ปัญหาที่สำคัญของไนจีเรีย นอกจากปัญหาทางด้านเศรษฐกิจแล้ว ยังมีปัญหาการเมือง ซึ่งการเมืองของไนจีเรียนับตั้งแต่ประเทศได้รับเอกราชจากอังกฤษเมื่อปี ค.ศ.1960 เป็นการเมืองที่มีการเผชิญหน้ามาตลอดระหว่างกลุ่มศาสนา (คริสเตียนกับมุสลิม) กลุ่มชนเผ่า ( ฮัวซา อิกโบส และโยรูบา ) และระหว่างคนในภูมิภาคต่างๆของประเทศ ด้วยเหตุนี้เองจึงก่อให้เกิดกลุ่มติดอาวุธมุสลิม ที่รู้จักกันในนามของ “โบโกฮาราม” เป็นภาษาเผ่าฮัวซาของไนจีเรีย มีความหมายว่า “การศึกษาตะวันตกเป็นสิ่งต้องห้าม”