Exactly what the total gene count i

Exactly what the total gene count is for the human genome will probably remain vague for some time to come, but it seems likely that the number will move upwards as the sequence is refined and annotation improves. Numbers are firmer for the C. elegans genome, and have not changed much over the past two years. About half of all C. elegans genes are currently enigmatic in terms of sequence similarity and function, however, and their existence was initially based only on GeneFinder predictions [2]. According to some analyses, many could be pseudogenes [3].

The question of how many of these predicted worm genes are real has recently been tackled by Reboul et al. [4], using an OST (open-reading-frame sequence tag) approach. They chose 1,222 predicted genes for which no EST (expressed sequence tag) had yet been obtained, and attempted to amplify a predicted product from cDNA. At least 70% of the genes were thereby verified, indicating that they are real, although the predicted intron/exon structure was not always correct. Their study resulted in a minimum, and therefore conservative, estimate for the C. elegans gene number of 17,387. This can be compared with the most recent genome-sequence-based number of 19,404 protein-coding genes [5], which is not too dissimilar. Both approaches are likely to have missed a substantial number of small genes, such as those encoding neuropeptides, antimicrobial peptides, cuticle components and small regulatory proteins such as egl-1 [6]. The high total gene count therefore does not seem to be an artifact of the prediction programs, nor to be explained by the presence of numerous pseudogenes.

Moreover, the numbers above apply only to protein-coding genes, and there are a substantial number of RNA-encoding genes which have to be added to the gene tally. These RNA-encoding genes are often difficult to recognize on the basis of sequence, so they are usually even harder to count than the protein-coding genes. Some of the classes, such as ribosomal RNA genes, are easy to enumerate. Worms have one cluster of 55 large ribosomal genes, encoding the 18S, 5.8S and 28S rRNAs, and another cluster of 110 genes for 5S rRNA. Transfer RNA genes are for the most part also fairly easy to recognize, and have been extensively annotated in the worm genome. About 900 tRNA genes can be recognized; 200 of these are probably pseudogenes, but the majority look real. This is consistent with the one family that has been examined in detail (the twelve Trp tRNA genes), in which eight are demonstrably functional, and two look like pseudogenes [7]. The relative number of tRNA genes is high compared to the number in the human genome, in one of the many small mysteries of comparative genomics.

