PCR was performed in a 25 μl reacti

PCR was performed in a 25 μl reaction mixture following the protocol of Peng et al. [17], which contained PCR buffer (100 mM Tris–HCl pH 8.3), 1.5 mM MgCl2, 0.2 mMdNTP, 50 ng microsatellite markers, 1 U Taq polymerase and 50–100 ng template DNA. Amplification on PTC-100TM was carried out as follows: 3 min at 94 °C for denaturation, followed by 44 cycles of 1 min at 94 °C, 1 min at 60 °C, 2 min at 72 °C, 10 min at 72 °C for a final extension.

2.4 Denaturing polyacrylamide gel electrophoresis
The amplified DNA products were loaded on 6% denaturing polyacrylamide gels and separated by electrophoresis for 2 hours at 200 to 350 V. The banding patterns were visualized after the silver staining. The banding patterns on the gels were documented by photographing with a digital camera.

2.5 Data analysis
SSR markers are co-dominant, therefore, different bands under the same primer pairs represent different alleles at a particular locus. The banding patterns were scored as genotypes and represented by capital letters. The homozygous genotypes were recorded as AA, BB, or CC, and the heterozygous genotypes were recorded as AB, AC, BC, etc. The output of the scored banding patterns of all the Aegilops. tauschii accessions was transformed into a data matrix that was subjected to the analysis by the software package PopGene (ver. 1.31) [18]. The genetic similarity coefficient and Shannon index were analyzed. PIC = 1−Σpi2 was calculated to reflect polymorphism informative content (PIC) [19], where pi stands for the frequency of the ith allele at a particular SSR locus of the Aegilops tauschii accessions. An arbitrary standard based on the PIC value was set to determine genetic diversity: PIC value 0.50 as higher level of genetic diversity [20]. I = −Σpi ln pi was adopted to reflect Shannon index, where pi stands for the frequency of the ith allele at a particular SSR locus. Cluster analysis was conducted based on the matrix of similarity coefficients of genomic SSR in all the Aegilops tauschii accessions, using the sequential agglomerative hieratical nested cluster analysis (SAHN) and unweighted pair-group method arithmetic average (UPGMA) methods installed in the software package NTSYS-pc [21].

3 Results

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทำ PCR ในปฏิกิริยา 25 μl ต่อโพรโทคอลของ Peng et al. [17], ที่ประกอบด้วยบัฟเฟอร์ PCR (100 มม.ทริ – HCl pH 8.3), 1.5 มม. MgCl2, 0.2 mMdNTP, 50 ฉบับเมตตา 1 พอลิเมอเรส U Taq และ 50-100 ฉบับแม่แบบดีเอ็นเอ ขยายใน PTC 100TM ดำเนินการดังนี้: 3 นาทีที่ 94 ° C สำหรับ denaturation ตาม ด้วย 44 รอบ 1 นาทีที่ 94 ° C, 1 นาทีที่ 60 ° C, 2 นาทีที่อุณหภูมิ 72 ° C, 10 นาทีที่อุณหภูมิ 72 ° C สำหรับการขยายขั้นสุดท้าย2.4 denaturing polyacrylamide เจอิผลิตภัณฑ์ขยายดีเอ็นเอถูกโหลดบน 6% denaturing polyacrylamide gels และแยก โดยอิ 2 ชั่วโมงที่ 200 ถึง 350 V รูปแบบแถบได้มองเห็นหลังการย้อมสีเงิน ลายแถบบนเจได้รับการบันทึก โดยการถ่ายภาพด้วยกล้องดิจิตอล2.5 วิเคราะห์ข้อมูลเครื่องหมายยังคงอยู่ร่วมโดดเด่น ดัง วงแตกต่างกันภายใต้คู่สีเดียวกันเป็นตัวแทน alleles ที่แตกต่างกันที่โลกัสโพลที่เฉพาะ รูปแบบแถบถูกยิงเป็นไทป์ และแทน ด้วยตัวอักษรตัวใหญ่ พันธุ์หลักได้รับการบันทึก เป็น AA, BB, CC ไทป์ heterozygous ถูกบันทึก และ AB, AC, BC ฯลฯ การแสดงผลของรูปแบบแถบ scored ของ Aegilops ทั้งหมด tauschii accessions แปรสภาพเมทริกซ์ข้อมูลที่วิเคราะห์โดยแพคเกจซอฟต์แวร์ PopGene (เวอร์ชัน 1.31) [18] ภายใต้ การ ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทางพันธุกรรมและดัชนีแชนนอนได้วิเคราะห์ PIC = 1−Σpi2 คำนวณถึงโพลิมอร์ฟิซึมเนื้อหาข้อมูล (PIC) [19], ที่พี่หมายถึงความถี่ของอัลลีลระยะที่โลกัสโพลยังคงเป็นเฉพาะของ Aegilops tauschii accessions มาตรฐานกำหนดโดยใช้ PIC ค่าการตั้งค่าการตรวจสอบพันธุ: PIC ค่า < 0.25 คือเป็นระดับที่ต่ำกว่าของพันธุ PIC > 0.50 เป็นระดับของความหลากหลายทางพันธุกรรม [20] ฉัน = −Σpi นำปี่ ln ถึงดัชนีแชนนอน ที่พี่หมายถึงความถี่ของอัลลีลระยะที่โลกัสโพลยังคงเป็นเฉพาะ การวิเคราะห์คลัสเตอร์ดำเนินตามในเมทริกซ์ของสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงของการยังคงในทั้งหมดที่ Aegilops tauschii accessions ใช้การวิเคราะห์คลัสเตอร์ hieratical agglomerative ลำดับซ้อนกัน (SAHN) และวิธี unweighted คู่กลุ่มค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA) วิธีติดตั้งแพคเกจซอฟต์แวร์ NTSYS-พี [21]ผลลัพธ์ 3

