Estimations of RNA abundance and DN

Estimations of RNA abundance and DNA methylation by quantitative PCR (qPCR) from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens are not yet routine in clinical laboratory practice. Excluding specimens with poorly preserved nucleic acids is an important quality-control step for avoiding unreliable results. Because the assays for RNA abundance and DNA methylation have different critical limiting factors, we examined the extent of overlap of excluded specimens for RNA abundance versus methylated DNA. The transcript abundance of three reference genes and of the test gene, estrogen receptor 1 (ESR1), was estimated by SYBR Green qPCR in 250 breast cancer specimens. The estrogen receptor (ER) protein was identified by IHC, and concordance between ESR1 and ER was estimated by Cohen’s κ. TaqMan PCR for the ALU-C4 sequence was performed with bisulfite-treated DNA to determine usability in the MethyLight assay. Excluding specimens with mean reference gene CT values exceeding the group mean by >1 SD led to significant improvement of the concordance of ESR1 and ER. Specimens with usable DNA after bisulfite treatment likewise had ALU-C4 CT values of less than the group mean + 1 SD. Samples with low-quality RNA and DNA were partly nonoverlapping. RNA and DNA extracted from the same FFPE block need separate exclusion criteria for qPCR assays of transcript abundance and methylated DNA.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ประเมินความอุดมสมบูรณ์ของ RNA และปรับ โดยเชิงปริมาณ PCR (qPCR) จากตัวอย่างเนื้อเยื่อ (FFPE) คง formalin พาราฟินที่ฝังตัวไม่ได้ยังประจำในห้องทดลองทางคลินิก ไม่รวมตัวกับไม่รักษากรดนิวคลีอิกเป็นขั้นตอนควบคุมคุณภาพสำคัญเพื่อหลีกเลี่ยงผลลัพธ์ที่ไม่น่าเชื่อถือ เพราะ assays RNA มากมายและปรับมีปัจจัยจำกัดที่สำคัญแตกต่างกัน เราตรวจสอบขอบเขตของการทับซ้อนของตัวอย่างที่แยกสำหรับความอุดมสมบูรณ์ของ RNA และ methylated DNA ประเมินความอุดมสมบูรณ์รายละเอียด ของยีนสามอ้างอิง และทดสอบ ยีน รับสโตรเจน 1 (ESR1), โดย qPCR SYBR Green ในอย่างมะเร็งเต้านม 250 พบโปรตีนตัวรับ (ER) สโตรเจน โดย IHC และสอดคล้องระหว่าง ESR1 และ ER ประเมิน โดยของโคเฮนสภาพκการทำ PCR TaqMan สำหรับลำดับ ALU C4 กับไบซัลไฟต์ที่ได้รับดีเอ็นเอเพื่อตรวจสอบการใช้งานในการทดสอบ MethyLight รวมตัวอย่างอ้างอิงหมายถึงยีน CT ค่าเกินกลุ่มความหมายโดย > 1 SD ที่นำไปสู่การปรับปรุงที่สำคัญความสอดคล้องของ ESR1 และ ER ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สามารถใช้งานได้หลังจากรักษาไบซัลไฟต์เช่นเดียวกันมี CT ALU C4 ค่าน้อยกว่าค่าเฉลี่ยกลุ่ม + 1 แอพเดียวอย่าง มีคุณภาพต่ำ RNA และ DNA ถูกขนานบางส่วน RNA และ DNA ที่สกัดจากบล็อก FFPE เดียวกันต้องแยกแยกเกณฑ์ assays qPCR การบันทึกมากมาย และ methylated ดีเอ็นเอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประมาณการของความอุดมสมบูรณ์ RNA และ DNA methylation โดยปริมาณ PCR (qPCR) จากฟอร์มาล​​ินคงพาราฟินฝังตัว (FFPE) ตัวอย่างเนื้อเยื่อยังไม่ได้ในการปฏิบัติกิจวัตรประจำห้องปฏิบัติการทางคลินิก ไม่รวมตัวอย่างกับกรดนิวคลีอิกรักษาคุณภาพเป็นขั้นตอนการควบคุมคุณภาพที่สำคัญสำหรับการหลีกเลี่ยงผลที่ไม่น่าเชื่อถือ เพราะการตรวจเพื่อความอุดมสมบูรณ์ RNA และ DNA methylation มีปัจจัย จำกัด ที่สำคัญที่แตกต่างกันเราตรวจสอบขอบเขตของการทับซ้อนของตัวอย่างการยกเว้นสำหรับ RNA อุดมสมบูรณ์เมื่อเทียบกับดีเอ็นเอแอลกอฮอล์ ความอุดมสมบูรณ์ของหลักฐานอ้างอิงสามยีนและยีนทดสอบรับฮอร์โมนที่ 1 (ESR1) ได้รับการประเมินโดย SYBR สีเขียว qPCR ใน 250 ตัวอย่างโรคมะเร็งเต้านม รับสโตรเจน (ER) โปรตีนที่ถูกระบุโดย IHC และสอดคล้องระหว่าง ESR1 และ ER ได้รับการประเมินโดยκโคเฮน TaqMan PCR สำหรับลำดับ Alu-C4 ได้ดำเนินการกับดีเอ็นเอ bisulfite รับการรักษาเพื่อตรวจสอบการใช้งานในการทดสอบ MethyLight ไม่รวมตัวอย่างที่มีค่าเฉลี่ย CT อ้างอิงยีนเกินกลุ่มหมายถึงโดย> 1 SD นำไปสู่​​การปรับปรุงที่สำคัญของความสอดคล้องของ ESR1 และเอ่อ ตัวอย่างที่มีดีเอ็นเอที่ใช้งานได้หลังการรักษา bisulfite ในทำนองเดียวกันมีค่า Alu-C4 CT น้อยกว่ากลุ่มที่หมายถึง +1 SD ตัวอย่างที่มีอาร์เอ็นเอที่มีคุณภาพต่ำและ DNA เป็นส่วนหนึ่ง nonoverlapping RNA และ DNA ที่สกัดจากบล็อก FFPE เดียวกันต้องเกณฑ์การยกเว้นที่แยกต่างหากสำหรับการตรวจ qPCR หลักฐานของความอุดมสมบูรณ์และ DNA แอลกอฮอล์