
PCR products. DNA concentrations were determined by the
EPOCH™ Microplate spectrophotometric system (BioTek, UK). Five
mL of purified DNA was mixed with the same volume of 5 mM forward
primer solution in total volume of 10 mL. Sequencing for the
identification of bacteria was performed by LightRun Sequencing

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2. รหัสของแบคทีเรียที่แยกได้ผู้แทนอาณานิคมถูกเลือกสำหรับการตรวจลักษณะเฉพาะของ phylogeneticโดยจัดลำดับภาค V4 ของแต่ละยีน 16S rRNAดีเอ็นเอของแบคทีเรียที่แยกถูกแยก โดยการหยุดความร้อนทรานวิธี (Knapp ร้อยเอ็ด 2012), ระหว่าง 80 C และ70 C 100 มิลลิลิตร PBS (สารละลายฟอสเฟตบัฟเฟอร์ ค่า pH 7.4) ปฏิกิริยา PCRดำเนินการกับแบบ Bio Rad iQ5 เรี PCR ตรวจหาระบบ ไปข้างหน้า และย้อนกลับไพรเมอร์ (SigmaeAldrich วิทยาศาสตร์ชีวภาพไทยถูก V4-16S-515F (50-TGTGCCAGCMGCCGCGGTAA) และV4-16S-806R (50-GGCTACHVGGGTWTCTAAT) (Caporaso et al.,2011) . ปฏิกิริยา PCR แต่อยู่ Supermix สากล 10 มล.(Bio Rad, UK), ɳM 500 ของรองพื้นแต่ละ 0.1 มล. SYBR เขียว 6 มล.น้ำฟรี nuclease และ 3 มิลลิลิตรของดีเอ็นเอต้นแบบ ประกอบด้วยการทำ PCRการ denaturation เริ่มต้นที่ 95 C 3 นาทีตาม ด้วยรอบ 40denaturation ที่ 95 C 30 s หลอม 50 c เป็นเวลา 30 sนามสกุลที่ 72 C 30 s และส่วนขยายเป็น 10 นาทีสุดท้ายที่รับการตรวจสอบความยาวผลิตภัณฑ์ PCR 72 C. บน 2% agarose เจล (Bio RadUK) โบรไมด์ ethidium (SigmaeAldrich, UK) และดีเอ็นเอแบบบีพี 50บันไดชุด PCR บริสุทธิ์ QIAquick (Qiagen, UK) ถูกใช้เพื่อผลิตภัณฑ์ PCR ความเข้มข้นของดีเอ็นเอถูกกำหนดโดยการEPOCH™ Microplate spectrophotometric ระบบ (BioTek, UK) ห้าmL ของดีเอ็นเอบริสุทธิ์ถูกผสมกับ 5 มม.ข้างหน้าระดับเดียวกันโซลูชันการรองพื้นในปริมาณรวมของ 10 มล. สำหรับการจัดลำดับทำรหัสของแบคทีเรีย โดยการจัดลำดับ LightRun

