An omnibus permutation test on ense

An omnibus permutation test on ensembles of two-locus analyses (2LOmb) is an algorithm designed for identifying single nucleotide polymorphisms (SNPs) that are associated with a complex disease. The algorithm was proven to be efficient in pure epistasis detection. However, 2LOmb uses Bonferroni correction, which is a conservative correction technique for multiple hypothesis testing. Therefore, the possibility of replacing Bonferroni correction with false discovery rate analysis (FDR), which is a less conservative correction technique, was explored. The simulation results indicate that both 2LOmb and 2LOmb with embedded FDR analysis (2LOmb+FDR) were capable of identifying all causative SNPs when purely epistatic two-locus and three-locus interactions were considered. Nonetheless, 2LOmb+FDR reported more erroneous SNPs in its output.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การเรียงสับเปลี่ยนกองทุนรวมทดสอบบนประจักษ์วิเคราะห์สองที (2LOmb) เป็นอัลกอริทึมที่ออกแบบมาสำหรับการระบุหลากหลายเดี่ยวเบื่อหน่าย (SNPs) ที่เกี่ยวข้องกับโรคที่ซับซ้อน อัลกอริทึมได้รับการพิสูจน์ให้มีประสิทธิภาพในการตรวจหา epistasis บริสุทธิ์ อย่างไรก็ตาม 2LOmb ใช้แก้ไข Bonferroni ซึ่งเป็นเทคนิคการแก้ไขอนุรักษ์สำหรับการทดสอบสมมติฐานหลาย ดังนั้น สามารถเปลี่ยนแก้ไข Bonferroni ค้นพบเท็จราคาวิเคราะห์ (FDR), ซึ่งเป็นเทคนิคการแก้ไขอนุรักษ์น้อย ถูกสำรวจ ผลการทดลองบ่งชี้ว่า ทั้ง 2LOmb และ 2LOmb พร้อมฝังตัววิเคราะห์ FDR (2LOmb + FDR) สามารถระบุตัว SNPs สาเหตุทั้งหมดเมื่อพิจารณาว่า epistatic แท้ ทีสอง และสามทีปฏิสัมพันธ์ กระนั้น 2LOmb + FDR รายงาน SNPs ผิดพลาดขึ้นในผลลัพธ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทดสอบการเปลี่ยนแปลงรถโดยสารบนตระการตาของการวิเคราะห์สองสถานที (2LOmb) เป็นอัลกอริทึมที่ออกแบบมาสำหรับการระบุหลากหลายเดี่ยวเบื่อหน่าย (SNPs) ที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโรคที่ซับซ้อน อัลกอริทึมได้รับการพิสูจน์ว่ามีประสิทธิภาพในการตรวจสอบ epistasis บริสุทธิ์ อย่างไรก็ตาม 2LOmb ใช้แก้ไข Bonferroni ซึ่งเป็นเทคนิคการแก้ไขอนุรักษ์นิยมสำหรับการทดสอบสมมติฐานหลาย ดังนั้นความเป็นไปได้ของการแทนที่ Bonferroni แก้ไขด้วยการวิเคราะห์อัตราการค้นพบที่ผิดพลาด (FDR) ซึ่งเป็นเทคนิคการแก้ไขอนุรักษ์นิยมน้อยกว่าที่มีการสำรวจ ผลการจำลองแสดงให้เห็นว่าทั้งสอง 2LOmb และ 2LOmb กับการวิเคราะห์ FDR ฝังตัว (2LOmb + FDR) มีความสามารถในการระบุสาเหตุ SNPs ทั้งหมดเมื่อหมดจด epistatic สองสถานทีและสามสถานทีปฏิสัมพันธ์ได้รับการพิจารณา อย่างไรก็ตาม 2LOmb + FDR รายงาน SNPs ผิดพลาดในการส่งออก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การตัดแต่งแบบทดสอบสองตนผู้วิเคราะห์ ( 2lomb ) เป็นอัลกอริทึมที่ออกแบบมาสำหรับการระบุยีนเดี่ยว ( snps ล ) ที่เกี่ยวข้องกับโรคที่ซับซ้อน ขั้นตอนวิธีนี้ถูกพิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพในการตรวจหา epistasis บริสุทธิ์ อย่างไรก็ตาม 2lomb ใช้แก้ไขบอนเฟอร์โรนีซึ่งเป็นเทคนิคแก้ไขอนุลักษณ์สำหรับการทดสอบสมมติฐานหลาย ดังนั้น ความเป็นไปได้ในการแก้ไขบนเฟอโรนีกับการวิเคราะห์อัตราการค้นพบเท็จ ( FDR ) ซึ่งเป็นเทคนิคการแก้ไขอนุลักษณ์น้อยถูกสํารวจ ผลการจำลองแบบพบว่า ทั้ง 2lomb 2lomb ที่มีการวิเคราะห์และฝังตัว ( 2lomb FDR FDR + ) มีความสามารถในการระบุสาเหตุ snps เมื่อหมดจด epistatic สองและสามของตนตนพิจารณาด้วย อย่างไรก็ตาม 2lomb + FDR รายงานที่ผิดพลาดมากกว่า snps ในผลลัพธ์ของมัน