Fumigation and Extraction
Important if measuring microbial biomass carbon: before doing CFDE, remove the
ethanol from the chloroform by running 500 ml over 25 g of basic grade 1 alumina in a
syringe or column. (or purchase ethanol-free chloroform).
1. For each sample, you will require 3 subsamples:
-one subsample for determining gravimetric soil moisture (48 hours @ 100°C)
-one non-fumigated sample (10 g oven-dry equivalent) for immediate extraction with 0.5
M K2SO4.
-one fumigated sample (10 g oven-dry equivalent).
2. Place non-fumigated subsample in a specimen cup (e.g., Fisher 14-375-148) with 50
ml 0.5 M K2SO4. Place on shaker for 1 hour. After shaking, filter through pre-leached
(with 0.5 M K2SO4) Whatman No. 1 filter paper. Freeze extract to store.
3. Place samples to be fumigated in 50 ml glass beakers. Mark beakers with pencil, as
sharpee will run in chloroform. Put the beakers with soil into a vacuum dessicator.
Beakers can be stacked in the dessicator by layering with a vented plate.
4. Place a 50-ml beaker or scintillation vial containing boiling chips and 20 ml of
chloroform in the dessicator.
5. Evacuate until chloroform boils. Vent.
6. Repeat (5) three more times, not venting the last time. (you may have to replace the
boiling chips each time to get the chloroform to boil).
Allison Lab Protocol: Microbial Biomass by Fumigation, 1/2008, Steve Allison
7. Let sit in the dark for 3 days (darkness prevents the chloroform from breaking down;
you can cover the dessicator with a garbage bag).
8. Release the vacuum and remove the chloroform.
9. Draw a vacuum and release to remove excess chloroform. Repeat 5-10 times. To
ensure that you've vented all the chloroform, you may want to do the famous "sniff test"
invented by Eldor Paul (it's probably not that good for your health).
10. Extract the sample in 50 ml K2SO4. Shake for 1 hour. Filter through pre-leached
(with 0.5 M K2SO4) Whatman No. 1 filter paper. Freeze extract to store.
For Microbial Biomass Carbon:
1. Determine total dissolved carbon on a TIC/TOC analyzer. The difference between C in
the fumigated and non-fumigated samples is the chloroform-labile C pool (EC), and is
proportional to microbial biomass C (C):
C=EC/kEC
where kEC is soil-specific, but is often estimated as 0.45 (Beck et al. 1997).
For Microbial Biomass Nitrogen:
1. Digest 20 ml of extract using Kjeldahl digestion. Run digest on autoanlyzer for total N.
The difference between N in the fumigated and non-fumigated samples is the chloroformlabile
N pool, and is proportional to microbial biomass N (N):
N=EN/kEN
where kEN is soil-specific, but is often estimated as 0.54 (Brookes et al. 1985).
Allison Lab Protocol: Microbial Biomass by Fumigation, 1/2008, Steve Allison
Kjeldahl Digests: Vitousek Lab method for acid digests by Doug Turner
Digest solution for a rack of 40;
190ml Sulfuric Acid
100g Potassium Sulfate
20g Cupric Sulfate (5H2O)
Note: Digest solution formulated specifically to run on the Vitousek Lab Alpkem.
Please wear a lab coat, gloves and eye protection.
Start the technicon block heating up (manual button and set on 410°C), it takes 2 hours. If
you are digesting solutions, start the block at 210°C.
Place 500ml Erlenmeyer flask on hot plate with a stir magnet.
Using the 250ml graduated cylinder (usually found on the drying rack) measure and pour
sulfuric acid into the Erlenmeyer flask. Turn the heat knob to about 4 and mix at slow to
medium speed. Rinse the graduated cylinder several times with DI water and replace on
the drying rack.
Using a weigh boat, measure out the potassium sulfate. With a powder funnel, slowly
add it to the flask. Likewise, measure out and add the cupric sulfate. Let the digest
solution stir while you weigh out your samples. It will have a pale blue and milky
appearance.
Take off gloves at this point (static interferes with weighing the samples).
Put digest tubes on cardboard next to the balance. Be careful with digest tubes- they are
fragile! Tubes can crack or chip very easily. Sample material should be oven dried and
held in a dessicator or redried prior to digestion. For leaf tissue use 50 mg. ground to 20
mesh or finer (you can use less if you know your samples have a high N or P content).
For soil use 150 mg [if organic use less]. When digesting solutions, you can use up to
20ml. Each rack of 40 samples should have at least 2 tubes for standards (see pine
recoveries).
Put gloves on.
Next, add 1 or 2 boiling chips (Hengar Granules) to each tube.
Under the fume hood, dispense 5 ml of digest solution (still stirring) into each tube. Once
they are all filled they go on the block for 30 seconds. After 30 seconds lift rack off the
block and let the tubes cool down (about 5 minutes).
While the tubes are cooling, get the 5ml pipet out and get the Hydrogen peroxide out of
the refrigerator.