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 บัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรียที่แยก
อาณานิคมตัวแทนถูกเลือกสำหรับตัวละครสายวิวัฒนาการ
โดยการจัดลำดับภูมิภาค V4 ของแต่ละยีน 16S-rRNA.
ดีเอ็นเอของเชื้อแบคทีเรียถูกสกัดโดยการแช่แข็งความร้อน
วิธีการละลาย (แนป et al., 2012) การสลับระหว่าง? 80? เซลเซียสและ
70 องศาเซลเซียสใน 100 มลพีบีเอส (สารละลายฟอสเฟตบัฟเฟอร์; ค่า pH 7.4) ปฏิกิริยา PCR
ได้รับการดำเนินการกับการตรวจ PCR Bio-Rad iQ5 Real-Time
ระบบ ไปข้างหน้าและย้อนกลับไพรเมอร์ (SigmaeAldrich, Life Sciences,
สหราชอาณาจักร) เป็น V4-16S-515F (50 TGTGCCAGCMGCCGCGGTAA) และ
V4-16S-806R (50 GGCTACHVGGGTWTCTAAT) (Caporaso et al.,
2011) แต่ละปฏิกิริยา PCR บรรจุ 10 มลสากล SUPERMIX
(Bio-Rad สหราชอาณาจักร), 500 ɳMของแต่ละไพรเมอร์ 0.1 มล SYBR สีเขียว, 6 มล
Nuclease น้ำฟรีและ 3 มลดีเอ็นเอแม่แบบ PCR วิ่งประกอบด้วย
ของ denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 นาทีตามด้วย 40 รอบของการ
สูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่อุณหภูมิ 50 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที,
นามสกุลที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาทีและจากนั้น 10 นาที ขยายสุดท้ายที่
72 องศาเซลเซียส สินค้าความยาว PCR ได้รับการยืนยันเมื่อวันที่ 2% agarose เจล (Bio-Rad,
สหราชอาณาจักร) กับ ethidium bromide (SigmaeAldrich สหราชอาณาจักร) และดีเอ็นเอ 50 bp
บันได.
QIAquick PCR บริสุทธิ์ Kit (Qiagen สหราชอาณาจักร) ถูกนำมาใช้ในการชำระล้าง
ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ ความเข้มข้นของดีเอ็นเอที่ถูกกำหนดโดย
ระบบสเปกกาล™ไมโคร (Biotek สหราชอาณาจักร) ห้า
มิลลิลิตรดีเอ็นเอบริสุทธิ์ผสมกับปริมาณเดียวกัน 5 มิลลิไปข้างหน้า
การแก้ปัญหาไพรเมอร์ในปริมาณรวมของ 10 มิลลิลิตร ลำดับสำหรับ
บัตรประจำตัวของเชื้อแบคทีเรียได้ดำเนินการโดยลำดับ LightRun

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การจำแนกชนิดของแบคทีเรียไอโซเลทผู้แทนอาณานิคมเลือกชนิดหลักโดยลำดับเบส 16S rRNA ของแต่ละภูมิภาค / ยีนดีเอ็นเอของเชื้อที่แยกได้ถูกสกัดโดยแช่ร้อนวิธีละลาย ( Knapp et al . , 2012 ) , สลับระหว่าง 80 องศาเซลเซียส70 C 100 มิลลิลิตร PBS ( ฟอสเฟตบัฟเฟอร์ pH 7.4 โซลูชั่น ; ) ปฏิกิริยา PCRแสดงกับไบโอ ราด iq5 เวลาจริงการตรวจสอบดีเอ็นเอระบบ ไปข้างหน้าและย้อนกลับ PCR ( sigmaealdrich ชีวิตวิทยาศาสตร์อังกฤษ ) เป็น v4-16s-515f ( 50-tgtgccagcmgccgcggtaa ) และv4-16s-806r ( 50-ggctachvgggtwtctaat ) ( caporaso et al . ,2011 ) แต่ละเพื่อตรวจหาจำนวน 10 มิลลิลิตร supermix สากล( สหราชอาณาจักรไบแรด ) 500 ɳ M ของแต่ละแนวทาง 0.1 ml SYBR กรีน 6 มิลลิลิตรนิวเคลียสและ 3 มล. ของน้ำฟรีแม่แบบดีเอ็นเอ เป็นวิธีเรียกคือ( เริ่มต้นที่ 95 C เป็นเวลา 3 นาที ตามด้วย 40 รอบ( ที่ 95 C 30 S , อบอ่อนที่อุณหภูมิ 50 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาทีนามสกุลที่ 72 C เป็นเวลา 30 วินาทีและจากนั้น 10 นาทีสุดท้ายขยายที่72 . PCR ยืนยันผลิตภัณฑ์ความยาว 2 % เจล ( BIO RAD ,สหราชอาณาจักร ) กับทิเดียมโบรไมด์ ( sigmaealdrich , UK ) และ 50 คู่ดีเอ็นเอบันไดเป็น qiaquick PCR ฟอก Kit ( QIAGEN , UK ) ถูกใช้ในการฟอกผลิตภัณฑ์ PCR โดยมีกำหนดโดยดีเอ็นเอยุค™พื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย ) ระบบ ( biotek , UK ) ห้ามิลลิลิตรของดีเอ็นเอบริสุทธิ์ผสมกับปริมาณเดียวกันของ 5 มม. ไปข้างหน้าแนวทางแก้ปัญหาในปริมาณ 10 มล. ลำดับสำหรับการจำแนกชนิดของแบคทีเรีย โดยการ lightrun