Scale of the nifH clone libraryIn t

Scale of the nifH clone library
In this study, the clone libraries were constructed from the
nifH gene fragments retrieved from rhizosphere and bulk
soils of M. malabathricum. Although the accuracy of nifH
diversity from the clone library is dependent on the number
of nifH reads (i.e. the scale of the nifH clone library), obtaining
a large number of nifH reads is a time-consuming and
expensive process. Therefore, we checked whether the scale
of the nifH clone libraries reflected the number of reads sufficiently
to assess the diversity of the nifH gene in natural
environments by using C of the libraries (5). At a 94% cutoff
value, the range of C was 78–92% (Table 3). Coelho et
al. (6) compared the diversity of nifH gene pools in the
rhizosphere of two cultivars of sorghum (Sorghum bicolor)
treated with contrasting N levels. Coelho et al. (6) obtained
56–69 reads from each library, and the C of each nifH clone
library had a range of 91.8–98.3%. Though the scale of nifH
clonesin our libraries was similar to their report (we obtained
50 reads from each nifH clone library), our C was relatively
low. The reason for this difference is the criterion used for
distinguishing OTUs. The criterion for the same clone at the
genus level, was determined by the blastn top hit identification
(including 94% identity were regarded
as the same clone, even if the blastn top hit indicated the
same genus. Therefore, our criterion for distinguishing a
clone that appeared only once was stricter than that of
Coelho et al. (6). According to the criterion defined by
Coelho et al. (6), our C was in the range of 88–98%, in good
agreement with their results. We concluded that the nifH
libraries were sufficiently large to describe the diversity
of nifH gene pools in the overall root system of M.
malabathricum.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มาตราส่วนของไลบรารี nifH โคลนในการศึกษานี้ รีโคลนถูกสร้างจากการบางส่วนของยีน nifH ที่ดึงมาจากไรโซสเฟียร์และจำนวนมากดินเนื้อปูน malabathricum ม. แม้ว่าความถูกต้องของ nifHความหลากหลายจากรีโคลนจะขึ้นอยู่กับจำนวนของ nifH อ่าน (เช่นขนาดของรีโคลน nifH), ได้รับจำนวน nifH อ่านเป็นการใช้เวลานาน และกระบวนการที่มีราคาแพง ดังนั้น เราตรวจสอบว่าเครื่องชั่งของโคลน nifH ไลบรารีปรากฏจำนวนผู้อ่านเพียงพอการประเมินความหลากหลายของยีน nifH ในธรรมชาติสภาพแวดล้อม โดยใช้ C ของไลบรารี (5) ที่ 94% ตัดยอดค่า ช่วง C ได้ 78-92% (ตาราง 3) กระต่ายตุ๊กตาเกาหลีร้อยเอ็ดal. (6) เปรียบเทียบความหลากหลายของกลุ่มยีน nifH ในการไรโซสเฟียร์ของสองพันธุ์ของข้าวฟ่าง (ข้าวฟ่าง bicolor)ถือว่าห้องระดับ N กระต่ายตุ๊กตาเกาหลี et al. (6) ได้รับอ่าน 56-69 จากไลบรารีแต่ละ และ C ของแต่ละโคลน nifHไลบรารีมีช่วง 91.8 – 98.3% แม้ว่ามาตราส่วนของ nifHclonesin ไลบรารีของเรารายงานของตน (เรารับอ่าน 50 จาก nifH แต่ละโคลนไลบรารี), C ของเราค่อนข้างถูกต่ำสุด เหตุผลสำหรับความแตกต่างนี้คือ เกณฑ์ที่ใช้สำหรับแยก OTUs เกณฑ์สำหรับโคลนเดียวกันในการระดับสกุล ถูกกำหนด โดยรหัสตีบน blastn(รวมถึง < ตัว 94%) (6) . ในทางกลับกัน ในการปัจจุบันศึกษา โคลนด้วย > 94% ตัวที่ถือเป็นเหมือนโคลน ถ้าระบุ blastn ยอดฮิตสกุลเดียวกัน ดังนั้น เราเกณฑ์การแยกความแตกต่างโคลนที่ปรากฏเพียงครั้งเดียวถูกเข้มงวดกว่าของกระต่ายตุ๊กตาเกาหลี et al. (6) ตามเกณฑ์ที่กำหนดโดยกระต่ายตุ๊กตาเกาหลี et al. (6), C ของเราอยู่ในช่วงของ 88 – 98% ดีข้อตกลงกับผลลัพธ์ เราได้ที่ nifHไลบรารีที่มีขนาดใหญ่พอที่จะอธิบายความหลากหลายของกลุ่มยีน nifH ในระบบรากทั้งหมดของ Mmalabathricum

