Pairwise genetic distances for COI

Pairwise genetic distances for COI and 16S were calculated in Geneious
(Biomatters Ltd). For 16S distances were calculated on the alignment
after trimming with Gblocks. The best-fitting model of evolution for
each gene was found using JModelTest 2.1.4 For all genes the GTR+I þGmodelwas
considered the best fit according to the Akaike Information Criterion,
but due to statistical concerns regarding the coestimation of the gamma and invariant-site parameters (discussed in the RAxML manual;) theGTR+G model was chosen instead.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Pairwise คำนวณระยะทางพันธุกรรมสำหรับ COI และ 16S ใน Geneious(Biomatters Ltd) สำหรับ 16S มีคำนวณระยะทางในการจัดตำแหน่งหลังจากตัดแต่งด้วย Gblocks รุ่น fitting ที่ดีที่สุดของวิวัฒนาการสำหรับพบแต่ละยีนโดยใช้ JModelTest ที่ 2.1.4 สำหรับยีนทั้งหมด GTR + I þGmodelwasถือว่าพอดีตามเกณฑ์ข้อมูล Akaikeแต่เนื่อง จากความกังวลทางสถิติเกี่ยวกับ coestimation ของแกมมาและพารามิเตอร์บล็อกไซต์ (กล่าวถึงในคู่มือ RAxML;) theGTR + เลือกรุ่น G แทน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระยะทางพันธุกรรม pairwise สำหรับ COI และ 16S ถูกคำนวณใน Geneious
(Biomatters จำกัด ) สำหรับระยะทาง 16S ถูกคำนวณในการจัดตำแหน่ง
หลังจากที่ตัดกับ Gblocks รุ่น Fi ระบบ best- ของวิวัฒนาการสำหรับ
แต่ละยีนพบการใช้ JModelTest 2.1.4 สำหรับยีน GTR + ที่ฉันþGmodelwas
ถือว่าดีที่สุด Fi T ตาม Akaike ข้อมูลบรรทัดฐาน
แต่เนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับสถิติ coestimation ของแกมมาและ invariant- พารามิเตอร์เว็บไซต์ (ที่กล่าวไว้ในคู่มือ RAxML นั้น) รุ่น theGTR + G ได้รับเลือกแทน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความแตกต่างทางพันธุกรรมและคู่สำหรับผมใช้คำนวณใน geneious( biomatters Ltd ) สำหรับระยะทางที่ใช้คำนวณบนแนวหลังจากตัดกับ gblocks . ที่ดีที่สุด - จึงตัดรูปแบบของวิวัฒนาการสำหรับแต่ละยีน พบว่าใช้ jmodeltest 2.1.4 สำหรับยีนส์ GTR + ผมþ gmodelwasถือว่าเป็น T จึงดีที่สุดตามเกณฑ์เคราะห์ข้อมูล ,แต่เนื่องจากความกังวลสถิติเกี่ยวกับ coestimation ของแกมมาและพารามิเตอร์เว็บไซต์ค่าคงที่ ( กล่าวถึงในคู่มือ raxml ) thegtr + G แบบที่ถูกเลือกแทน