Individuals of M. ‘‘integrifolia’’

Individuals of M. ‘‘integrifolia’’ were collected intertidally,
whereas individuals of M. ‘‘pyrifera’’ were collected subtidally,
and the two populations were separated by 100 m.
DNA extraction and COI amplification. DNA was extracted
following a modified cetyl trimethylammonium bromide
(CTAB) method (Zuccarello and Lokhorst 2005). The COI
region was amplified using the primers GAZF2 and GAZR2
(Lane et al. 2007), which amplifies an 610 bp fragment of the
5¢-end of the COI gene.
The PCR amplifications were performed in a 30 lL reaction
volume consisting of 1X buffer (New England Biolabs, Beverly,
MA, USA), 2.5 mM dNTPs, 2.5 mM MgCl2, 0.025% BSA, 10 nM
of each primer and 1 U Taq polymerase (New England
Biolabs), plus 1.5 lL of template DNA. The PCR cycle had an
initial denaturation step at 95C for 5 min, followed by 5 cycles
of 30 s at 95C, 30 s at 60C reduced by 1C each cycle, and 45 s
at 72C, followed by 30 cycles of 95C for 30 s, 55C for 30 s,
and 72C for 45 s with a final extension period of 10 min at
72C. PCR products were cleaned using ExoSAP-IT (USB,
Cleveland, OH, USA) and commercially sequenced (Macrogen
Inc., Seoul, South Korea).
Data analysis. COI sequences were aligned using ClustalW
in the BIOEDIT program (Hall 1999). Haplotype frequencies
were calculated using the software DnaSP Version 4.0 (Rozas
and Rozas 1995). Estimates of haplotypic (He) and nucleotide
(p) diversity were calculated for each species group and for the
entire data set using ARLEQUIN version 3.1 (Excoffier et al.
2005). Haplotype genealogies were reconstructed with a
median-joining network by using NETWORK v 4.5 (Bandelt
et al. 1999). Sequence divergences among species were calculated
using MEGA 4.0 (Tamura et al. 2007).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บุคคลของ M. '' integrifolia'' ถูกรวบรวมไว้ intertidallyในขณะที่บุคคลของ M. '' pyrifera'' ถูกรวบรวมไว้ subtidallyและประชากรที่สองแยกตัว โดย 100 เมตรสกัดดีเอ็นเอและขยาย COI ดีเอ็นเอที่ถูกแยกต่อการแก้ไข cetyl trimethylammonium โบรไมด์วิธี (CTAB) (Zuccarello และ Lokhorst 2005) COIภูมิภาคถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์ GAZF2 และ GAZR2(เลน et al. 2007), ซึ่งช่วยขยายส่วน bp ที่ 610 ของการส่วนเลข 5 ของยีน COIดำเนินการในปฏิกิริยา lL 30 PCR amplificationsไดรฟ์ข้อมูลที่ประกอบด้วยบัฟเฟอร์ X 1 (Biolabs New England เบเวอร์ลี่MA, USA), dNTPs 2.5 mM, 2.5 mM MgCl2, 0.025% บีเอสเอ 10 nMรองพื้นแต่ละและ 1 U Taq พอลิเมอเรส (นิวอิงแลนด์Biolabs), บวก 1.5 lL ของแม่ดีเอ็นเอ วงจรการ PCR มีการขั้นตอนการแปรสภาพเริ่มต้นที่ 95 C 5 นาที ตาม ด้วย 5 รอบ30 s ที่ 95 C, 30 วินาทีที่ 60 C ลดลงเป็น 1 C แต่ละรอบ และ 45 sที่ 72 C ตาม ด้วย 95 C รอบ 30 30 s, C 55 30 sและ 72 C 45 s มีนามสกุลสุดท้ายระยะเวลา 10 นาทีทานผลิตภัณฑ์ PCR 72 C. ใช้ ExoSAP มัน (USBคลีฟแลนด์ OH สหรัฐอเมริกา) และเรียงลำดับ (Macrogen ในเชิงพาณิชย์อิงค์ โซล เกาหลีใต้)การวิเคราะห์ข้อมูล ลำดับ COI สอดคล้องโดยใช้ ClustalWในโปรแกรม BIOEDIT (ฮอลล์ 1999) ความถี่ Haplotypeถูกคำนวณโดยใช้ซอฟต์แวร์ DnaSP รุ่น 4.0 (Rozasและ Rozas 1995) การประเมินของ haplotypic (เขา) และนิวคลีโอไทด์(p) ความหลากหลายถูกคำนวณ สำหรับแต่ละกลุ่มสายพันธุ์ และการชุดข้อมูลทั้งหมดที่ใช้ทุกเวอร์ชัน 3.1 (Excoffier et al2005) . Haplotype genealogies ถูกสร้างขึ้นด้วยการมัธยฐานการเข้าร่วมเครือข่าย โดยใช้เครือข่าย v 4.5 (Bandeltet al. 1999) มีคำนวณลำดับ divergences ระหว่างสายพันธุ์ใช้ 4.0 ล้าน (ทา et al. 2007)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บุคคลเอ็ม '' integrifolia '' ที่ถูกเก็บรวบรวม intertidally,
ในขณะที่บุคคลที่เอ็ม '' pyrifera '' ที่ถูกเก็บรวบรวม subtidally,
และสองประชากรที่ถูกแยกออกโดย 100 ม.
สกัดดีเอ็นเอและการขยาย COI ดีเอ็นเอถูกสกัด
ดังต่อไปนี้โบรไมด์การแก้ไข cetyl trimethylammonium
(CTAB) วิธีการ (Zuccarello และ Lokhorst 2005) COI
ภูมิภาคถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์และ GAZF2 GAZR2
(เลน et al. 2007) ซึ่งขยายแล้ว? 610 bp เศษ
5 ¢ -End ของยีน COI.
