AbstractTyrosyl-DNA phosphodiestera

Abstract
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (Tdp1) promotes catalytic scission of a phosphodiester bond between the 3'-end of DNA and the hydroxyl group of a tyrosine residue as well as cleaving off a variety of other 3'-terminal phosphate-linked DNA substituents. We have shown recently that Tdp1 can initiate an apurinic/apyrimidinic (AP) site repair pathway that is independent from the one mediated by AP endonuclease 1 (APE1). Until recently, there was no method available of tracking the AP-site cleaving activity of Tdp1 by real-time fluorescence assay. In the present study we demonstrate a highly specific real-time detection of the AP-site cleaving activity of Tdp1 which allows one to distinguish it from the activity of APE1 by using a short hairpin oligonucleotide with a 1,12-dodecanediol loop, a 5'-fluorophore and a 3'-quencher. Specific phosphodiesterase activity of Tdp1 which is usually able to remove quencher from the 3'-end of DNA was suppressed in our approach by introducing a non-cleavable phosphate group mimic between the 3'-end and the quencher. As a non-digestible 3'-phosphate analogue we have used a new uncharged tetramethyl phosphoryl guanidine (Tmg) group, which is resistant to 3'-phosphodiesterase cleavage.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
phosphodiesterase Tyrosyl ดีเอ็นเอที่ 1 (Tdp1) ส่งเสริมเฉียบขาดเร่งปฏิกิริยาของพันธบัตร phosphodiester ระหว่าง 3- ท้ายของ DNA และกลุ่มไฮดรอกซิของสารตกค้างซายน์เช่นเดียวกับฝ่าออกความหลากหลายของอื่น ๆ 3'ขั้ว substituents ดีเอ็นเอฟอสเฟตที่เชื่อมโยง . เราได้แสดงให้เห็นเร็ว ๆ นี้ว่า Tdp1 สามารถเริ่มต้นการ apurinic / apyrimidinic (AP) เดินซ่อมแซมเว็บไซต์ที่เป็นอิสระจากผู้ไกล่เกลี่ยโดย AP endonuclease 1 (APE1) จนกระทั่งเมื่อเร็ว ๆ นี้ยังมีวิธีการที่ไม่สามารถใช้งานในการติดตามกิจกรรมฝ่า AP-เว็บไซต์ของ Tdp1 โดยเวลาจริงการทดสอบเรืองแสง ในการศึกษาที่เราแสดงให้เห็นถึงอย่างมากโดยเฉพาะการตรวจสอบเวลาจริงของกิจกรรมฝ่า AP-เว็บไซต์ของ Tdp1 หนึ่งที่ช่วยให้ความแตกต่างจากการทำงานของ APE1 โดยใช้ oligonucleotide กิ๊บสั้น ๆ ที่มีวง 1,12-dodecanediol, 5 '-fluorophore และ 3'-ดับ phosphodiesterase กิจกรรมที่เฉพาะเจาะจงของ Tdp1 ซึ่งมักจะสามารถลบดับจาก 3'-ท้ายของดีเอ็นเอถูกระงับในแนวทางของเราโดยการแนะนำกลุ่มฟอสเฟตที่ไม่เลียนแบบ cleavable ระหว่าง 3'-end และดับ ในฐานะที่เป็นที่ไม่ย่อยอนาล็อก 3'ฟอสเฟตที่เราได้ใช้ tetramethyl ประจุใหม่ guanidine phosphoryl (Tmg) กลุ่มซึ่งสามารถทนต่อความแตกแยก 3'-phosphodiesterase

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
tyrosyl ดีเอ็นเอ phosphodiesterase 1 ( tdp1 ) ส่งเสริมการการตัดของฟ โฟไดเ เตอร์ สายสัมพันธ์ระหว่าง 3 ' - สิ้นสุดของดีเอ็นเอ และหมู่ไฮดรอกซิลของกากแต่อย่างใด รวมทั้งสามารถออกความหลากหลายของอื่น ๆ 3 ' - สถานีเชื่อมโยงดีเอ็นเอหมู่ฟอสเฟต .เราได้แสดงเมื่อเร็ว ๆ นี้ว่า tdp1 สามารถเริ่มต้น apurinic / apyrimidinic ( AP ) เว็บไซต์ซ่อมแซมเส้นทางที่เป็นอิสระจากระดับหนึ่งโดยเอนโดนิวคลีเอสเอพี 1 ( ape1 ) จนกระทั่งเมื่อเร็ว ๆ นี้ มีวิธีการที่มีอยู่ของเว็บไซต์สามารถติดตามกิจกรรมของ tdp1 AP โดยวิธีฟลูออเรสเซนต์แบบเรียลไทม์ในการศึกษานี้เราแสดงให้เห็นถึงการตรวจสอบเรียลไทม์สูงเฉพาะของเว็บไซต์ AP สามารถกิจกรรม tdp1 ซึ่งช่วยให้หนึ่งที่จะแยกแยะได้จากกิจกรรมของ ape1 โดยใช้ ซึ่งกิ๊บสั้นกับ 1,12-dodecanediol ห่วง , 5 ' และ 3 ' - - fluorophore เร .เฉพาะ phosphodiesterase กิจกรรมของ tdp1 ซึ่งมักจะสามารถเอาเครื่องดื่มมีอัลกอฮอล์จาก 3 ' - สิ้นสุดของดีเอ็นเอถูกปราบปรามในแนวทาง โดยการไม่ cleavable เลียนแบบระหว่างกลุ่มฟอสเฟต 3 ' - สิ้นสุดและเร . เป็นองค์กรย่อย 3 - ฟอสเฟตแบบเราได้ใช้ใหม่ไม่มีประจุไฟฟ้าผลฟ ฟอริลกัวนิดีน ( tmg ) กลุ่มที่ป้องกัน 3 ' - การ phosphodiesterase .