Identification of PPARγ super-enhan

Identification of PPARγ super-enhancers
For identification of PPARγ super-enhancers individual PPARγ peaks were stitched
together if they were within 12,500 bp, as previously described (Whyte et al. 2013).
Sequence tag information for MED1 and input control were obtained in a window
corresponding to the stitched PPARγ peak region. All identified PPARγ regions were
then ranked according to increasing total MED1 ChIP-seq signal (with subtraction of
input) in the given regions. Regions with more than 200 input-subtracted MED1
ChIP-seq tags per 10 M total reads in two independent MED1 ChIP-seq replicates
were regarded as PPARγ super-enhancers. In total, 1,212 PPARγ super-enhancers

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัส PPARγ ซุปเปอร์เพิ่มรหัส PPARγ PPARγ ซุปเปอร์เพิ่มแต่ละยอดได้เย็บกันอยู่ภายใน 12,500 bp อธิบายไว้ก่อนหน้านี้เป็น (คัดสรร et al. 2013)ข้อมูลป้ายลำดับ MED1 และสัญญาณควบคุมที่ได้รับในหน้าต่างที่สอดคล้องกับภูมิภาค stitched PPARγ สูงสุด ภูมิภาค PPARγ ทั้งหมดที่ระบุได้แล้ว การจัดอันดับตามการเพิ่มสัญญาณ MED1 ชิลำดับรวมกับลบของป้อนข้อมูล) ในขอบเขตที่กำหนด ภูมิภาคที่ มีมากกว่า 200 ลบป้อน MED1อ่านในสองอิสระ MED1 ชิลำดับเหมือนกับรวมแท็กชิลำดับต่อ 10 Mก็ถือเป็นซูเปอร์เพิ่มการ PPARγ รวม 1,212 PPARγ ซุปเปอร์เพิ่ม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของPPARγเพิ่มซุปเปอร์
สำหรับบัตรประจำตัวของPPARγเพิ่มยอดซุปเปอร์PPARγบุคคลที่ถูกเย็บ
เข้าด้วยกันถ้าพวกเขาภายใน 12,500 bp ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (ไวท์ et al. 2013).
ข้อมูลของแท็กลำดับสำหรับ MED1 และการควบคุมการป้อนข้อมูลที่ได้รับในหน้าต่าง
ที่สอดคล้องกับภูมิภาคสูงสุดPPARγเย็บ ทุกภูมิภาคระบุPPARγถูก
จัดอันดับแล้วตามที่เพิ่มขึ้นรวม MED1 ชิป seq สัญญาณ (ที่มีการลบของ
การป้อนข้อมูล) ในภูมิภาคที่ได้รับ ภูมิภาคที่มีมากกว่า 200 อินพุตหัก MED1
แท็กชิปหมายเลขละ 10 M รวมอ่านในสองซ้ำอิสระ MED1 ชิป seq
ถูกมองว่าเป็นPPARγเพิ่มซุปเปอร์ ทั้งหมด 1,212 PPARγเพิ่มซุปเปอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ ppar γซูเปอร์ enhancers
สำหรับการ ppar γซูเปอร์ enhancers บุคคล ppar γยอดถูกเย็บ
ด้วยกัน ถ้าพวกเขาภายใน 12 , 500 BP , ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( Whyte et al . 2013 .
ลำดับแท็กข้อมูล med1 และควบคุมข้อมูลได้ในหน้าต่าง
ที่เย็บ ppar γสูงสุดในภูมิภาค ทั้งหมดที่ระบุ ppar γเขต
แล้วจัดอันดับตามการรวมชิป med1 seq สัญญาณ ( กับการลบ
input ) ในภูมิภาคที่ได้รับ ภูมิภาคที่มีมากกว่า 200 ใส่หักออก med1
ชิป seq แท็กต่อ 10 M ทั้งหมดอ่านในอิสระ 2 med1 ชิป seq ซ้ำ
ถือว่า ppar γซูเปอร์ enhancers . ทั้งหมด 1212 ppar enhancers γซูเปอร์