Sequencing and analysis of the 16S rRNA gene
For the second PCR reaction, the following primers, designed
by Prof. Leonardo M. Cruz (Dept. Biochemistry,
Federal University of Paraná, Curitiba, PR, Brazil),
were used: 362f (5′ CTCCTACGGGAGGCAGCAGTG
GGG 3′), 786f (5′ CGAAAGCGTGGGGAGCAAAC
AGG 3′), in addition to the fD1 primer (Weisburg et al.
1991). Eighty ng of the purified product from the first PCR
reaction, 0.25 mM of primer and 2 μL ET mixture were
used for sequencing. Ultrapure water was added to reach
the final volume of 10 μL. Amplification was performed for
35 cycles of 30 s at 94°C, 15 s at 50°C and 90 s at 60°C.
After amplification, purification was performed with
Sephadex™ filtration gel, G-50 medium (GE® Healthcare)
and then the product was submitted to electrophoresis
with an automated DNA sequencing analyser, model
MegaBACE1000 (Amersham Biosciences
จัดลำดับและการวิเคราะห์ยีน rRNA 16Sปฏิกิริยา PCR สอง ไพรเมอร์ต่อ ออกแบบโดยศาสตราจารย์ Leonardo เมตรครัซ (แผนกชีวเคมีมหาวิทยาลัยของรัฐบาลกลาง Paraná, Curitiba, PR บราซิล),ใช้: 362f (5′ CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG 3′), 786f (5′ CGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGG 3′), นอกจากรองพื้น fD1 (Weisburg et al1991) . ng แปดผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์จาก PCR ครั้งแรกปฏิกิริยา 0.25 มม.รองพื้นและผสม ET μL 2 ได้ใช้สำหรับการจัดลำดับ น้ำ ultrapure เพิ่มถึงปริมาตรสุดท้ายของ 10 μL ดำเนินการขยายรอบ 35 30 s ที่ 94° C, 15 s ที่ 50° C และ 90 s ที่ 60 องศาเซลเซียสหลังจากขยาย ทำฟอกด้วยเจ Sephadex ™กรอง กลาง G 50 (GE ®ดูแลสุขภาพ)แล้ว ส่งผลิตภัณฑ์ไป electrophoresisด้วยการอัตโนมัติ DNA ลำดับ analyser รุ่นMegaBACE1000 (Amersham เวลาออก
การแปล กรุณารอสักครู่..