2.5. Variation scores and host-spec

2.5. Variation scores and host-specific amino acid residues in primer sequences

One of the concerns of designing primers targeting the AIV is unexpected point mutations, which could cause non-specific PCR amplification (i.e., false positives or negatives) and reduce sensitivity. Thus, the degree of variation at each nucleotide was further investigated; this process was conducted through the Analyze Sequence Variation (SNP) analysis of IRD using 80 H3N8 EIV and CIV sequences. In this approach, the least polymorphic (conserved) site was scored as 0, whereas the most variable site was marked as 200 (i.e., four nucleotides with 25% frequency each) ( Squires et al., 2012). Further, to characterize the properties of each primer sequence, annotations of the functional domains for the host-specific signatures were investigated through recent studies: Hu et al. (2014), Naffakh et al. (2008), and Chen et al. (2006).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.5 การคะแนนเปลี่ยนแปลงและตกค้างโฮสต์เฉพาะกรดอะมิโนในลำดับรองพื้นเรื่องการออกแบบไพรเมอร์ AIV การกำหนดเป้าหมายอย่างใดอย่างหนึ่งคือพันธุ์จุดไม่คาดคิด อาจทำให้ไม่ใช่เฉพาะปลัก (เช่น positives เท็จหรือเชิงลบ) และลดความไว ดังนั้น ระดับของการเปลี่ยนแปลงในแต่ละนิวคลีโอไทด์ถูกตรวจเพิ่มเติม ดำเนินการกระบวนการนี้ผ่านการวิเคราะห์วิเคราะห์ลำดับการเปลี่ยนแปลง (SNP) ของ IRD โดยใช้ลำดับ H3N8 EIV และ CIV 80 ในวิธีการนี้ ไซต์ (เมืองเก่า) polymorphic น้อยได้คะแนนเป็น 0 ในขณะที่การแปรมากที่สุดถูกทำเครื่องหมายเป็น 200 (เช่น สี่นิวคลีโอไทด์ มี 25% ความถี่แต่ละ) (สไควร์ et al. 2012) ตรวจเพิ่มเติม การอธิบายลักษณะคุณสมบัติของแต่ละลำดับรองพื้น คำอธิบายของโดเมนใช้สำหรับลายเซ็นเฉพาะสำหรับโฮสต์ได้ผ่านการศึกษาล่าสุด: Hu et al. (2014), Naffakh et al. (2008), และ Chen et al. (2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.5 คะแนนการเปลี่ยนแปลงและโฮสต์เฉพาะกรดอะมิโนในลำดับไพรเมอร์หนึ่งในความกังวลของการออกแบบไพรเมอร์ที่กำหนดเป้าหมายใน AIV คือการกลายพันธุ์จุดที่ไม่คาดคิดซึ่งอาจก่อให้เกิดความไม่เฉพาะเจาะจงขยาย PCR (เช่นบวกเท็จหรือเชิงลบ) และลดความไว ดังนั้นระดับของการเปลี่ยนแปลงในแต่ละเบื่อหน่ายที่ถูกสอบสวนต่อไป; กระบวนการนี้จะดำเนินการผ่านการวิเคราะห์ลำดับวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลง (SNP) ของ IRD ใช้ 80 H3N8 EIV และ CIV ลำดับ ในวิธีการนี้ polymorphic (อนุรักษ์) เว็บไซต์อย่างน้อยก็คะแนนเป็น 0 ในขณะที่เว็บไซต์ของตัวแปรมากที่สุดคือการทำเครื่องหมายเป็น 200 (เช่นสี่นิวคลีโอที่มีความถี่ 25% ในแต่ละ) (สไควร์ et al., 2012) นอกจากนี้จะอธิบายลักษณะคุณสมบัติของแต่ละลำดับไพรเมอร์, คำอธิบายประกอบของโดเมนการทำงานสำหรับลายเซ็นเฉพาะสำหรับโฮสต์ถูกตรวจสอบผ่านการศึกษาล่าสุด: Hu et al, (2014) Naffakh et al, (2008) และเฉิน, et al (2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.5 คะแนนความแตกต่างและโฮสต์ที่เฉพาะเจาะจงในลำดับกรดอะมิโนและไพรเมอร์หนึ่งในความกังวลของการออกแบบไพรเมอร์เป้าหมาย aiv คือการกลายพันธุ์เฉพาะจุดที่ไม่คาดคิด ซึ่งอาจทำให้เชื้อเพิ่มจำนวน ( เช่น บวกเท็จหรือลบ ) และลดความไว ดังนั้น ระดับของการเปลี่ยนแปลงในแต่ละนิวคลีโอไทด์ถูกสอบสวนต่อไป กระบวนการนี้ดำเนินการผ่านการวิเคราะห์ลำดับความผันแปร ( SNP ) การวิเคราะห์ของ IRD ใช้ 80 ดังกล่าว eiv วิชาวัฒนธรรมและลำดับ ในวิธีนี้ , ที่มีอย่างน้อย ( อนุรักษ์ ) เว็บไซต์ได้รับคะแนนเป็น 0 ในขณะที่เว็บไซต์ตัวแปรส่วนใหญ่ที่ถูกทำเครื่องหมายเป็น 200 ( คือสี่คู่กับความถี่ 25 % ในแต่ละ ) ( ควเรส et al . , 2012 ) เพิ่มเติม เพื่อวิเคราะห์คุณสมบัติของรองพื้นแต่ละลำดับการจัดการของโดเมนเพื่อการทำงานลายเซ็นเฉพาะโฮสต์ได้ผ่านการศึกษาล่าสุด : Hu et al . ( 2014 ) , naffakh et al . ( 2008 ) , และ Chen et al . ( 2006 )