which map as distinct structures th

which map as distinct structures that do not share large recombining
repeats with other chromosomes. First reported in the
cucumber mitochondrial genome in 2011, autonomous chromosomes
have now been discovered in three independent angiosperm
lineages, indicating that they are likely to be a much more
widespread phenomenon (Alverson et al., 2011; Sloan et al.,
2012a; Rice et al., 2013). Again, the most striking examples of
this phenomenon have been identified in Silene species with
elevated substitution rates, as S. conica and S. noctiflora both
contain dozens of distinct circular-mapping mitochondrial chromosomes
(Sloan et al., 2012a). Variation in plant mtDNA size and
structure may be intimately related to the evolution of the nucleus
because the genes that are responsible for the replication,
maintenance, and expression of mtDNA are encoded almost
exclusively in the nuclear genome.
Testing for cytonuclear co-evolution in plants
The large body of evolutionary theory relating to cytonuclear
interactions offers a number of testable predictions that could take
advantage of the staggering diversity found in plant mitochondrial
substitution rates, gene content and genome architecture. For
example, we would expect that plant species with unusually high
mitochondrial substitution rates (Fig. 1) would exhibit the
following: (1) a high rate of gene loss and functional gene transfer
to the nucleus, (2) a high rate of compensatory changes in the
nuclear genes that code for proteins that are targeted to the
mitochondria and interact with mitochondrial-encoded gene
products, and (3) rapid evolution of reproductive isolation and a
larger cytonuclear component to speciation. All of these predictions
and many others could be tested in multiple independent
angiosperm lineages with highly accelerated mitochondrial substitution
rates (Fig. 1), and they could be assessed relative to closely
related species that maintain low rates, which are more typical of
plant mitochondria.
A recent study examining sequence evolution in mitochondrial,
plastid and cytosolic ribosomal protein genes within the genus
Silene highlights the potential for comparative analyses of plant
species with highly divergent rates of mitochondrial genome
evolution (Sloan et al., 2014). This study took advantage of the
fact that cytoplasmic organelles contain their own ribosomes,
which are distinct from the cytosolic ribosomes responsible for
translating nuclear-encoded transcripts (Barreto & Burton,
2013). Whereas cytosolic ribosomes are composed exclusively of
nuclear-encoded proteins and rRNAs, each organelle ribosome is
a consortium of gene products from two different genomes.
Therefore, there are nuclear-encoded proteins in each type of
ribosome, but only those that are targeted to organelle ribosomes
have to interact with organelle gene products. This provides a
nicely controlled matrix of comparisons for testing for the effects
of cytonuclear interactions on rates of sequence evolution in the
nucleus (Fig. 2B). High mutation rates in the mitochondrial

