BioinformaticsPhylogeneticsPhylogen

Bioinformatics
Phylogenetics
Phylogenetic analyses of the bioinformatically recovered
transcripts were performed to allow reconstruction of the
molecular evolutionary history of each toxin type. Toxin
sequences were identified by comparison of the translated
DNA sequences with previously characterised toxins using a
BLAST search (Altschul et al. 1997) of the UniProtKB
protein database. Molecular phylogenetic analyses of toxin
transcripts were conducted using the translated amino acid
sequences. Comparative sequences from physiological gene
homologues identified from non-venom tissues were included
in each dataset as outgroup sequences. To minimize
confusion, all sequences obtained in this study are referred
by their Genbank accession numbers (http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/sites/entrez?db=Nucleotide) and sequences from
previous studies are labelled with their UniProtKB accession
numbers (http://www.expasy.org/cgi-bin/sprot-search-ful).
Resultant sequence sets were aligned using CLC Mainbench.
When presented as sequence alignments, the leader sequence
(as identified through use of SignalP) is shown in lowercase
and cysteines are highlighted in black. [ and indicate
incomplete N/50 or C/30 ends, respectively. Datasets were
analysed using Bayesian inference implemented onMrBayes,
version 3.0b4 (Ronquist and Huelsenbeck 2003). Two different
run conditions were used to test for congruence: lset
rates = invgamma with prset aamodelpr = fixed (WAG)
and lset rates = gamma with prset aamodelpr = mixed. The
analysis was performed by running a minimum of 1 9 107
generations in four chains, and saving every 100th tree. The
log-likelihood score of each saved tree was plotted against
the number of generations to establish the point at which the
log-likelihood scores reached their asymptote, and the posterior
probabilities for clades established by constructing a
majority-rule consensus tree for all trees generated after
completion of the burn-in phase. Trees shown are invgamma
with WAG, which are identical in topology to gamma with