Allison Lab Protocol: Microbial Biomass by Fumigation, 1/2008, Steve Allison
Add 1 ml H2O2 to each tube and mix (you can mix by hand or with the vortex mixer on
lo
รมควันและการสกัด
สำคัญหากวัดคาร์บอนชีวมวลจุลินทรีย์: ก่อนที่จะทำ CFDE เอา
เอทานอลจากคลอโรฟอร์มโดยใช้ 500 มลกว่า 25 กรัมขั้นพื้นฐานชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 อลูมินาใน
เข็มฉีดยาหรือคอลัมน์ (หรือซื้อเอทานอลคลอโรฟอร์ม-Free).
1 สำหรับแต่ละตัวอย่างคุณจะต้อง 3 subsamples:
subsample -One สำหรับการกำหนดความชื้น gravimetric ดิน (48 ชั่วโมง @ 100 ° C)
-One ไม่ใช่รมตัวอย่าง (เตาอบแห้ง 10 กรัมเทียบเท่า) สำหรับการสกัดทันทีที่มี 0.5
M K2SO4.
-One ตัวอย่างรมยา (เตาอบแห้ง 10 กรัมเทียบเท่า).
2 สถานที่ที่ไม่ใช่รม subsample ในถ้วยตัวอย่าง (เช่นฟิชเชอร์ 14-375-148) 50
มล. 0.5 M K2SO4 วางบนเครื่องเขย่าเป็นเวลา 1 ชั่วโมง หลังจากเขย่ากรองผ่านก่อนชะล้าง-
(0.5 M K2SO4) Whatman ฉบับที่ 1 กระดาษกรอง ตรึงสารสกัดในการจัดเก็บ.
3 ตัวอย่างสถานที่ที่จะได้รับการรมยาใน 50 มล. บีกเกอร์แก้ว มาร์คบีกเกอร์ด้วยดินสอเป็น
sharpee จะทำงานในคลอโรฟอร์ม ใส่บีกเกอร์ที่มีดินเป็นสูญญากาศ dessicator.
Beakers สามารถซ้อนกันใน dessicator โดย layering กับแผ่นระบาย.
4 วางบีกเกอร์ขนาด 50 มล. หรือประกายขวดที่มีชิปเดือดและ 20 มล. ของ
คลอโรฟอร์มใน dessicator ได้.
5 อพยพจนเดือดคลอโรฟอร์ม Vent.
6 ซ้ำ (5) อีกสามครั้งไม่ได้ระบายออกครั้งสุดท้าย (คุณอาจต้องเปลี่ยน
ชิปเดือดในแต่ละครั้งจะได้รับคลอโรฟอร์มให้เดือด).
แอลลิสัน Lab โปรโตคอล: ชีวมวลจุลินทรีย์โดยการรมควัน, 1/2008, สตีฟแอลลิสัน
7 ให้นั่งอยู่ในที่มืดเป็นเวลา 3 วัน (มืดป้องกันไม่ให้คลอโรฟอร์มจากการทำลายลง;
คุณสามารถครอบคลุม dessicator ด้วยถุงขยะ).
8 ปล่อยสูญญากาศและลบคลอโรฟอร์ม.
9 วาดสูญญากาศและปล่อยเพื่อลบส่วนเกินคลอโรฟอร์ม ทำซ้ำ 5-10 ครั้ง เพื่อ
ให้แน่ใจว่าคุณได้ระบายทั้งหมดคลอโรฟอร์มคุณอาจต้องการที่จะทำที่มีชื่อเสียง "ทดสอบสูดอากาศ"
คิดค้นโดย Eldor พอล (มันอาจจะไม่ดีต่อสุขภาพของคุณ).
10 สารสกัดจากตัวอย่างใน 50 มล K2SO4 เขย่าเป็นเวลา 1 ชั่วโมง กรองผ่านก่อนชะล้าง-
(0.5 M K2SO4) Whatman ฉบับที่ 1 กระดาษกรอง ตรึงสารสกัดในการจัดเก็บ.
สำหรับจุลินทรีย์ชีวมวลคาร์บอน:
1 ตรวจสอบคาร์บอนไดออกไซด์ที่ละลายทั้งหมดบน TIC วิเคราะห์ / TOC ความแตกต่างระหว่างซีใน
ตัวอย่างรมยาและไม่ใช่รมยาเป็นสระว่ายน้ำ C คลอโรฟอร์ม labile (EC) และเป็น
สัดส่วนกับจุลินทรีย์ชีวมวล C (C):
c = EC / KEC
ที่ KEC เป็นดินที่เฉพาะเจาะจง แต่มักจะอยู่ที่ประมาณ . เป็น 0.45 (. เบ็ค et al, 1997)
สำหรับชีวมวลจุลินทรีย์ไนโตรเจน:
1 Digest 20 มล. ของสารสกัดโดยใช้ Kjeldahl การย่อยอาหาร เรียกใช้ย่อยใน autoanlyzer สำหรับ N. รวม
ความแตกต่างระหว่าง N ในตัวอย่างรมยาและไม่ใช่รมยาเป็น chloroformlabile
สระว่ายน้ำ N, และเป็นสัดส่วนกับจุลินทรีย์ชีวมวล N (N):
N = th / เคน
ที่เคนเป็นดินเฉพาะ แต่ มักจะเป็นประมาณ 0.54 (บรูกส์ et al, 1985)..
