เวย์นรูนีย์เริ่มเล่นฟุตบอลให้กับเอฟเวอร์ตันตั้งแต่ปี 2001 ในทีมเยาวชนและและได้ลงเล่นให้กับทีมอาชีพ รูนี่ย์ มีบ้านเกิดอยู่ในย่านคร็อกซ์เทธ โดยตอนแรกเขามีความปรารถนาจะเล่นให้เอฟเวอร์ตันมากจึงภาพที่ประทับใจผู้คนคือการสวมเสื้อยืดที่พิมพ์ลายสกรีนว่า "Once a blue, Always a blue"และได้รับแรงบันดาลใจในการฝากตัวเป็นสาวกท๊อฟฟี่เม็นจากครอบครัว และยังคงมีใจให้กับเอฟเวอร์ตันเสมอ ใส่เสื้อหมายเลข 18 นัดที่แจ้งเกิดของเขาคือนัดที่ยิงประตูช่วยให้เอฟเวอร์ตันต้นสังกัดของเขาเอาชนะอาร์เซนอลประมาณปี 2003 หลังจากนั้นรูนีย์ได้ลงเล่นเป็นตัวจริงสม่ำเสมอ จากเดิมที่เป็นนักเตะฝึกหัดของสโมสร ได้รับค่าจ้างเพียง 10 ปอนด์ต่อสัปดาห์ก็ได้รับค่าเหนื่อยเพิ่มขึ้นเป็น 10000 ปอนด์ต่อสัปดาห์ ฟอร์มการเล่นของเขาได้พัฒนาขึ้นทำให้มีหลาย ๆ สโมสรต้องการเขาไปร่วมทีม จนกระทั่งปี 2004 เวย์นรูนีย์ กลายเป็นนักเตะวัยรุ่นที่มีค่าตัวแพงที่สุดในโลก หลังจากที่เซ็นสัญญาย้ายจาก เอฟเวอร์ตัน มาอยู่กับ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด โดยต้นสังกัดใหม่จ่ายค่าตัวสูงถึงด้วยค่าตัว 25.6 ล้านปอนด์ หรือประมาณ 1,300 ล้านบาท รูนีย์ประเดิมสนามด้วยเสื้อหมายเลข 8 และได้รับค่าเหนื่อยสูงถึง 75,000ปอนด์ต่อสัปดาห์ นอกจากนี้ยังเล่นให้กับทีมชาติอังกฤษ โดยปัจจุบันสวมเสื้อหมายเลข 10
รูนีย์ย้ายเข้าสู่โอลด์แทรฟฟอร์ดด้วยค่าตัวเริ่มต้นที่ 20 ล้านปอนด์ที่สโมสรจะจ่ายให้เอฟเวอร์ตันทันที และจะเพิ่มอีก 7 ล้านปอนด์ หากเจ้าหนูรูนีย์โชว์ฟอร์มได้ดีกับสโมสรและทีมชาติ
นัดแรกที่ รูนีย์ ลงเล่นให้กับแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด กลายเป็นนัดที่เขาสร้างประวัติศาสตร์อีกนัดหนึ่ง นั่นคือเขาสามารถทำแฮตทริกได้ในนัดแรกที่ลงสนามให้กับทีม และเป็นการยิงประตูเฟแนร์บาห์เช ในเกมแชมเปียนส์ลีก ในวันที่ 28 กันยายน และการยิงประตูนัดแรกในพรีเมียร์ลีก ให้กับทีมปีศาจแดงนั่นก็คือ การยิงประตูอาร์เซน่อล ในวันที่ 24 ตุลาคม 2547 ช่วยให้ทีมเอาชนะไปได้ 2 - 0 ในโรงละครแห่งความฝัน และเป็นประตูฉลองวันเกิดครบอายุ 19 ปี ให้กับเขาในวันนี้ด้วย แล้วก็ทำให้เรดอาร์มีทุกคนได้รู้ว่าฮีโรได้ถือกำเนิดขึ้นแล้ว
ปัจจุบันไม่ประสบความสำเร็จกับทีมจนมีข่าวย้ายทีมไปร่วมทีมอื่น แต่ในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2014 ได้ตกลงต่อสัญญากับทีมออกไปอีก 4 ปี จนถึงปี 2019 รับค่าเหนื่อย 300,000 ปอนด์ต่อสัปดาห์ และได้รับการคาดหมายว่าจะได้รับหน้าที่กัปตันทีมแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดคนต่อไปในฤดูกาล 2014-2015 ต่อจากเนมันยา วิดิช ที่ประกาศว่าจะไม่ต่อสัญญากับทีมทีจะหมดหมดอนาคตหลังจบฤดูกาล 2013-2014 ฤดูกาล 2014-15 เวย์น รูนี่ย์ ยิงได้ 14 ประตูรวมทุกรายการ คว้าดาวซัลโวของสโมสร ประจำฤดูกาล 2014-15 ไป และยังเป็นดาวซัลที่ยิงน้อยที่สุดในรอบ 52 ปี