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ซึ่งแผนที่เป็นโครงสร้างทั้งหมดที่ร่วม recombining ขนาดใหญ่ทำซ้ำกับ chromosomes อื่น ๆ รายงานครั้งแรก ในการแตงกวา mitochondrial จีโนมใน 2011, chromosomes อิสระตอนนี้ถูกค้นพบใน angiosperm อิสระ 3เชื้อชาติ ระบุว่า พวกเขามีแนวโน้มที่จะเป็นมากปรากฏการณ์อย่างแพร่หลาย (Alverson et al., 2011 สโลน et al.,2012a ข้าวร้อยเอ็ด al., 2013) อีกตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของปรากฏการณ์นี้ได้รับการระบุในชนิด Silene ด้วยแทนสูงราคา S. conica และ S. noctiflora ทั้งประกอบด้วยหลายสิบของ chromosomes mitochondrial วงการแม็ปทั้งหมด(สโลน et al., 2012a) เปลี่ยนแปลงขนาดของ mtDNA พืช และโครงสร้างอาจจึงเกี่ยวข้องกับวิวัฒนาการของนิวเคลียสเนื่องจากยีนที่มีหน้าที่ในการจำลองการบำรุงรักษา และค่าของ mtDNA จะเข้าเกือบโดยเฉพาะในกลุ่มนิวเคลียร์วิวัฒนาการร่วม cytonuclear ในพืชทดสอบร่างกายขนาดใหญ่ของทฤษฎีวิวัฒนาการที่เกี่ยวข้องกับ cytonuclearโต้ตอบเสนอจำนวน testable คาดคะเนที่อาจประโยชน์ของความหลากหลายส่ายที่พบในพืช mitochondrialอัตราทดแทน เนื้อหายีน และจีโนมสถาปัตยกรรม สำหรับตัวอย่าง เราจะคาดว่าพืชที่สายพันธุ์มีสูงผิดปกติอัตราทดแทน mitochondrial (Fig. 1) จะแสดงต่อไปนี้: (1) อัตราความเร็วของการสูญเสียยีนและยีนทำงานโอนย้ายกับนิวเคลียส, (2) อัตราความเร็วของการชดเชยการเปลี่ยนแปลงในการยีนนิวเคลียร์ที่รหัสสำหรับโปรตีนที่กำหนดเป้าหมายไปmitochondria และโต้ตอบกับยีน mitochondrial เข้าผลิตภัณฑ์ และวิวัฒนาการอย่างรวดเร็ว (3) แยกสืบพันธุ์และใหญ่ส่วนประกอบ cytonuclear การเกิดสปีชีส์ใหม่ คาดการณ์เหล่านี้ทั้งหมดและอื่น ๆ อีกมากมายสามารถทดสอบในอิสระหลายเชื้อชาติ angiosperm กับ mitochondrial แทนสูงรวดเร็วราคา (Fig. 1), และพวกเขาสามารถได้รับการประเมินกับอย่างใกล้ชิดพันธุ์ที่เกี่ยวข้องที่รักษาอัตราต่ำ ซึ่งเป็นทั่วไปของพืช mitochondriaการศึกษาล่าสุดตรวจสอบลำดับวิวัฒนาการใน mitochondrialพลาสติดและยีนโปรตีน cytosolic ribosomal ภายในตระกูลนี้Silene เน้นศักยภาพในการวิเคราะห์เปรียบเทียบของโรงงานพันธุ์ราคาสูงขันติธรรมของ mitochondrial จีโนมวิวัฒนาการ (สโลน et al., 2014) การศึกษานี้ได้ประโยชน์จากการความจริงที่ว่า cytoplasmic organelles ประกอบด้วย ribosomes ของตนเองซึ่งจะแตกต่างจาก ribosomes cytosolic ชอบแปลนิวเคลียร์เข้าใบแสดงผล (Barreto และเบอร์ตัน2013) ขณะ cytosolic ribosomes จะประกอบด้วยทั้งหมดนิวเคลียร์เข้าโปรตีนและ rRNAs ไรโบโซมแต่ละออร์แกเนลล์เป็นกิจการร่วมค้าของผลิตภัณฑ์ยีน genomes สองแตกต่างกันดังนั้น มีนิวเคลียร์เข้าโปรตีนแต่ละชนิดไรโบโซม แต่เฉพาะผู้ที่เป็นเป้าหมาย ribosomes ออร์แกเนลล์มีการโต้ตอบกับออร์แกเนลล์ยีน ให้เป็นเมตริกซ์อย่างควบคุมเปรียบเทียบการทดสอบผลกระทบของโต้ตอบ cytonuclear ราคาของลำดับวิวัฒนาการในการนิวเคลียส (Fig. 2B) อัตราการกลายพันธุ์สูงในใน mitochondrial

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ซึ่งแผนที่เป็นโครงสร้างที่แตกต่างที่ไม่ได้ร่วม recombining ขนาดใหญ่
ซ้ำกับโครโมโซมอื่น ๆ รายงานครั้งแรกใน
จีโนมยลแตงกวาในปี 2011 โครโมโซมอิสระ
ได้รับการค้นพบในสามพืชชั้นสูงอิสระ
lineages แสดงให้เห็นว่าพวกเขามีแนวโน้มที่จะมากขึ้น
ปรากฏการณ์ที่แพร่หลาย (Alverson, et al, 2011;. สโลน, et al.
2012a; ข้าว et al., 2013) อีกตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของ
ปรากฏการณ์นี้ได้รับการระบุในสปีชีส์ไซเลนที่มี
อัตราสูงทดแทนเช่นเอส conica และ S. noctiflora ทั้ง
มีหลายสิบกลมทำแผนที่ที่แตกต่างโครโมโซมยล
(สโลน et al., 2012a) การเปลี่ยนแปลงในขนาด mtDNA อาคารและ
โครงสร้างอาจจะเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับวิวัฒนาการของนิวเคลียส
เพราะยีนที่มีความรับผิดชอบสำหรับการจำลอง,
การบำรุงรักษาและการแสดงออกของ mtDNA จะถูกเข้ารหัสเกือบ
เฉพาะในจีโนมนิวเคลียร์.