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขนาดของห้องสมุดโคลน nifH
ในการศึกษานี้ห้องสมุดโคลนถูกสร้างขึ้นจากชิ้นส่วนของยีน nifH ดึงออกมาจากบริเวณรากและเป็นกลุ่มดินของเอ็มmalabathricum แม้ว่าความถูกต้องของ nifH หลากหลายจากห้องสมุดโคลนจะขึ้นอยู่กับจำนวนของ nifH อ่าน (เช่นขนาดของห้องสมุดโคลน nifH) ที่ได้รับเป็นจำนวนมากของnifH อ่านเป็นเวลานานและกระบวนการที่มีราคาแพง ดังนั้นเราจึงมีการตรวจสอบไม่ว่าจะเป็นขนาดของ nifH ห้องสมุดโคลนสะท้อนให้เห็นถึงจำนวนคนอ่านพอที่จะประเมินความหลากหลายของยีนnifH ในธรรมชาติสภาพแวดล้อมโดยใช้ c ของห้องสมุด (5) ที่ตัด 94% ค่าช่วงของ C เป็น 78-92% (ตารางที่ 3) Coelho et al, (6) เมื่อเทียบกับความหลากหลายของสระว่ายน้ำใน nifH ยีนที่บริเวณรากของทั้งสองสายพันธุ์ข้าวฟ่าง(ข้าวฟ่าง) การรักษาด้วยการตัดกันยังไม่มีระดับ Coelho et al, (6) ได้รับ56-69 อ่านจากแต่ละห้องสมุดและ C ของแต่ละโคลน nifH ห้องสมุดมีช่วง 91.8-98.3% โดย แม้ว่าขนาดของ nifH clonesin ห้องสมุดของเราก็คล้ายคลึงกับรายงานของพวกเขา (เราได้รับ50 อ่านจากห้องสมุดแต่ละโคลน nifH), C ของเราค่อนข้างต่ำ เหตุผลสำหรับความแตกต่างนี้เป็นเกณฑ์ที่ใช้ในการแยกความแตกต่าง Otus เกณฑ์สำหรับโคลนเดียวกันที่ The ระดับประเภทถูกกำหนดโดยยอดฮิตกล่าวหาบัตรประจำตัว(รวม <บัตรประจำตัว 94%) (6) ในอีกทางหนึ่งในการศึกษาปัจจุบันเท่านั้นที่มีโคลน> ตัวตน 94% ได้รับการยกย่องเป็นโคลนเดียวกันแม้ว่ายอดฮิตกล่าวหาที่ระบุประเภทเดียวกัน ดังนั้นเกณฑ์ของเราสำหรับความแตกต่างโคลนที่ปรากฏเป็นเพียงครั้งเดียวที่เข้มงวดกว่าที่Coelho et al, (6) ตามเกณฑ์ที่กำหนดโดยCoelho et al, (6), C ของเราอยู่ในช่วงของ 88-98% ในที่ดีข้อตกลงกับผลของพวกเขา เราสรุปได้ว่า nifH ห้องสมุดมีขนาดใหญ่พอที่จะอธิบายความหลากหลายของยีน nifH สระว่ายน้ำในระบบรากโดยรวมของเอ็ม malabathricum

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ขนาดของ nifh โคลนห้องสมุด
ในการศึกษานี้ ได้ถูกสร้างขึ้นจากโคลนห้องสมุด
nifh ยีนเศษได้มาจากราก และเป็นกลุ่ม
ดิน ม. malabathricum . แม้ว่าความถูกต้องของความหลากหลาย nifh
จากโคลนห้องสมุดจะขึ้นอยู่กับจำนวนของ nifh
อ่าน ( เช่นขนาดของ nifh โคลนห้องสมุด ) ที่ได้รับเป็นจำนวนมาก nifh

อ่านคือ ใช้เวลานาน และกระบวนการราคาแพง ดังนั้นเราจึงตรวจดูว่ามาตราส่วน
ของ nifh โคลนห้องสมุดสะท้อนให้เห็นจำนวนคนอ่านเพียงพอ
เพื่อประเมินความหลากหลายของยีนในสภาพแวดล้อมธรรมชาติ nifh
โดยใช้ C ของห้องสมุด ( 5 ) ตัดค่า : 94 ช่วง C 78 – 92 % ( ตารางที่ 3 ) Coelho et
อัล ( 6 ) เมื่อเปรียบเทียบความหลากหลายของยีนใน
nifh สระรากของ 2 พันธุ์ข้าวฟ่าง ( ข้าวฟ่าง )
n การตัดระดับ Coelho et al . ( 6 ) ได้รับ
56 – 69 อ่านจากห้องสมุดแต่ละ , และ C ของแต่ละ nifh โคลน
ห้องสมุดมีช่วงพบท–บันทึก % แม้ว่าขนาดของ nifh
clonesin ห้องสมุดของเราคล้ายคลึงกับรายงานของพวกเขา ( ที่เราได้อ่านจากแต่ละ nifh
50 โคลนห้องสมุดของเรา C ค่อนข้าง
น้อยเหตุผลสำหรับความแตกต่างนี้เป็นเกณฑ์ที่ใช้สำหรับการแยกใน
. เกณฑ์สำหรับโคลนเดียวกันที่
ระดับสกุล ถูกกำหนดโดย blastn ยอดฮิตประจำตัว
( รวมถึง < 94% ตัวตน ) ( 6 ) บนมืออื่น ๆ , ใน
การศึกษาโคลนเท่านั้นที่มีตัวตนอยู่ > 94 ถือว่า
เป็นโคลนเดียวกัน แม้ว่า blastn ยอดฮิตพบ
สกุลเดียวกัน ดังนั้นเกณฑ์ของเราแยกเป็น
โคลนที่ปรากฏเพียงครั้งเดียวก็เข้มงวดกว่าของ
Coelho et al . ( 6 ) ตามเกณฑ์ที่กำหนดโดย
Coelho et al . ( 6 ) , C ในช่วง 88 – 98% ในดี
ข้อตกลงกับผลลัพธ์ของพวกเขา เราสรุปได้ว่า nifh
ห้องสมุดขนาดใหญ่พออธิบายถึงความหลากหลายของยีน
nifh สระในการรวมระบบรากของ M .
malabathricum .