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

PCR ได้ดำเนินการในผสมปฏิกิริยา 25 ไมโครลิตรต่อไปนี้โปรโตคอลของเป็งและอัล [17] ซึ่งประกอบด้วยกันชน PCR (100 มิลลิ Tris-HCl pH 8.3) 1.5 มิลลิ MgCl2 0.2 mMdNTP 50 นาโนกรัมเครื่องหมายไมโคร 1 U โพลิเมอร์ Taq และ 50-100 นาโนดีเอ็นเอแม่แบบ ขยายใน PTC-100TM ได้ดำเนินการดังต่อไปนี้: 3 นาทีที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลาสูญเสียสภาพธรรมชาติตามด้วย 44 รอบ 1 นาทีที่ 94 องศาเซลเซียส 1 นาทีที่ 60 องศาเซลเซียส 2 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาทีที่ 72 ° C เป็นส่วนขยายสุดท้าย. 2.4 denaturing ข่าวคราว polyacrylamide ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอขยายถูกโหลดในวันที่ 6% denaturing เจลอะคริเลตและแยกจากกันโดยอิเล็ก 2 ชั่วโมงที่ 200-350 โวลต์รูปแบบแถบถูกมองเห็นหลังจากการย้อมสีเงิน รูปแบบการรวมตัวในเจลได้รับการรับรองโดยการถ่ายภาพด้วยกล้องดิจิตอล. 2.5 การวิเคราะห์ข้อมูลเครื่องหมายSSR ร่วมที่โดดเด่นจึงวงดนตรีที่แตกต่างกันภายใต้คู่ไพรเมอร์เป็นตัวแทนของอัลลีลเดียวกับที่สถานที่ที่แตกต่างกันโดยเฉพาะอย่างยิ่ง รูปแบบแถบถูกยิงเป็นยีนและแทนด้วยตัวอักษร ยีน homozygous บันทึกเป็น AA, BB หรือ CC และยีน heterozygous บันทึกเป็น AB, AC, BC, ฯลฯ การส่งออกของรูปแบบการรวมตัวของทุกฝ่าย Aegilops ที่ สาย tauschii ก็กลายเป็นเมทริกซ์ข้อมูลที่ถูกยัดเยียดให้การวิเคราะห์โดยแพคเกจซอฟต์แวร์ PopGene นี้ (Ver. 1.31) [18] ค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมและดัชนีแชนนอนถูกนำมาวิเคราะห์ PIC = 1 Σpi2ที่คำนวณได้สะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างให้กับเนื้อหาข้อมูล (PIC) [19] ซึ่งปี่ย่อมาจากความถี่ของอัลลีล ith ในสถานที่ SSR โดยเฉพาะอย่างยิ่งของ Aegilops สาย tauschii มาตรฐานพลขึ้นอยู่กับค่า PIC ถูกกำหนดเพื่อตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรม: ค่า PIC <0.25 เป็นระดับที่ต่ำกว่าความหลากหลายทางพันธุกรรมและความคุ้มค่า PIC> 0.50 เป็นระดับที่สูงขึ้นของความหลากหลายทางพันธุกรรม [20] I = -Σpi LN ปี่ถูกนำมาใช้เพื่อให้สอดคล้องกับดัชนีแชนนอนที่ปี่ย่อมาจากความถี่ของอัลลีลที่ i ที่สถานที SSR โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การวิเคราะห์กลุ่มได้ดำเนินการบนพื้นฐานของเมทริกซ์ของสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันของ SSR จีโนมในทุก Aegilops สาย tauschii โดยใช้ลำดับ agglomerative วิเคราะห์ hieratical กลุ่มซ้อนกัน (ซาห์น) และชั่งคู่กลุ่มวิธีการทางคณิตศาสตร์เฉลี่ย (UPGMA) วิธีการติดตั้งอยู่ในแพคเกจซอฟต์แวร์ NTSYS -PC [21]. 3 ผลการ