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Bioinformaticsวงศ์วานวิวัฒนาการวิเคราะห์ phylogenetic ของ bioinformatically การกู้คืนดำเนินให้ฟื้นฟูของใบแสดงผลการประวัติวิวัฒนาการระดับโมเลกุลของสารพิษแต่ละชนิด สารพิษระบุลำดับ โดยเปรียบเทียบของการแปลลำดับดีเอ็นเอ ด้วยก่อนหน้านี้โรคสารพิษโดยใช้การค้นหาระเบิด (Altschul et al. 1997) ของ UniProtKBโปรตีนแล้ว วิเคราะห์ phylogenetic โมเลกุลของสารพิษใบแสดงผลได้ดำเนินการใช้กรดอะมิโนแปลลำดับนั้น ลำดับเปรียบเทียบจากยีนสรีรวิทยาhomologues ที่ระบุจากเนื้อเยื่อพิษไม่ถูกรวมในแต่ละชุดข้อมูลเป็น outgroup ลำดับ เพื่อลดสับสน ลำดับที่ได้รับในการศึกษานี้ทั้งหมดเรียกว่าโดยหมายเลขทะเบียนของ Genbank (http://www.ncbi.nlmnih.gov/sites/entrez?db=Nucleotide) และลำดับที่จากการศึกษาก่อนหน้านี้ที่มัน มีทะเบียน UniProtKB ของพวกเขาหมายเลข (http://www.expasy.org/cgi-bin/sprot-search-ful)ลำดับผลแก่ชุดที่จัดใช้ CLC Mainbenchเมื่อแสดงเป็นการจัดแนวลำดับ ลำดับผู้นำ(ตามที่ระบุ โดยใช้ SignalP) จะแสดงตัวพิมพ์เล็กและ cysteines จะถูกเน้นสีดำ [และ ระบุสมบูรณ์ N/50 หรือ C/30 จบ ตามลำดับ มี Datasetsใช้ทฤษฎีข้อดำเนินการ onMrBayes, analysedรุ่น 3.0b4 (Ronquist และ Huelsenbeck 2003) สองแตกต่างกันเรียกใช้ใช้เงื่อนไขการทดสอบลงตัว: lsetราคาพิเศษ = invgamma กับ prset aamodelpr =คง (WAG)และราคา lset =แกมมากับ prset aamodelpr =ผสม ที่ทำการวิเคราะห์ โดยการทำงานอย่างน้อย 1 9 107รุ่นโซ่ 4 และ บันทึกแผนภูมิทุก 100 ที่คะแนนบันทึกความเป็นไปได้ของแผนภูมิแต่ละบันทึกถูกพล็อตกับหมายเลขรุ่นเพื่อกำหนดจุดที่จะคะแนนโอกาสล็อกถึง asymptote ของพวกเขา และหลังกิจกรรมสำหรับ clades ก่อตั้งขึ้น โดยสร้างเป็นแผนภูมิส่วนใหญ่กฎมติสำหรับต้นไม้ทั้งหมดที่สร้างขึ้นหลังจากเสร็จสิ้นขั้นตอนการเขียนใน ต้นไม้ที่แสดงเป็น invgammaมี WAG ซึ่งจะเหมือนกันในโทโพโลยีแกมมาด้วย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชีวสารสนเทศศาสตร์
Phylogenetics
Phylogenetic วิเคราะห์หาย bioinformatically
จิตบำบัดได้ดำเนินการเพื่อให้การฟื้นฟู
ประวัติศาสตร์วิวัฒนาการโมเลกุลของแต่ละประเภทสารพิษ พิษ
ลำดับถูกระบุโดยเปรียบเทียบของการแปล
ลำดับดีเอ็นเอที่มีสารพิษที่โดดเด่นก่อนหน้านี้ใช้
ค้นหาระเบิด (Altschul et al. 1997) ของ UniProtKB
ฐานข้อมูลโปรตีน การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการระดับโมเลกุลของสารพิษ
จิตบำบัดได้รับการดำเนินการโดยใช้กรดอะมิโนแปล
ลำดับ ลำดับเปรียบเทียบจากยีนสรีรวิทยา
homologues ระบุจากเนื้อเยื่อที่ไม่พิษถูกรวม
ในแต่ละชุดเป็นลำดับ outgroup เพื่อลด
ความสับสนลำดับทั้งหมดที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้จะเรียก
โดยหมายเลขภาคยานุวัติของพวกเขา Genbank (http:. //www.ncbi.nlm
nih.gov/sites/entrez?db=Nucleotide) และลำดับจาก
การศึกษาก่อนหน้าที่ถูกกำกับด้วย UniProtKB ของพวกเขา ภาคยานุวัติ
ตัวเลข (http://www.expasy.org/cgi-bin/sprot-search-ful).
ชุดลำดับ Resultant ถูกจัดชิดโดยใช้ CLC Mainbench.
เมื่อนำเสนอเป็นลำดับการจัดแนวลำดับผู้นำ
(ตามที่ระบุผ่านการใช้ SignalP) ที่ปรากฏอยู่ในตัวพิมพ์เล็ก
