Phospholipase A2 is one of the most

Phospholipase A2 is one of the most intensively studied membrane proteins which hydrolyzes phospholipids at the sn-2 position to form fatty acid and lysophospholipid products. These are small proteins and the 3-D structures are known to high resolution for several species. Phospholipase A2 proteins are of high pharmaceutical concern since they are responsible for the release of arachidonic acid from membranes, and since the subsequent conversion of this fatty acid to leukotrienes and prostaglandins is part of the inflammatory response.
The enzyme also shows very interesting interactions with the membrane on which it binds. It is activated in some way when it interacts with aggregated forms of the substrate, such as in micelles or in bilayers. Electrostatic and hydrophobic interactions are suspected to be involved in the binding of the enzyme to the membrane. Very little is known of the enzyme-membrane complex structure and why the enzyme reacts much more efficiently once it binds its substrates in an aggregated form.
We are particularly interested in studying the interaction of the phospholipase A2 with the cell membrane through molecular modeling and molecular dynamics. The questions of interest are: the mechanism of the surface activation; the interaction of PLA2 with negatively charged lipids; and the conformational and energetic properties of the lipids in the protein-membrane interface. Our simulations have suggested that a desolvation of 2-3 lipid molecules occurs when PLA is tightly associated with the membrane, and could facilitate the binding of the substrate, increasing the reaction rate. We have also calculated the potential surface of the protein on membrane surface.
We are applying the steered molecular dynamics method to investigate the action of human synovial protein phospholipase A2 (PLA2) at the lipid water interface. PLA2 binds to a membrane surface in a scooting mode and catalyzes the hydrolysis reaction of the sn-2 ester bond of phospholipids which subsequently results in the destruction of membrane surface. The actual catalysis is believed to be init iated through the suction of a phospholipid from the membrane surface into the h ydrophobic channel of PLA2 where the reaction takes place. The mechanism of this suction is little understood and is hypothesized to be caused by destabilizatio n of the polar phospholipid headgroup by the hydrophobic environment of the bind ing channel of PLA2. We investigate the process of extrusion of the phospholipid for two modes of coupling of PLA2 to the membrane surface, i. e., tightly and l oosely bound modes. Our hypothesis is that prior to extruding the phospholipid, PLA2 must form the tightly bound complex, while the loosely bound complex should not lead to catalysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Phospholipase A2 เป็นโปรตีนสุด intensively ศึกษาเมมเบรนซึ่ง hydrolyzes phospholipids ที่ตำแหน่ง sn 2 กรดไขมันแบบฟอร์มและ lysophospholipid ผลิตภัณฑ์ อย่างใดอย่างหนึ่ง เหล่านี้เป็นโปรตีนขนาดเล็ก และเป็นที่รู้จักโครงสร้าง 3 มิติความละเอียดสูงสำหรับหลายชนิด โปรตีน Phospholipase A2 มีความกังวลสูงยาเนื่องจากชอบของกรด arachidonic จากเยื่อหุ้ม และเนื่อง จากการแปลงลำดับของกรดไขมันนี้ leukotrienes ตัวกลางและ prostaglandins เป็นส่วนหนึ่งของการตอบสนองการอักเสบเอนไซม์การแสดงโต้ตอบที่น่าสนใจมากกับเมมเบรนซึ่งมัน binds มันถูกเรียกใช้ในวิธีการบางอย่างเมื่อมันโต้ตอบกับฟอร์มรวมของพื้นผิว เช่น micelles หรือ bilayers ไฟฟ้าสถิต และ hydrophobic โต้ถูกสงสัยว่าจะเกี่ยวข้องกับการรวมของเอนไซม์กับเมมเบรน น้อยมากเป็นที่รู้จักกันของโครงสร้างซับซ้อนเอนไซม์เยื่อ และเหตุเอนไซม์ทำปฏิกิริยาได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้นเมื่อ มัน binds ของพื้นผิวในแบบรวมเรามีความสนใจโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของ phospholipase A2 กับเยื่อเซลล์ผ่านการสร้างแบบจำลองระดับโมเลกุลและโมเลกุล dynamics มีคำถามที่น่าสนใจ: กลไกในการเปิดใช้งานพื้นผิว การโต้ตอบของ PLA2 พร้อมส่งคิดโครงการ และคุณสมบัติของโครงการในอินเทอร์เฟซของเมมเบรนโปรตีน conformational และการวิจัย จำลองของเราได้แนะนำว่า desolvation ของโมเลกุลไขมัน 2-3 เกิดขึ้นเมื่อปลาแน่นเชื่อมโยงกับเมมเบรน และสามารถช่วยในการผูกของพื้นผิว เพิ่มอัตราปฏิกิริยา นอกจากนี้เรายังได้คำนวณพื้นผิวเป็นของโปรตีนบนผิวเมมเบรนเราจะใช้วิธีการ dynamics steered โมเลกุลเพื่อตรวจสอบการกระทำของมนุษย์เนื้อโปรตีน phospholipase A2 (PLA2) ในอินเทอร์เฟสน้ำไขมัน PLA2 binds กับผิวเมมเบรนในโหมด scooting และ catalyzes ปฏิกิริยาไฮโตรไลซ์ของพันธะเอส sn 2 ของ phospholipids ซึ่งส่งผลต่อทำลายผิวเมมเบรน เร่งปฏิกิริยาจริงเชื่อว่าจะ เริ่มต้น iated ทางดูดของฟอสโฟลิพิดจากพื้นผิวเมมเบรนเป็น h ydrophobic ช่องของ PLA2 ที่ปฏิกิริยาเกิดขึ้น กลไกของการดูดนี้น้อยเข้าใจ และตั้งสมมติฐานว่าจะเกิดจาก n destabilizatio ของ headgroup ฟอสโฟลิพิดเชิงขั้ว โดยสภาพแวดล้อมช่อง PLA2 ing ของผูก hydrophobic เราตรวจสอบกระบวนการอัดรีดของฟอสโฟลิพิดในสองโหมดของคลัป PLA2 การเยื่อผิว i. e. แน่น และวิธีผูก l oosely สมมติฐานของเราคือ ว่า ก่อนที่จะพ่นในฟอสโฟลิพิด PLA2 ต้องฟอร์มซับซ้อนผูกแน่น ขณะซับซ้อนซึ่งถูกผูกไม่ควรนำไปเร่งปฏิกิริยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

phospholipase A2 เป็นหนึ่งในการศึกษามากที่สุดอย่างโปรตีนไฮโดรไลซ์ซึ่ง phospholipids ที่ตำแหน่ง SN-2 ในรูปแบบของกรดไขมันและผลิตภัณฑ์ lysophospholipid เหล่านี้เป็นโปรตีนขนาดเล็กและโครงสร้าง 3 มิติที่รู้จักกันเพื่อความละเอียดสูงสำหรับหลายชนิด โปรตีน phospholipase A2 มีความกังวลยาสูงเนื่องจากพวกเขามีความรับผิดชอบสำหรับการเปิดตัวของกรด arachidonic จากเยื่อและตั้งแต่การแปลงที่ตามมาของกรดไขมันนี้เพื่อ leukotrienes prostaglandins และเป็นส่วนหนึ่งของการตอบสนองต่อการอักเสบ.
เอนไซม์ยังแสดงให้เห็นการมีปฏิสัมพันธ์ที่น่าสนใจมากด้วย เมมเบรนที่มันผูก มันถูกเปิดใช้งานในทางใดทางหนึ่งเมื่อมันมีการโต้ตอบกับรูปแบบที่รวบรวมของพื้นผิวเช่นใน micelles หรือ bilayers ปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตและไม่ชอบน้ำเป็นที่สงสัยว่าจะมีส่วนร่วมในผลผูกพันของเอนไซม์ที่จะเมมเบรน ไม่ค่อยเป็นที่รู้จักของโครงสร้างเอนไซม์เมมเบรนที่มีความซับซ้อนและทำไมเอนไซม์ทำปฏิกิริยามีประสิทธิภาพมากขึ้นเมื่อมีการผูกพื้นผิวในรูปแบบรวม.
เรามีความสนใจโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของ A2 phospholipase กับเยื่อหุ้มเซลล์ที่ผ่านการสร้างแบบจำลองโมเลกุลและโมเลกุล พลศาสตร์ คำถามที่น่าสนใจคือกลไกของการกระตุ้นผิว; ปฏิสัมพันธ์ของ PLA2 กับไขมันที่มีประจุลบ; และคุณสมบัติของโครงสร้างและมีพลังของไขมันในส่วนติดต่อโปรตีนเมมเบรน แบบจำลองของเราได้ชี้ให้เห็นว่า desolvation 2-3 โมเลกุลของไขมันที่เกิดขึ้นเมื่อปลามีการเชื่อมโยงอย่างแน่นหนากับเมมเบรนและสามารถอำนวยความสะดวกที่มีผลผูกพันของพื้นผิวที่เพิ่มขึ้นอัตราการเกิดปฏิกิริยา เราได้คำนวณยังพื้นผิวที่มีศักยภาพของโปรตีนบนผิวเมมเบรน.
