Model Construction and Library Desi

Model Construction and Library Design.
Using YASARA v13.4.21, a single molecule from hLYZ structure 1JWR was superimposed on the Ivyc-HEWL cocrystal structure 1GPQ,and the HEWL molecules were then deleted. The resulting hLYZ-Ivyc complex was energy minimized using the AMBER99 force field.
Six residues were selected for mutation based on the modeled interaction between hLYZ and E.coli Ivyc. A ConSurf bioinformatics analysis, using default parameters, scored the hLYZ residues at the interface between hLYZ and Ivy for evolutionary conservation. Poorly conserved residues were then examined for interactions with Ivyc. Residues V2, W34, and G37 have close packed van der Waals contacts at the binding interface. Residues K33, R41, and R115 have extensive hydrogen bonding with Ivyc

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แบบก่อสร้างและออกแบบไลบรารี ใช้ YASARA v13.4.21 โมเลกุลเดียวจาก hLYZ โครงสร้าง 1JWR ที่วางซ้อนอยู่บน Ivyc HEWL cocrystal โครงสร้าง 1GPQ และโมเลกุล HEWL ถูกลบออกแล้ว ซับซ้อน hLYZ Ivyc ได้ถูกย่อให้เล็กสุดโดยใช้ฟิลด์บังคับ AMBER99 พลังงานตกหกถูกเลือกสำหรับการกลายพันธุ์ขึ้นอยู่กับการโต้ตอบการสร้างแบบจำลองระหว่าง hLYZ และระบบ Ivyc วิเคราะห์ bioinformatics เป็น ConSurf โดยใช้พารามิเตอร์การเริ่มต้น คะแนนตก hLYZ ที่อินเทอร์เฟซระหว่าง hLYZ และไอวี่สำหรับอนุรักษ์เชิงวิวัฒนาการ งานนำตกได้แล้วตรวจสอบการโต้ตอบกับ Ivyc ตก V2, W34 และ G37 ได้ปิดบรรจุ van der Waals ติดต่อที่อินเทอร์เฟซสำหรับผูก ตก K33, R41, R115 มีไฮโดรเจนอย่างละเอียดด้วย Ivyc

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

งานก่อสร้างประเภทและการออกแบบห้องสมุด.
ใช้ YASARA v13.4.21, โมเลกุลเดียวจาก 1JWR โครงสร้าง hLYZ ถูกซ้อนทับบน Ivyc-HEWL cocrystal 1GPQ โครงสร้างและโมเลกุล HEWL ถูกลบแล้ว ผล hLYZ-Ivyc ซับซ้อนพลังงานลดการใช้สนามพลัง AMBER99.
หกตกค้างถูกเลือกสำหรับการกลายพันธุ์ขึ้นอยู่กับแบบจำลองการทำงานร่วมกันระหว่าง hLYZ และ E.coli Ivyc การวิเคราะห์ชีวสารสนเทศ ConSurf โดยใช้พารามิเตอร์เริ่มต้นคะแนนตกค้าง hLYZ ที่เชื่อมต่อระหว่าง hLYZ ไอวีและการอนุรักษ์วิวัฒนาการ ป่าสงวนตกค้างไม่ดีมีการตรวจสอบแล้วสำหรับการติดต่อกับ Ivyc ตกค้าง V2, W34 และ G37 ได้บรรจุใกล้แวนเดอร์ Waals รายชื่อที่อินเตอร์เฟซที่มีผลผูกพัน ตกค้าง K33, R41 และ R115 กว้างขวางมีพันธะไฮโดรเจนกับ Ivyc

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รูปแบบการสร้างห้องสมุดและการออกแบบ
ใช้ yasara v13.4.21 เป็นโมเลกุลเดี่ยว จาก 1jwr โครงสร้าง hlyz ซ้อนทับบน ivyc hewl cocrystal โครงสร้าง 1gpq และ hewl โมเลกุลแล้วลบ ผล hlyz ivyc ซับซ้อนพลังงานลดการใช้ amber99 บังคับเขต .
6 ตกค้างได้คัดเลือกการกลายพันธุ์ตามแบบจำลองปฏิสัมพันธ์ระหว่าง hlyz E.coli และ ivyc .การวิเคราะห์ consurf ชีวสารสนเทศโดยใช้พารามิเตอร์เริ่มต้นคะแนน hlyz ตกค้างที่เชื่อมต่อระหว่าง hlyz ไอวี่เพื่อการอนุรักษ์และวิวัฒนาการ งานอนุรักษ์ดินจากนั้นตรวจสอบการปฏิสัมพันธ์กับ ivyc . ตกค้าง V2 , w34 และ g37 ได้ปิดบริการแวนเดอวาลส์รายชื่อที่ติดต่อประสาน k33 r41 ตกค้าง , และ r115 มีไฮโดรเจนเชื่อมกับ ivyc อย่างละเอียด