We propose a community-oriented ann

We propose a community-oriented annotation and benchmarking infrastructure to support development, testing, benchmarking, and comparison of mutation text mining systems. The design is based on semantic standards, where RDF is used to represent annotations, an OWL ontology provides an extensible schema for the data and SPARQL is used to compute various performance metrics, so that in many cases no programming is needed to analyze results from a text mining system. While large benchmark corpora for biological entity and relation extraction are focused mostly on genes, proteins, diseases, and species, our benchmarking infrastructure fills the gap for mutation information. The core infrastructure comprises (1) an ontology for modelling annotations, (2) SPARQL queries for computing performance metrics, and (3) a sizeable collection of manually curated documents, that can support mutation grounding and mutation impact extraction experiments.
CONCLUSION:
We have developed the principal infrastructure for the benchmarking of mutation text mining tasks. The use of RDF and OWL as the representation for corpora ensures extensibility. The infrastructure is suitable for out-of-the-box use in several important scenarios and is ready, in its current state, for initial community adopt

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เรานำเสนอชุมชนที่มุ่งเน้นอธิบายและโครงสร้างพื้นฐานในการแข่งขันเพื่อสนับสนุนการพัฒนา การทดสอบ การแข่งขัน และการเปรียบเทียบระบบการทำเหมืองข้อความการกลายพันธุ์ การออกแบบจะขึ้นอยู่กับมาตรฐานความหมาย ที่ RDF จะใช้เพื่อแสดงคำอธิบายประกอบ ภววิทยาเป็นนกฮูกมีแบบแผนมี extensible สำหรับข้อมูล และ SPARQL ใช้ในการคำนวณเครื่องมือวัดประสิทธิภาพต่าง ๆ เพื่อว่าในหลายกรณี การเขียนโปรแกรมไม่จำเป็นสำหรับการวิเคราะห์ผลลัพธ์จากระบบการทำเหมืองข้อความ ขณะ corpora มาตรฐานขนาดใหญ่สำหรับเอนทิตีทางชีวภาพและการสกัดความสัมพันธ์มีความสำคัญส่วนใหญ่ บนยีน โปรตีน โรค ชนิด โครงสร้างพื้นฐานของการแข่งขันเติมช่องว่างในข้อมูลการกลายพันธุ์ โครงสร้างหลักประกอบด้วย (1) เป็นภววิทยาสำหรับแบบจำลองคำ SPARQL (2) แบบสอบถามสำหรับวัดประสิทธิภาพคอมพิวเตอร์ และ (3) ชุดสำหรับผู้พิการของเอกสารด้วยตนเอง curated ที่สามารถสนับสนุนการกลายพันธุ์จากดินและทดลองสกัดผลกระทบต่อการกลายพันธุ์สรุป:เราได้พัฒนาโครงสร้างพื้นฐานหลักในการแข่งขันของงานการทำเหมืองข้อความการกลายพันธุ์ การใช้ RDF และ OWL เป็นตัวอย่างสำหรับ corpora ใจเพิ่มความสามารถ โครงสร้างพื้นฐานเหมาะสำหรับใช้ออกของกล่องในสถานการณ์สำคัญ และพร้อม เลิก สำหรับชุมชนเริ่มหัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราเสนอคำอธิบายประกอบกับชุมชนที่มุ่งเน้นและโครงสร้างพื้นฐานการเปรียบเทียบเพื่อสนับสนุนการพัฒนา, การทดสอบการเปรียบเทียบและการเปรียบเทียบของระบบการทำเหมืองข้อความการกลายพันธุ์ การออกแบบเป็นไปตามมาตรฐานความหมายที่ RDF จะใช้เพื่อแสดงคำอธิบายประกอบอภิปรัชญานกฮูกให้คีมาขยายสำหรับข้อมูลและ SPARQL จะใช้ในการคำนวณตัวชี้วัดประสิทธิภาพการทำงานต่าง ๆ เพื่อที่ว่าในหลายกรณีการเขียนโปรแกรมไม่จำเป็นในการวิเคราะห์ผลจาก ระบบการทำเหมืองข้อความ ในขณะที่คลังมาตรฐานขนาดใหญ่สำหรับนิติบุคคลทางชีวภาพและการสกัดความสัมพันธ์ที่มีความสำคัญส่วนใหญ่ในยีนโปรตีนโรคและชนิดโครงสร้างพื้นฐานการเปรียบเทียบของเราเติมช่องว่างสำหรับข้อมูลการกลายพันธุ์ ประกอบด้วยโครงสร้างพื้นฐานหลัก (1) อภิปรัชญาสำหรับคำอธิบายประกอบการสร้างแบบจำลอง (2) คำสั่ง SPARQL สำหรับการคำนวณตัวชี้วัดประสิทธิภาพการทำงานและ (3) คอลเลกชันขนาดใหญ่ของเอกสาร curated ด้วยตนเองที่สามารถรองรับดินกลายพันธุ์และการกลายพันธุ์ผลกระทบต่อการทดลองสกัด.
สรุป:
เรามี การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญสำหรับการเปรียบเทียบของงานการทำเหมืองข้อความการกลายพันธุ์ การใช้ RDF และ OWL เป็นตัวแทนสำหรับ corpora สร้างความมั่นใจในการขยาย โครงสร้างพื้นฐานที่เหมาะสำหรับการออกจากกล่องใช้ในสถานการณ์ที่สำคัญหลายอย่างและมีความพร้อมในสถานะปัจจุบันของชุมชนเริ่มต้นนำมาใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เรานำเสนอชุมชนที่มุ่งเน้นการจัดการและการเปรียบเทียบโครงสร้างพื้นฐานเพื่อสนับสนุนการพัฒนา ทดสอบ การเปรียบเทียบ และการเปรียบเทียบของระบบการทำเหมืองข้อมูลกลายพันธุ์ การออกแบบจะขึ้นอยู่กับมาตรฐานของระบบที่ใช้เพื่อแสดงข้อมูลบันทึกย่อนกฮูกภววิทยาให้มากำกับสำหรับข้อมูลและ sparql ใช้คำนวณเมตริกประสิทธิภาพต่าง ๆดังนั้นในหลายกรณีโปรแกรมไม่ต้องวิเคราะห์ผลจากระบบเหมืองแร่ข้อความ ขณะที่คลังข้อมูลมาตรฐานขนาดใหญ่สำหรับนิติบุคคลทางชีวภาพและการสกัดความสัมพันธ์มุ่งเน้นส่วนใหญ่บนยีน , โปรตีน , โรค , พันธุ์ , โครงสร้างพื้นฐานการเปรียบเทียบของเราเติมเต็มช่องว่างสำหรับข้อมูลการกลายพันธุ์ ระบบหลักประกอบด้วย ( 1 ) แบบอภิปรัชญาเพื่อบันทึกย่อ( 2 ) sparql แบบสอบถามสำหรับคอมพิวเตอร์ประสิทธิภาพตัวชี้วัดได้ และ ( 3 ) ดาว คอลเลกชันของตนเอง curated เอกสารที่สามารถรองรับการต่อสายดิน และการแยกการทดลอง สรุป :

เราได้พัฒนาโครงสร้างพื้นฐานหลักในการเทียบเคียงการเหมืองแร่ข้อความงาน ใช้ RDF และนกฮูกเป็นคลังข้อมูลเพื่อขยายการแสดง .โครงสร้างพื้นฐานที่เหมาะสมออกจากกล่อง ใช้ในสถานการณ์ที่สำคัญหลายและพร้อมในสถานะปัจจุบันของชุมชนเริ่มแรกอุปการะ