เราจะใช้วิธีนำการเปลี่ยนแปลงโมเลกุลในการตรวจสอบการกระทำของมนุษย์โปรตีนไขข้อ phospholipase A2 (PLA2) ที่อินเตอร์เฟซที่น้ำไขมัน PLA2 ผูกกับพื้นผิวเมมเบรนในโหมด Scooting และกระตุ้นปฏิกิริยาการย่อยสลายของเอสเตอร์พันธบัตร SN-2 จาก phospholipids ซึ่งต่อมาจะส่งผลในการทำลายของพื้นผิวเมมเบรน ปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นจริงเชื่อว่าจะ init iated ผ่านการดูดของเรียมจากพื้นผิวของเยื่อหุ้มเซลล์เข้าไปในช่องเอช ydrophobic ของ PLA2 ปฏิกิริยาที่เกิดขึ้น กลไกของการดูดนี้เป็นที่เข้าใจกันเล็ก ๆ น้อย ๆ และมีการตั้งสมมติฐานว่าจะเกิดจาก destabilizatio n ของ headgroup เรียมขั้วโลกโดยสภาพแวดล้อมที่ไม่ชอบน้ำของช่องไอเอ็นจีผูกของ PLA2 เราจะตรวจสอบขั้นตอนการอัดขึ้นรูปของฟอสโฟสองรูปแบบของการมีเพศสัมพันธ์ของ PLA2 กับพื้นผิวเมมเบรนคือแน่นและโหมดลิตรผูกพัน oosely สมมติฐานของเราคือว่าก่อนที่จะพ่นเรียม, PLA2 ต้องในรูปแบบที่ซับซ้อนที่ถูกผูกไว้แน่นขณะที่ซับซ้อนที่ถูกผูกไว้อย่างหลวม ๆ ไม่ควรนำไปสู่การเร่งปฏิกิริยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

phospholipase A2 เป็นหนึ่งในที่สุดและศึกษาโปรตีนบนผิวเซลล์ซึ่ง hydrolyzes phospholipids ในตำแหน่ง sn-2 รูปแบบผลิตภัณฑ์กรดไขมันและ lysophospholipid . เหล่านี้เป็นโปรตีนขนาดเล็กและโครงสร้าง 3 มิติเป็นที่รู้จักกันเพื่อให้ความละเอียดสูงหลายชนิดphospholipase A2 โปรตีนกับยาสูง เนื่องจากพวกเขาจะรับผิดชอบในการปล่อย arachidonic กรดจาก membranes และเนื่องจากการแปลงตามมานี้กรด leukotrienes และโพรสตาแกลนดินเป็นส่วนหนึ่งของการตอบสนองการอักเสบ .
เอนไซม์ยังแสดงปฏิกิริยาที่น่าสนใจมากมีเมมเบรนซึ่งมันผูก .มันถูกเปิดใช้งานในบางวิธีเมื่อมันมีปฏิกิริยากับรวมรูปแบบของพื้นผิว เช่น ในไมเซลล์หรือฟุ่มเฟือย . ไฟฟ้าสถิตและ hydrophobic การโต้ตอบที่ต้องสงสัยว่าเป็นปกของเอนไซม์ในเมมเบรนน้อยมากที่เป็นที่รู้จักกันของเอนไซม์ที่เยื่อโครงสร้างซับซ้อนและทำไมเอนไซม์ในปฏิกิริยาได้อย่างมีประสิทธิภาพมากเมื่อมันรวมของพื้นผิวในการรวมรูปแบบ .
เราสนใจโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของ phospholipase A2 กับเยื่อหุ้มเซลล์ผ่านแบบจำลองโมเลกุลและพลศาสตร์โมเลกุล คำถามที่น่าสนใจคือ กลไกของการกระตุ้นผิว ;ปฏิสัมพันธ์ของ pla2 กับประจุลบไขมัน และโครงสร้าง และชีวิตชีวา คุณสมบัติของไขมันในโปรตีนเมมเบรนอินเตอร์เฟซ จำลองของเราได้แนะนำว่าเป็นศูนยากาศ 2-3 ไขมันโมเลกุลเกิดขึ้นเมื่อปลามันแน่นที่เกี่ยวข้องกับเยื่อหุ้มเซลล์ และสามารถอำนวยความสะดวกในการเกาะพื้นผิว เพิ่มอัตราการเกิดปฏิกิริยา .นอกจากนี้เรายังได้คำนวณพื้นผิวที่มีศักยภาพของโปรตีนบนผิวเยื่อแผ่น
เราใช้วิธีบังคับพลศาสตร์โมเลกุลเพื่อศึกษาการกระทำของมนุษย์น้ำโปรตีน phospholipase A2 ( pla2 ) ในไขมันน้ำอินเตอร์เฟซpla2 จับกับเยื่อพื้นผิวในโหมดและปฏิกิริยาไฮโดรไลซิสและ scooting ของ sn-2 เอสเตอร์พันธบัตรของ phospholipids ซึ่งภายหลังผลในการทำลายผิวหน้าเยื่อแผ่น การเร่งปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นจริง เชื่อว่าจะเริ่ม iated ผ่านการดูดของฟอสโฟลิปิดจากพื้นผิวเมมเบรนเป็น H ydrophobic ช่องทาง pla2 ที่ปฏิกิริยาเกิดขึ้นกลไกการดูดนี้น้อยเข้าใจ และความที่จะเกิดจาก destabilizatio N ของฟอสโฟลิปิดจากสภาพแวดล้อมที่ขั้วโลก headgroup ) ของผูกไอเอ็นจีช่องทาง pla2 . เราตรวจสอบในกระบวนการอัดรีดของฟอสโฟลิปิดสองโหมดของการเชื่อมต่อของ pla2 ไปยังพื้นผิวเมมเบรนคือแน่นและฉัน oosely ผูกพันโหมดสมมติฐานของเราคือ ก่อนอัดการป pla2 ต้องฟอร์มไว้แน่น , ผูกที่ซับซ้อนในขณะที่หลวมผูกที่ซับซ้อนไม่ควรจะนำไปสู่ปฏิกิริยา