Nowadays, MS is the method of choic

Nowadays, MS is the method of choice for the characterization and
identification of proteins. The general approach consists of the comparison of the MS experimental data with calculated mass values obtained from the entries in a sequence database. A search engine, such as Sequest (Eng, McCormack, & Yates, 1994) or Mascot (Perkins et al., 1999), performs the comparison making a probabilistic calculation to find out if the protein assignation is due to chance. In
some approaches, the MS experimental data are the masses of the peptides obtained from the enzymatic digestion of the protein, known as Peptide Mass Fingerprinting (PMF) (Pappin, Hojrup, & Bleasby, 1993). Another approach, usually known as Peptide Fragmentation Fingerprint (PFF), uses MS/MS fragmentation spectra
from one or more peptides instead of the masses of the complete set of peptides from the protein, allowing the sequencing of the peptide, and thus yielding the unambiguous identification of the protein (Eng, McCormack, & Yates, 1994). For all this approaches, the availability of the corresponding protein sequence in the database is of capital importance. If the unknown protein is not present in the database, but highly homologous ones are, the best match is aimed to be
the entry with the closest homology, usually proteins from related species. If sequence similarity with database proteins is too low, peptides must be sequenced de novo, interpreting MS/MS spectrum either manually or by computer-assisted tools (Shevchenko, Wilm, & Mann, 1997).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการที่เลือกสำหรับการจำแนก และรหัสของโปรตีน วิธีทั่วไปประกอบด้วยข้อมูล MS ทดลองเปรียบเทียบกับค่ามวลที่คำนวณได้จากรายการในฐานข้อมูลลำดับ โปรแกรมค้นหา เช่น Sequest (Eng รีแมคคอร์แมค & Yates, 1994) หรือแมสคอท (ระบุวัน et al., 1999), ดำเนินการเปรียบเทียบการคำนวณ probabilistic หา assignation โปรตีนที่มีเนื่องจากมีโอกาส ในบางวิธี ข้อมูลทดลอง MS คือ มวลของเปปไทด์ที่ได้จากเอนไซม์ในระบบย่อยอาหารโปรตีน รู้จักเป็นเพปไทด์โดยรวมลายพิมพ์ (PMF) (Pappin, Hojrup, & Bleasby, 1993) วิธีอื่น มักจะเรียกว่าเป็นเพปไทด์การกระจายตัวของลายนิ้วมือ (PFF), ใช้ MS/MS การกระจายตัวของแรมสเป็คตราจากเปปไทด์ หนึ่งแทนมวลของชุดสมบูรณ์ของเปปไทด์จากโปรตีน ช่วยให้ลำดับของเพปไทด์ และดังนั้น ผลผลิตรหัสที่ชัดเจนของโปรตีน (Eng รีแมคคอร์แมค & Yates, 1994) สำหรับวิธีนี้ทั้งหมด ความพร้อมของลำดับโปรตีนที่สอดคล้องกันในฐานข้อมูลเป็นของหลวง ถ้าโปรตีนไม่ทราบไม่มี ในฐานข้อมูล แต่สูง homologous มี การจับคู่ที่ดีที่สุดมีวัตถุประสงค์เพื่อให้รายการที่ มี homology ใกล้เคียงที่สุด ปกติโปรตีนจากสปีชีส์ที่เกี่ยวข้อง ถ้าลำดับคล้ายกับฐานข้อมูลโปรตีนต่ำเกินไป เปปไทด์ต้องเป็นตามลำดับ de novo ทำนาย MS/MS สเปกตรัมด้วยตนเอง หรือ โดยคอมพิวเตอร์ช่วยเครื่องมือ (เชฟเชนโค Wilm, & มานน์ 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการของทางเลือกสำหรับลักษณะและ