แอลลิสัน Lab โปรโตคอล: จุลินทรีย์ชีวมวลโดยการรมควัน, 1/2008, สตีฟแอลลิสัน
Kjeldahl สำคัญ: วิธี Vitousek แล็บสำหรับย่อยสลายกรดโดยดั๊กเทอร์เนอ
แก้ปัญหา Digest สำหรับชั้น 40;
190ml ซัลฟูริก กรด
100 กรัมโพแทสเซียมซัลเฟต
20g Cupric ซัลเฟต (5H2O)
. หมายเหตุ: การแก้ปัญหา Digest สูตรเฉพาะที่จะทำงานบน Vitousek Lab Alpkem
โปรดสวมเสื้อห้องแล็บ, ถุงมือและอุปกรณ์ป้องกันดวงตา.
เริ่มบล็อก Technicon ร้อนขึ้น (ปุ่มคู่มือและตั้งอยู่บน 410 ° C ) ก็จะใช้เวลา 2 ชั่วโมง หาก
คุณกำลังย่อยโซลูชั่นเริ่มต้นบล็อกที่ 210 องศาเซลเซียส.
วางขวด Erlenmeyer 500ml บนจานร้อนกับแม่เหล็กปั่นป่วน.
ใช้ 250ml จบกระบอก (โดยปกติจะพบในชั้นอบแห้ง) วัดและเท
กรดกำมะถันลงไปในขวด Erlenmeyer หมุนปุ่มความร้อนที่ประมาณ 4 และผสมที่ช้า
ความเร็วปานกลาง ล้างถังจบการศึกษาหลายครั้งด้วยน้ำ DI และแทนที่บน
ชั้นอบแห้ง.
ใช้เรือชั่งน้ำหนักวัดออกโพแทสเซียมซัลเฟต พร้อมช่องทางผงช้า
เพิ่มเข้าไปในขวด ในทำนองเดียวกันวัดออกและเพิ่มซัลเฟต Cupric ให้ Digest
วิธีการแก้ปัญหาความปั่นป่วนในขณะที่คุณชั่งตัวอย่างของคุณ ก็จะมีสีฟ้าและสีขาวขุ่นซีด
ลักษณะ.
ถอดถุงมือที่จุดนี้ (รบกวนคงที่ที่มีการชั่งน้ำหนักตัวอย่าง).
ใส่ท่อย่อยลงบนกระดาษแข็งติดกับความสมดุล ระมัดระวังกับการย่อย tubes- พวกเขามีความ
เปราะบาง! ท่อสามารถร้าวหรือชิปได้อย่างง่ายดายมาก วัสดุตัวอย่างควรจะแห้งเตาอบและ
จัดขึ้นใน dessicator หรือ redried ก่อนที่จะมีการย่อยอาหาร สำหรับเนื้อเยื่อใบใช้ 50 มก พื้นดินถึง 20
ตาข่ายหรือปลีกย่อย (คุณสามารถใช้น้อยถ้าคุณรู้ว่าตัวอย่างของคุณมี N หรือ P เนื้อหาสูง).
ดินใช้ 150 มิลลิกรัม [ถ้าใช้อินทรีย์น้อย] เมื่อย่อยโซลูชันคุณสามารถใช้งานได้ถึง
20ml ชั้น 40 ตัวอย่างแต่ละคนควรมีอย่างน้อย 2 หลอดสำหรับมาตรฐาน (ดูสน
กลับคืน).
ใส่ถุงมือ.
ถัดไปเพิ่ม 1 หรือ 2 ชิปเดือด (Hengar เม็ด) แต่ละหลอด.
ภายใต้ตู้ดูดควันที่จ่าย 5 มล. ของการแก้ปัญหาย่อย (ยังคงกวน) ในแต่ละหลอด เมื่อ
พวกเขาทั้งหมดที่เต็มไปด้วยพวกเขาไปในบล็อกเป็นเวลา 30 วินาที หลังจาก 30 วินาทียกชั้นปิด
บล็อกและปล่อยให้ท่อเย็นลง (ประมาณ 5 นาที).
ในขณะที่ท่อที่มีการระบายความร้อนได้รับการปิเปต 5ml ออกและได้รับไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ออกจาก
ตู้เย็น.
แอลลิสัน Lab โปรโตคอล: จุลินทรีย์ชีวมวลโดยการรมควัน, 1/2008 สตีฟแอลลิสัน
เพิ่ม 1 มิลลิลิตร H2O2 แต่ละหลอดและผสม (คุณสามารถผสมด้วยมือหรือเครื่องผสมน้ำวนบน
ทองหล่อ
การแปล กรุณารอสักครู่..