สำหรับผลเสียของ AEC ที่มีผลกระทบต่อไทย สินค้าเข้าสู่ประเทศโดยปลอดภาษีจึงทำให้พ่อค้าชาวไทย ต้องมีการแข็งขันมากขึ้น แต่ที่ผ่านมาประเทศได้กลับมีการส่งออกมากกว่าการนำเข้าจากอาเซียน
ด้านการเคลื่อนย้ายแรงงานอย่างเสรี อาจจะทำให้แรงงานที่มีฝีมือในประเทศออกไปค้าแรงงานในประเทศกลุ่มอาเซียนที่มีค่าตอบสูงกว่าในประเทศไทย เช่น ประเทศสิงคโปร์ ฯลฯ และอาจจะเกิดปัญหาทางสังคมเพราะประเทศต้องจ้างแรงงานต่างด้าวเข้ามาทำในประเทศแทนแรงงานฝีมือที่ออกไปต่างประเทศ
ด้านตลาดสินค้า หากประเทศไทยไม่มีการวางแผนป้องกันหรือกำหนดนโยบายไม่ให้ผลิตสินค้าคุณภาพต่ำกว่าทุกประเทศในประชาคมอาเซียน
ด้านการลงทุนเพราะชาวต่างชาติจะมีความพร้อมในการลงทุนมากกว่า และมีการลงทุนในประเทศส่วนมากเป็นการลงทุนขนาดใหญ่ จึงอาจทำให้ธุรกิจขนาดเล็กต้องปิดกิจการ ปิดตัวลงเนื่องจากต่อสู้กับการแข่งขันไม่ไว้