และ cysteines เป็นไฮไลต์ในสีดำ [และ บ่งบอกถึงความ
ไม่สมบูรณ์ไม่มีข้อความ / 50 หรือ C / 30 ปลายตามลำดับ ชุดข้อมูลที่ถูก
วิเคราะห์โดยใช้การอนุมานแบบเบย์ดำเนินการ onMrBayes,
รุ่น 3.0b4 (Ronquist และ Huelsenbeck 2003) ที่แตกต่างกันสอง
เงื่อนไขการทำงานถูกนำมาใช้เพื่อทดสอบความสอดคล้องกัน: LSet
อัตรา = invgamma กับ prset aamodelpr = คงที่ (WAG)
และอัตราการ LSet = แกมมากับ aamodelpr prset = ผสม
การวิเคราะห์ที่ได้ดำเนินการโดยการทำงานอย่างน้อย 1 9 107
รุ่นในสี่โซ่และประหยัดต้นไม้ทุกต้น 100
คะแนนเข้าสู่ระบบน่าจะเป็นของต้นไม้แต่ละต้นได้รับการบันทึกไว้ในพล็อตกับ
จำนวนของคนรุ่นที่จะสร้างจุดที่
คะแนนเข้าสู่ระบบน่าจะเป็นถึงเส้นกำกับของพวกเขาและหลัง
น่าจะเป็นสำหรับ clades ที่จัดตั้งขึ้นโดยการสร้าง
ส่วนใหญ่กฎต้นไม้ฉันทามติสำหรับต้นไม้ทั้งหมดที่สร้าง หลังจาก
เสร็จสิ้นการขั้นตอนการเผาไหม้ใน ต้นไม้ที่แสดงเป็น invgamma
กับ WAG ซึ่งเป็นเหมือนกันในโครงสร้างที่จะแกมมาด้วย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชีวสารสนเทศศาสตร์

ไฟโลเจเนติก ซึ่งการวิเคราะห์ bioinformatically หาย
transcripts ได้อนุญาตให้ฟื้นฟู
ประวัติวิวัฒนาการโมเลกุลของสารพิษแต่ละชนิด สารพิษ
ลำดับถูกระบุโดยการเปรียบเทียบการแปล
ลำดับดีเอ็นเอด้วยก่อนหน้านี้ภาวะสารพิษโดยใช้
ระเบิดค้นหา ( แอลเชิล et al . 1997 ) ของ uniprotkb
โปรตีนกับฐานข้อมูลโมเลกุล ซึ่งการวิเคราะห์สารพิษ
ใบการใช้กรดอะมิโน
แปลดังนี้ การเปรียบเทียบลำดับยีนจากพืชปลอดพิษ
ในระบุจากเนื้อเยื่อที่ใช้ในชุดข้อมูลเป็นลำดับ
แต่ละกลุ่ม . เพื่อลด
ความสับสน ลำดับโปรตีนนี้จะเรียกว่า
โดยตัวเลขการพบของพวกเขา ( http : / / www.ncbi . nlm .
NIH ./ entrez เว็บไซต์ gov / ? DB = เบส ) และลำดับจาก
การศึกษาก่อนหน้านี้มีข้อความที่มีตัวเลขเพิ่มขึ้น
uniprotkb ( http : / / www.expasy . org / cgi bin / sprot ค้นหา ful ) .
ชุดลำดับผลชิดใช้ clc mainbench .
เมื่อเสนอเป็นลำดับสอง ผู้นำลำดับ
( ตามที่ระบุโดยการใช้ signalp ) แสดงและในตัวพิมพ์เล็ก
cysteines จะเน้นสีดำ[ และแสดงไม่ครบ n /
c / 50 หรือ 30 ปลาย ตามลำดับ ข้อมูลถูกวิเคราะห์โดยใช้คชกรรมการอนุมานที่ใช้ onmrbayes

3.0b4 , รุ่น ( ronquist และ huelsenbeck 2003 ) สองเงื่อนไขที่เรียกแตกต่างกัน
ถูกใช้เพื่อทดสอบความสอดคล้อง : lset
ราคา = invgamma กับ prset aamodelpr = คงที่ ( สั่น )
lset และอัตรา = แกมมากับ prset aamodelpr = ผสม
วิเคราะห์ข้อมูลโดยการใช้ขั้นต่ำ 1
9 107 รุ่น ใน 4 กลุ่ม และบันทึกต้นไม้ 100 ทุก
โอกาสบันทึกคะแนนของแต่ละบันทึกต้นไม้กำลังงัดข้อกับ
จำนวนรุ่นที่จะสร้างจุดที่
บันทึกโอกาสคะแนนถึงมูลฐาน และความน่าจะเป็นของ
สำหรับ clades โดยสร้าง
ตั้งขึ้นกฎส่วนใหญ่ฉันทามติต้นไม้ต้นไม้ทั้งหมดสร้างหลังจาก
เสร็จสิ้นการเขียนในเฟส ต้นไม้ที่แสดง invgamma
กับสั่น ซึ่งจะเหมือนกันกับแบบการแกมมา