Other RNA genes include snRNAs (small nuclear RNAs), snoRNAs (small nucleolar RNAs), scRNAs (small cytoplasmic RNAs), telomere RNAs, splice leaders and small regulatory RNAs. Some of these, such as the snoRNAs, are hard to recognize in raw sequence [8], and consequently their exact number is unknown. Others, such as the developmental timing regulators lin-4 and let-7, are known to perform important biological functions, but their discovery has depended entirely on genetic methods [9]. It is an open question how many other non-coding regulatory RNAs like these remain to be found in eukaryotic genomes. The two known examples of regulatory RNAs in C. elegans represent fewer than 0.5% of the genes defined by mutation and subsequently cloned, which implies that regulatory RNAs cannot be all that numerous, but that still leaves room for many more genes in this category. In summary, the number of known RNA genes is already well over 1,000. These can be added to the 18,000-19,000 predicted protein-coding genes, to give a total of something like 20,000 as a nice round number - hence the title of this article.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สิ่งที่นับยีนทั้งหมดสำหรับจีโนมมนุษย์อาจจะยังคงคลุมเครือสำหรับเวลาที่จะมาบางอย่าง แต่มันดูเหมือนว่าจำนวนจะย้ายขึ้นไปเป็นลำดับเป็นกลั่นและช่วยเพิ่มคำอธิบายประกอบ ตัวเลขที่กระชับสำหรับ C. elegans จีโนมและยังไม่ได้เปลี่ยนแปลงไปมากในช่วงสองปีที่ผ่านมา ประมาณครึ่งหนึ่งของทั้งหมด C. elegans ยีนลึกลับอยู่ในขณะนี้ในแง่ของความคล้ายคลึงกันตามลำดับและการทำงานอย่างไรและการดำรงอยู่ของพวกเขาถูกตามขั้นต้นเพียงการคาดการณ์ GeneFinder [2] ตามการวิเคราะห์บางคนอาจจะมีหลาย pseudogenes [3]. คำถามของวิธีการหลายเหล่านี้คาดการณ์ยีนหนอนจะจริงเพิ่งได้รับการจัดการโดย Reboul et al, [4] โดยใช้เพลงประกอบละคร (เปิดอ่านกรอบป้ายลำดับ) วิธีการ พวกเขาเลือกที่คาดการณ์ไว้ 1,222 ยีนที่ไม่มี EST (แท็กแสดงลำดับ) ได้รับยังและความพยายามที่จะขยายผลิตภัณฑ์ที่คาดการณ์จากยีน อย่างน้อย 70% ของยีนที่ถูกตรวจสอบได้จึงแสดงให้เห็นว่าพวกเขาเป็นจริงแม้จะคาดการณ์ intron / โครงสร้างเอกซ์ซอนก็ไม่ถูกต้องเสมอ การศึกษาของพวกเขาส่งผลให้น้อยที่สุดและดังนั้นจึงอนุลักษณ์, ประมาณการสำหรับ C. elegans จำนวนยีน 17387 นี้สามารถเทียบกับล่าสุดตัวเลขจีโนมลำดับตาม 19,404 ยีนโปรตีนเข้ารหัส [5] ซึ่งเป็นไม่แตกต่างกันมากเกินไป วิธีการทั้งสองมีแนวโน้มที่จะได้รับจำนวนมากของยีนที่มีขนาดเล็กเช่นที่ neuropeptides เข้ารหัสเปปไทด์ต้านจุลชีพ, ส่วนประกอบหนังกำพร้าและโปรตีนขนาดเล็กเช่น EGL-1 [6] นับยีนรวมสูงดังนั้นจึงไม่ได้ดูเหมือนจะเป็นสิ่งประดิษฐ์ของโปรแกรมการทำนายและไม่ที่จะอธิบายได้ด้วยการปรากฏตัวของ pseudogenes จำนวนมาก. นอกจากนี้ตัวเลขดังกล่าวข้างต้นจะใช้เฉพาะกับยีนโปรตีนเข้ารหัสและมีจำนวนมากของอาร์เอ็นเอ ยีน -encoding ซึ่งจะต้องมีการเพิ่มการนับยีน เหล่ายีน RNA เข้ารหัสมักจะยากที่จะรับรู้บนพื้นฐานของลำดับดังนั้นพวกเขาจึงมักจะยังยากที่จะนับกว่ายีนโปรตีนเข้ารหัส บางส่วนของชั้นเรียนเช่นยีน RNA ไรโบโซมจะง่ายต่อการระบุ เวิร์มมีหนึ่งในกลุ่มของยีนที่ 55 โซมอลขนาดใหญ่เข้ารหัส 18S, 5.8S และ 28S rRNAs และกลุ่มของยีนที่ 110 สำหรับ 5S rRNA อื่น การถ่ายโอนยีน RNA เป็นส่วนใหญ่ยังค่อนข้างง่ายที่จะรับรู้และได้รับการบันทึกย่ออย่างกว้างขวางในจีโนมของหนอน ประมาณ 900 ยีน tRNA ได้รับการยอมรับ; 200 เหล่านี้อาจจะ pseudogenes แต่ส่วนใหญ่ดูจริง ซึ่งสอดคล้องกับหนึ่งในครอบครัวที่ได้รับการตรวจสอบรายละเอียด (สิบสอง Trp ยีน tRNA) ซึ่งมีการทำงานแปด demonstrably และทั้งสองมีลักษณะเหมือน pseudogenes [7] จำนวนญาติของยีน tRNA อยู่ในระดับสูงเมื่อเทียบกับตัวเลขในจีโนมมนุษย์ในหนึ่งในความลึกลับขนาดเล็กจำนวนมากของฟังก์ชั่นการเปรียบเทียบ. ยีน RNA อื่น ๆ ได้แก่ snRNAs (RNAs นิวเคลียร์ขนาดเล็ก) snoRNAs (RNAs คลีโอเล็ก), scRNAs (ขนาดเล็กนิวเคลียส RNAs) RNAs telomere ผู้นำประกบกันและการกำกับดูแล RNAs ขนาดเล็ก บางส่วนของเหล่านี้เช่น snoRNAs ที่จะยากที่จะรับรู้ในลำดับดิบ [8] และทำให้จำนวนที่แน่นอนของพวกเขาไม่เป็นที่รู้จัก อื่น ๆ เช่นหน่วยงานกำกับดูแลการพัฒนาระยะเวลา lin-4 และให้-7, เป็นที่รู้จักกันในการปฏิบัติหน้าที่ทางชีวภาพที่สำคัญ แต่การค้นพบของพวกเขาได้ทั้งหมดขึ้นอยู่กับวิธีการทางพันธุกรรม [9] มันเป็นคำถามที่เปิดวิธีอื่น ๆ อีกมากมายที่ไม่ได้เข้ารหัส RNAs กฎระเบียบเช่นนี้ยังคงที่จะพบได้ในจีโนมของยูคาริโอ ทั้งสองตัวอย่างที่รู้จักกันของ RNAs กำกับดูแลใน elegans ซีเป็นตัวแทนน้อยกว่า 0.5% ของยีนที่กำหนดโดยการกลายพันธุ์และโคลนต่อมาซึ่งหมายความว่า RNAs กฎระเบียบที่ไม่สามารถเป็นสิ่งที่หลาย แต่ที่ยังคงออกจากห้องเพื่อยีนอื่น ๆ อีกมากมายในหมวดหมู่นี้ ในการสรุปจำนวนของยีน RNA ที่รู้จักกันอยู่แล้วดีกว่า 1000 เหล่านี้สามารถเพิ่มไปยัง 18,000-19,000 คาดการณ์ยีนโปรตีนการเข้ารหัสเพื่อให้รวมเป็นสิ่งที่ต้องการ 20,000 เป็นจำนวนรอบที่ดี - เพราะฉะนั้นชื่อเรื่องของบทความนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

คุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไปคุณขอฉันส่งรูปภาพมากเกินไป