As a major component of genomic var

As a major component of genomic variation, copy number variations (CNVs) are considered as promising markers for some phenotypic and economically important traits in domestic animals. Using a custom-designed 1M array CGH (aCGH), we performed CNV discovery in 12 pig samples from one Asian wild boar population, six Chinese indigenous breeds, and two European commercial breeds. In total, we identified 758 CNV regions (CNVRs), covering 47.43 Mb of the pig genome sequence. Of the total porcine genes, 1295 genes were completely or partially overlapped with the identified CNVRs, which enriched in the terms related to sensory perception of the environment, neurodevelopmental processes, response to external stimuli, and immunity. Further probing the potential functions of these genes, we also found a suite of genes related important traits, which make them a promising resource for exploring the genetic basis of phenotype differences among diverse pig breeds. Compared with previous relevant studies, the current study highlights that different platforms can complement each other, and the combined implementation of different platforms is beneficial to achieve the most comprehensive CNV calls. CNVs detected in diverse populations herein are essentially complementary to the CNV map in the pig genome, which would be helpful for understanding the pig genome variants and investigating the associations between various phenotypes and CNVs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เป็นองค์ประกอบที่สำคัญของการเปลี่ยนแปลงจีโนมคัดลอกรูปแบบตัวเลข (CNVs) ถือเป็นเครื่องหมายที่มีแนวโน้มสำหรับฟีโนไทป์และลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจในสัตว์ในประเทศ ใช้ 1M กำหนดเองที่ออกแบบอาร์เรย์ CGH (aCGH) เราดำเนินการค้นพบ CNV ใน 12 ตัวอย่างจากประชากรหมูหมูป่าหนึ่งในเอเชียจีนหกสายพันธุ์พื้นเมืองและสองสายพันธุ์การค้ายุโรป โดยรวมแล้วเราระบุ 758 ภูมิภาค CNV (CNVRs) ครอบคลุม 47.43 Mb ของลำดับจีโนมหมู ของยีนสุกรทั้งหมด 1,295 ยีนที่ถูกซ้อนทับสมบูรณ์หรือบางส่วนที่มีการระบุ CNVRs ซึ่งอุดมไปในแง่ที่เกี่ยวข้องกับการรับรู้ทางประสาทสัมผัสของสภาพแวดล้อมกระบวนการทางระบบประสาทตอบสนองต่อสิ่งเร้าภายนอกและภูมิคุ้มกัน นอกจากฟังก์ชั่นที่มีศักยภาพละเอียดของยีนเหล่านี้เรายังพบชุดของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญที่ทำให้พวกเขาเป็นทรัพยากรที่มีแนวโน้มสำหรับการสำรวจพื้นฐานทางพันธุกรรมของความแตกต่างในหมู่ฟีโนไทป์หมูสายพันธุ์ที่มีความหลากหลาย เมื่อเทียบกับการศึกษาที่เกี่ยวข้องก่อนหน้านี้การศึกษาในปัจจุบันที่เน้นแพลตฟอร์มที่แตกต่างสามารถเติมเต็มซึ่งกันและกันและการดำเนินงานรวมของแพลตฟอร์มที่แตกต่างจะเป็นประโยชน์เพื่อให้บรรลุที่ครอบคลุมมากที่สุดสาย CNV CNVs ตรวจพบในประชากรที่มีความหลากหลายในที่นี้เป็นหลักประกอบกับแผนที่จีโนมใน CNV หมูซึ่งจะเป็นประโยชน์สำหรับการทำความเข้าใจสายพันธุ์จีโนมสุกรและการตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง phenotypes ต่างๆและ CNVs

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นส่วนประกอบหลักของการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนาจีโนม ( cnvs ) ถือว่าเป็นเครื่องหมายสัญญาบางลักษณะปรากฏและลักษณะสำคัญของสัตว์ในประเทศ การใช้อาร์เรย์ที่ออกแบบเอง 1 cgh ( acgh ) เราแสดงการค้นพบ cnv ใน 12 ตัวอย่างหมูจากเอเชียหมูป่าจำนวน 6 สายพันธุ์พื้นเมืองจีน และ 2 พันธุ์พาณิชย์ยุโรป ในรวมเราระบุตัวเขา cnv ภูมิภาค ( cnvrs ) ครอบคลุม 47.43 MB ของหมูจีโนมลำดับ จากทั้งหมด 1266 จากยีน ยีนอย่างสมบูรณ์หรือเพียงบางส่วนทับซ้อนกับที่ระบุ cnvrs ซึ่งอุดมสมบูรณ์ ในเงื่อนไขที่เกี่ยวข้องกับการรับรู้ทางประสาทสัมผัสของสิ่งแวดล้อม กระบวนการ neurodevelopmental , การตอบสนองต่อสิ่งเร้าภายนอกและภูมิคุ้มกัน ละเอียดเพิ่มเติมที่ศักยภาพการทำงานของยีนเหล่านี้เราพบชุดของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญซึ่งทำให้พวกเขาเป็นทรัพยากรที่มีศักยภาพสํารวจพื้นฐานทางพันธุกรรมของการความแตกต่างระหว่างสุกรพันธุ์ที่หลากหลาย เมื่อเทียบกับการศึกษาที่เกี่ยวข้อง การศึกษาเน้นว่าแพลตฟอร์มที่แตกต่างกันสามารถเติมเต็มซึ่งกันและกันและการรวมกันของแพลตฟอร์มที่แตกต่างกันที่เป็นประโยชน์เพื่อให้บรรลุสาย cnv ครอบคลุมมากที่สุด cnvs ตรวจพบในประชากรหลากหลาย ในที่นี้เป็นหลัก ประกอบกับ cnv แผนที่จีโนมในหมู ซึ่งจะเป็นประโยชน์สำหรับความเข้าใจหมูจีโนมสายพันธุ์และการตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างฟีโนไทป์ต่างๆและ cnvs .