บัตรประจำตัวของโปรตีน วิธีการทั่วไปประกอบด้วยการเปรียบเทียบข้อมูลการทดลอง MS ที่มีค่ามวลคำนวณที่ได้จากรายการในฐานข้อมูลลำดับ เครื่องมือค้นหาเช่น Sequest (Eng, McCormack, & เยตส์ 1994) หรือมิ่งขวัญ (Perkins et al., 1999) ดำเนินการเปรียบเทียบการคำนวณความน่าจะเป็นที่จะพบว่านัดโปรตีนเป็นเพราะจะมีโอกาส ใน
วิธีการบางข้อมูลการทดลอง MS มีมวลของเปปไทด์ที่ได้จากการย่อยของเอนไซม์โปรตีนที่เรียกว่าเปปไทด์มวลพิมพ์ลายนิ้วมือ (PMF) (Pappin, Højrupและ Bleasby, 1993) อีกวิธีหนึ่งที่รู้จักกันมักจะเป็นเปปไทด์การกระจายตัวของลายนิ้วมือ (PFF) ใช้ MS / MS สเปกตรัมการกระจายตัว
จากหนึ่งหรือเปปไทด์มากขึ้นแทนการฝูงของชุดที่สมบูรณ์ของเปปไทด์จากโปรตีนที่ช่วยให้การจัดลำดับของเปปไทด์และทำให้ผลผลิตที่ชัดเจน บัตรประจำตัวของโปรตีน (อังกฤษ, McCormack, & เยตส์ 1994) สำหรับวิธีการทั้งหมดนี้ความพร้อมของลำดับโปรตีนที่สอดคล้องกันในฐานข้อมูลมีความสำคัญของเงินทุน ถ้าโปรตีนที่ไม่รู้จักไม่อยู่ในฐานข้อมูล แต่คนที่คล้ายคลึงกันอย่างมากมีการแข่งขันที่ดีที่สุดที่มีวัตถุประสงค์เพื่อที่จะเป็น
รายการที่มีความคล้ายคลึงกันที่ใกล้เคียงที่สุดโปรตีนมักจะมาจากสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้อง หากมีความคล้ายคลึงกันกับโปรตีนลำดับฐานข้อมูลอยู่ในระดับต่ำเกินไปเปปไทด์จะต้องติดใจเดอโนโวแปลสเปกตรัม MS / MS ด้วยตนเองหรือโดยเครื่องมือที่ใช้คอมพิวเตอร์ช่วย (Shevchenko, Wilm และแมนน์, 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการของทางเลือกสำหรับการศึกษาและ
การจำแนกชนิดของโปรตีน โดยทั่วไปประกอบด้วยการเปรียบเทียบข้อมูลกับ MS ทดลองคำนวณมวลที่ได้จากรายการในลำดับฐานข้อมูล เครื่องมือค้นหาเช่น sequest ( ม. McCormack &เยตส์ , 1994 ) หรือมิ่งขวัญ ( Perkins et al . , 1999 )การเปรียบเทียบคำนวณความน่าจะเป็นที่จะพบว่าโปรตีนที่กำหนดเนื่องจากโอกาส ใน
แนว , MS ข้อมูลเป็นมวลชนของเปปไทด์ที่ได้จากการย่อยด้วยเอนไซม์ของโปรตีนที่รู้จักกันเป็นมวลเปปไทด์พิมพ์ลายนิ้วมือ ( PMF ) ( pappin hojrup & , , bleasby , 1993 ) วิธีอื่นมักจะเรียกว่าเปปไทด์ของลายนิ้วมือ ( PFF ) , ใช้ MS / MS spectra
จากหนึ่งหรือมากกว่าของเปปไทด์แทนมวลของชุดสมบูรณ์ของเปปไทด์จากโปรตีน ให้ลำดับของเปปไทด์และหยุ่นตัวชัดเจนของโปรตีน ( Eng & McCormack , , เยตส์ , 1994 ) ทั้งหมดนี้ แนวความพร้อมของลำดับของโปรตีนที่สอดคล้องกันในฐานข้อมูลของทุนที่สําคัญ ถ้าโปรตีนจักไม่มีอยู่ในฐานข้อมูล แต่ขอโฮโมโลกัส คนมีคู่ที่ดีที่สุด มีวัตถุประสงค์เพื่อให้รายการที่มีลำดับใกล้
โดยปกติโปรตีนจากชนิด ถ้าลำดับฐานข้อมูล ความเหมือนกับโปรตีนต่ำเกินไป ต้องลำดับเปปไทด์ อีกครั้ง ,การตีความ MS / MS สเปกตรัมทั้งด้วยตนเองหรือโดยเครื่องมือคอมพิวเตอร์ช่วย ( เชฟเชนโก้วิล์& Mann , ,
, 1997 )