ทดสอบ cytonuclear ร่วมวิวัฒนาการในพืช
ร่างใหญ่ของทฤษฎีวิวัฒนาการที่เกี่ยวข้องกับการ cytonuclear
ปฏิสัมพันธ์มีจำนวนของการคาดการณ์ที่สามารถทดสอบได้ว่าอาจจะใช้
ประโยชน์จากความหลากหลายส่ายที่พบในพืชยล
อัตราทดแทนเนื้อหาของยีนและสถาปัตยกรรมจีโนม สำหรับ
ตัวอย่างเช่นเราจะคาดหวังว่าสายพันธุ์พืชที่มีสูงผิดปกติ
(Fig. 1) อัตราการทดแทนยลจะแสดง
ต่อไปนี้: (1) อัตราที่สูงของการสูญเสียของยีนและการถ่ายโอนยีนทำงาน
เพื่อนิวเคลียส (2) อัตราที่สูงของการชดเชย การเปลี่ยนแปลงใน
ยีนนิวเคลียร์ว่ารหัสสำหรับโปรตีนที่มีการกำหนดเป้าหมายที่จะ
mitochondria และมีปฏิสัมพันธ์กับยีนยลเข้ารหัส
ผลิตภัณฑ์และ (3) วิวัฒนาการอย่างรวดเร็วของการแยกการสืบพันธุ์และ
ส่วนประกอบ cytonuclear ขนาดใหญ่เพื่อ speciation ทั้งหมดของการคาดการณ์เหล่านี้
และอื่น ๆ อีกมากมายสามารถทดสอบในหลายอิสระ
lineages พืชชั้นสูงกับเร่งสูงทดแทนยล
อัตรา (รูปที่ 1). และพวกเขาจะได้รับการประเมินอย่างใกล้ชิดเมื่อเทียบกับ
สายพันธุ์ที่รักษาอัตราที่ต่ำซึ่งเป็นปกติมากขึ้นของ
mitochondria พืช
การศึกษาที่ผ่านมาการตรวจสอบวิวัฒนาการลำดับยล
พลาสและ cytosolic ยีนโปรตีนโซมอลที่อยู่ในสกุล
ไซเลนไฮไลท์ที่มีศักยภาพสำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบของพืช
สายพันธุ์ที่มีอัตราที่แตกต่างกันอย่างมากของจีโนมยล
วิวัฒนาการ (สโลน et al., 2014) การศึกษาครั้งนี้ใช้ประโยชน์จาก
ความจริงที่ว่า organelles นิวเคลียสมีไรโบโซมของตัวเอง
ที่มีความแตกต่างจากไรโบโซม cytosolic รับผิดชอบในการ
แปลจิตบำบัดนิวเคลียร์เข้ารหัส (Barreto & เบอร์ตัน,
2013) ในขณะที่ไรโบโซม cytosolic จะประกอบด้วยเฉพาะของ
โปรตีนนิวเคลียร์เข้ารหัสและ rRNAs แต่ละไรโบโซมเนลล์เป็น
กลุ่มของผลิตภัณฑ์ยีนจากสองจีโนมที่แตกต่างกัน.