เครื่องขยายเสียง PCR ได้ดำเนินการในการเกิดปฏิกิริยา 30 LL
ปริมาณประกอบด้วย บัฟเฟอร์ 1X (Biolabs นิวอิงแลนด์เบเวอร์ลี,
MA, USA) ขนาด 2.5 มม dNTPs, ขนาด 2.5 มม MgCl2, 0.025% BSA 10 นาโนเมตร
ของแต่ละไพรเมอร์และ 1 U Taq โพลิเมอร์ (นิวอิงแลนด์
Biolabs) บวก 1.5 LL ดีเอ็นเอแม่แบบ วงจร PCR มี
ขั้นตอน denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีตามด้วย 5 รอบ
ของ 30 วินาทีที่ 95? C, 30 วินาทีที่ 60 องศาเซลเซียสลดลง 1 องศาเซลเซียสแต่ละรอบและ 45 วินาที
ที่ 72? C, ตามด้วย 30 รอบจาก 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, 55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที,
และ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 45 วินาทีด้วยการขยายระยะเวลาสุดท้ายของ 10 นาทีที่
72 องศาเซลเซียส ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ได้รับการทำความสะอาดโดยใช้ ExoSAP-IT (USB,
คลีฟแลนด์, โอไฮโอ, สหรัฐอเมริกา) และในเชิงพาณิชย์ติดใจ (Macrogen
อิงค์, โซล, เกาหลีใต้).
การวิเคราะห์ข้อมูล ลำดับ COI ถูกจัดชิดโดยใช้ ClustalW
ในโปรแกรม BIOEDIT (ที่ฮอลล์ 1999) ความถี่ haplotype
ถูกคำนวณโดยใช้ซอฟแวร์ DnaSP เวอร์ชัน 4.0 (Rozas
และ Rozas 1995) ประมาณการของ haplotypic (เขา) และเบื่อหน่าย
(P) ความหลากหลายนี้จะถูกคำนวณสำหรับแต่ละกลุ่มชนิดและสำหรับ
ข้อมูลทั้งหมดตั้งค่าการใช้ Arlequin เวอร์ชัน 3.1 (Excoffier et al.
2005) วงศ์วานว่านเครือ haplotype ถูกสร้างขึ้นใหม่ที่มี
เครือข่ายแบ่ง-เข้าร่วมโดยใช้เครือข่าย 4.5 V (Bandelt
et al. 1999) ความแตกต่างในหมู่ลำดับสายพันธุ์นี้จะถูกคำนวณ
โดยใช้ MEGA 4.0 (ทามูระ et al. 2007)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บุคคล 'integrifolia ม. ' ' ' intertidally ครั้งนี้ ,ในขณะที่บุคคลของเอ็ม ' ' ' ถูกเก็บ subtidally 'pyrifera ,และสองประชากรแยก 100 ม.การสกัดดีเอ็นเอและคงขยาย . ดีเอ็นเอต่อไปนี้คือ trimethylammonium ซิทิลโบรไมด์( ctab ) วิธีการ ( และ zuccarello lokhorst 2005 ) ที่ลำปางภูมิภาคขยายโดยใช้ไพรเมอร์ และ gazr2 gazf2( เลน et al . 2007 ) ซึ่งขยายเป็น 610 คู่เบสเบสของ5 ค่าความจริงปลายผมของยีนร่วม amplifications มีการปฏิบัติในการตอบสนองจะหมวดประกอบด้วย 1x บัฟเฟอร์ ( อังกฤษ biolabs Beverly , ,MA , USA ) , 2.5 มม. dntps ไอโซโทป , 2.5 มม. , 0.025 % ขนาด 10 นาโนเมตรของแต่ละคนและใช้ไพรเมอร์ 1 U ได้ดี ( อังกฤษbiolabs ) บวก 1.5 จะดีเอ็นเอแม่แบบ วงจรโดยมีเริ่มต้น ( ขั้นตอนที่ 95c เป็นเวลา 5 นาที ตามด้วย 5 รอบ30 วินาทีที่ 95c 30 S ที่ 60C ลดลง โดยในแต่ละรอบ และ 45 วินาทีที่ 72c ตามด้วย 30 รอบ 95c 30 , 55c เป็นเวลา 30 วินาทีและ 72c 45 ด้วยการขยายระยะเวลาสุดท้ายของ 10 นาทีที่72c ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกล้างด้วย exosap ( USB ,คลีฟแลนด์โอสหรัฐอเมริกา ) และลำดับ ( macrogen ในเชิงพาณิชย์อิงค์ , โซล , เกาหลีใต้ )การวิเคราะห์ข้อมูล ผมใช้ clustalw ลำดับ ชิดในโปรแกรม bioedit ( หอประชุม 1999 ) พบความถี่คำนวณการใช้ซอฟต์แวร์ dnasp เวอร์ชั่น 4.0 ( โรซัสและ โรซัส 1995 ) ประมาณการของ haplotypic ( เขา ) และลำดับเบส( P ) ความหลากหลายคำนวณสำหรับแต่ละชนิด และกลุ่มสำหรับข้อมูลทั้งหมด arlequin ชุดใช้เวอร์ชั่น 3.1 ( excoffier et al .2005 ) พบจำนวนข้อมูลที่มีสำมะโนครัวเชื้อสายโดยการเข้าร่วมเครือข่ายโดยใช้เครือข่าย V 4.5 ( bandeltet al . 1999 ) ลำดับความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ได้ใช้ Mega 4.0 ( ทามูระ et al . 2007 )