abstractThe “5′ end mRNA artifact”

abstract
The “5′ end mRNA artifact” issue refers to the incorrect assignment of the first AUG codon in an mRNA, due to
the incomplete determination of its 5′ end sequence. We performed a systematic identification of coding regions
at the 5′ end of all human known mRNAs, using an automated expressed sequence tag (EST)-based approach.
Following parsing of more than 7 million BLAT alignments, we found 477 human loci, out of 18,665 analyzed,
in which an extension of the mRNA 5′ coding region was identified. Proof-of-concept confirmation was obtained
by in vitro cloning and sequencing for GNB2L1, QARS and TDP2 cDNAs, and the consequences for the functional
studies of these loci are discussed. We also generated a list of 20,775 human mRNAs where the presence of an
in-frame stop codon upstream of the known start codon indicates completeness of the coding sequence at 5′
in the current form.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อปัญหา "5′ สิ้นสุดสิ่งประดิษฐ์ mRNA" หมายถึงการกำหนดรหัสพันธุกรรมแรก aug ใน mRNA ผิด ไม่ถูกต้องเนื่องความมุ่งมั่นที่ไม่สมบูรณ์ของลำดับสุดท้ายของ 5′ เราทำระบบระบุรหัสภูมิภาคจบ 5′ mRNAs รู้จักมนุษย์ทั้งหมด ใช้การอัตโนมัติแสดงลำดับแท็ก (EST) -ใช้วิธีการต่อแยกของจัดแนวกว่า 7 ล้าน BLAT เราพบ 477 loci มนุษย์ จาก 18,665 วิเคราะห์ซึ่งมีระบุส่วนขยายของ 5′ mRNA รหัสภูมิภาค ยืนยันหลักฐานของแนวคิดได้รับโดยในโคลน และลำดับเบส cDNAs GNB2L1, QARS และ TDP2 และผลกระทบในการทำงานศึกษา loci เหล่านี้จะกล่าวถึง นอกจากนี้เรายังสร้างรายการของ mRNAs 20,775 มนุษย์ซึ่งก็มีหยุดในเฟรมรหัสพันธุกรรมต้นน้ำของรหัสพันธุกรรมเริ่มต้นรู้จักบ่งชี้ความสมบูรณ์ของรหัสลำดับที่ 5′ในแบบฟอร์มปัจจุบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นามธรรมว่า "5 'ปลาย mRNA สิ่งประดิษฐ์" ปัญหาหมายถึงการกำหนดไม่ถูกต้องของ codon สิงหาคมแรกใน mRNA ที่เกิดจากการตัดสินใจที่ไม่สมบูรณ์5 ของ' ปลายลำดับ เราดำเนินการระบุระบบการเข้ารหัสภูมิภาคที่ปลาย 5 'ของมนุษย์ที่รู้จักกันทั้งหมด mRNAs โดยใช้แท็กแสดงลำดับอัตโนมัติ (EST) วิธีชั่น. หลังจากแยกกว่า 7 ล้านบาทการจัดแนวทิเราพบ 477 ตำแหน่งของมนุษย์ออกมาจาก 18665 วิเคราะห์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของภูมิภาคmRNA 5 'การเข้ารหัสที่ถูกระบุ ยืนยันหลักฐานของแนวคิดที่ได้รับโดยในหลอดทดลองโคลนและลำดับสำหรับ GNB2L1, QARS และ cDNAs TDP2 และผลที่ตามมาสำหรับการทำงานการศึกษาตำแหน่งเหล่านี้จะกล่าวถึง นอกจากนี้เรายังสร้างรายการ 20,775 mRNAs ของมนุษย์ที่การปรากฏตัวของหยุดในกรอบcodon ต้นน้ำของ codon เริ่มต้นเป็นที่รู้จักกันบ่งบอกถึงความสมบูรณ์ของการเข้ารหัสลำดับที่ 5 'ในรูปแบบปัจจุบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
" 5 ดูแลสิ้นสุดของสิ่งประดิษฐ์ " ปัญหา หมายถึง งานที่ไม่ถูกต้องของรหัสพันธุกรรมใน mRNA เพื่อแรกเนื่องจาก
กำหนดสมบูรณ์ของ MBC จบ 5 ลำดับ เราได้ทำการกำหนดระบบรหัสภูมิภาค
ที่ 5 สุดท้ายของมนุษย์ทุกคนนั้นรู้จักรหัสโดยใช้แท็กอัตโนมัติแสดงลำดับ ( EST ) - ตามวิธีการ ดังต่อไปนี้
แจงกว่า 7 ล้านบาท การ blat ,เราพบ 477 มนุษย์ตำแหน่ง จาก 18665 วิเคราะห์
ที่ขยายของเขต 5 ได้รับรหัสที่ระบุ หลักฐานยืนยันแนวคิดได้
โดยในหลอดทดลองการโคลนและการจัดลำดับสำหรับ gnb2l1 qars tdp2 , และ cdnas และผลที่ตามมาสำหรับการศึกษาการทำงาน
loci เหล่านี้กล่าวถึง นอกจากนี้เรายังสร้างรายชื่อ 20775 มนุษย์รหัสซึ่งการปรากฏตัวของ
ในกรอบของรหัสหยุด upstream รู้จักรหัสพันธุกรรมเริ่มต้นบ่งชี้ความสมบูรณ์ของรหัสลำดับที่ 5 นั้น
ในรูปแบบปัจจุบัน