ดังนั้นจึงมีโปรตีนนิวเคลียร์เข้ารหัสในแต่ละประเภทของ
ไรโบโซม แต่เฉพาะผู้ที่มีการกำหนดเป้าหมายไปยังเนลล์ ไรโบโซม
มีการโต้ตอบกับ organelle ผลิตภัณฑ์ยีน นี้จะให้
เมทริกซ์ควบคุมอย่างดีของการเปรียบเทียบสำหรับการทดสอบผลกระทบ
ของการมีปฏิสัมพันธ์ cytonuclear อัตราของวิวัฒนาการลำดับใน
นิวเคลียส (รูป. 2B) อัตราการกลายพันธุ์สูงในยล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ซึ่งแผนที่ที่แตกต่างโครงสร้างที่ไม่ซ้ำกับหุ้นใหญ่ recombining
) อื่น ๆ รายงานแรกใน
แตงกวายลจีโนมใน 2011 , อิสระภาพ
ตอนนี้ถูกค้นพบใน 3 พันธุ์พืชดอก
อิสระ ระบุว่า พวกเขามีแนวโน้มที่จะมากขึ้นปรากฏการณ์อย่างกว้างขวาง (
alverson et al . , 2011 ; สโลน et al . ,
2012a ข้าว et al . , 2013 ) อีกครั้งตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของ
ปรากฏการณ์นี้ได้รับการระบุในสายพันธุ์ที่มีอัตราการเพิ่มขึ้น silene
, S และ S . noctiflora conica ทั้ง
ประกอบด้วยหลายสิบที่แตกต่างกันการทำแผนที่โครโมโซมวงกลมยล
( สโลน et al . , 2012a ) การเปลี่ยนแปลงในขนาดและโครงสร้างอาจจะแสดงพืช
อย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับวิวัฒนาการของนิวเคลียส
เพราะยีนที่มีความรับผิดชอบในการรักษาและการแสดงออกของ
, , แสดงแทนเกือบ
เฉพาะในจีโนมนิวเคลียร์
ทดสอบวิวัฒนาการ Co cytonuclear ในพืช
มีร่างกายขนาดใหญ่ของวิวัฒนาการ ทฤษฎีที่เกี่ยวข้องกับการปฏิสัมพันธ์ cytonuclear
ตัวเลขคาดการณ์ที่สามารถใช้ทดสอบได้ประโยชน์จากความหลากหลาย
ส่าย พบใน พืช
ลอัตราการทดแทนปริมาณยีน และ สถาปัตยกรรม เป็นต้น . สำหรับ
ตัวอย่าง เราก็คาดหวังว่าพืชทดแทนอัตราสูงผิดปกติยล
( รูปที่ 1 ) จะจัดแสดง
ต่อไปนี้ : ( 1 ) อัตราการสูญเสียยีนและหน้าที่ของยีนที่จะถ่ายโอน
นิวเคลียส ( 2 ) อัตราสูงของการเปลี่ยนแปลงใน
ยีนนิวเคลียร์รหัสสำหรับโปรตีนที่ มีเป้าหมายที่จะ
ไมโตคอนเดรียและโต้ตอบกับการเข้ารหัสผลิตภัณฑ์ยีน
และ ( 3 ) การวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วของการสืบพันธุ์และ
ขนาดใหญ่ cytonuclear องค์ประกอบในการจำแนกชนิด ทั้งหมดนี้คาดคะเน
และอื่น ๆอีกมากมายสามารถทดสอบอิสระหลายเชื้อชาติตูดด้วยการเร่งสูง

อัตราการทดแทน ( รูปที่ 1 ) และพวกเขาอาจจะประเมินความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิด
ที่เกี่ยวข้องชนิดรักษาอัตราที่ต่ำ ซึ่งโดยทั่วไปของ

) ของพืช การศึกษาล่าสุดการตรวจสอบลำดับการวิวัฒนาการในการ cytosolic
พลาสติด , และไรโบโซมอลโปรตีนยีนภายในสกุล
silene ไฮไลท์ที่มีศักยภาพในการวิเคราะห์เปรียบเทียบของพืชที่มีอัตราสูงของการลู่ออก

จีโนมวิวัฒนาการ ( สโลน et al . , 2014 )การศึกษานี้ใช้ประโยชน์จาก
ที่ว่า การเคลื่อนไหวผิดปกติของบรรยากาศมีไรโบโซมของตัวเอง
ซึ่งแตกต่างจาก cytosolic ไรโบโซมรับผิดชอบ
แปลต้นฉบับ ( barreto นิวเคลียร์ที่&เบอร์ตัน ,
2013 ) ส่วน cytosolic ไรโบโซมจะประกอบด้วยเฉพาะของ
นิวเคลียร์เข้ารหัสโปรตีนและ rrnas แต่ละออร์แกเนลล์ไรโบโซมเป็น
กลุ่มผลิตภัณฑ์จากสองยีนจีโนมแตกต่างกัน
จึงมีโปรตีนนิวเคลียร์ไว้ในแต่ละประเภทของ
ไรโบโซม แต่เฉพาะผู้ที่เป็นเป้าหมายเพื่อออร์แกเนลล์ไรโบโซม
ต้องโต้ตอบกับผลิตภัณฑ์ยีนออร์แกเนลล์ . นี้มี
อย่างดีควบคุมเมทริกซ์ของการเปรียบเทียบเพื่อทดสอบผลของปฏิสัมพันธ์ cytonuclear
อัตราของวิวัฒนาการลำดับใน
นิวเคลียส ( ฟิค2B ) อัตราการกลายพันธุ์สูงในอุตสาหกรรม