Consecutive G·U base pairs inside R

Consecutive G·U base pairs inside RNA helices can be destabilizing, while those at the ends of helices are thermodynamically stabilizing. To determine if this paradox could be explained by differences in base stacking, we determined the high-resolution (1.32 Å) crystal structure of (5′-GGUGGCUGUU-3′)2 and studied three sequences with four consecutive terminal G·U pairs by NMR spectroscopy. In the crystal structure of (5′-GGUGGCUGUU-3′)2, the helix is overwound but retains the overall features of A-form RNA. The penultimate base steps at each end of the helix have high base overlap and contribute to the unexpectedly favorable energetic contribution for the 5′-GU-3′/3′-UG-5′ motif in this helix position. The balance of base stacking and helical twist contributes to the positional dependence of G·U pair stabilities. The energetic stabilities and similarity to A-form RNA helices suggest that consecutive G·U pairs would be recognized by RNA helix binding proteins, such as Dicer and Ago. Thus, these results will aid future searches for target sites of small RNAs in gene regulation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

G· ต่อเนื่อง สามารถจะ destabilizing U ฐานคู่ภายในอาร์เอ็นเอ helices ได้ ในขณะที่ลง helices เป็น stabilizing thermodynamically กำหนดถ้าปฏิทรรศน์นี้สามารถถูกอธิบาย โดยความแตกต่างในพื้นฐานซ้อน เรากำหนดความละเอียดสูง (1.32 Å) โครงสร้างผลึก (5′-GGUGGCUGUU-3′) 2 และศึกษาสามลำดับกับสี่ G· เทอร์มินัลที่ต่อเนื่อง คู่ยู โดย NMR ก ในโครงสร้างผลึกของ (5′-GGUGGCUGUU-3′) 2 เกลียวเป็น overwound แต่ยังคงลักษณะโดยรวมของอาร์เอ็นเอแบบฟอร์ม A ขั้นตอนพื้นฐาน penultimate ที่แต่ละปลายของเกลียวจะมีฐานซ้อนสูง และช่วยให้ผลมีพลังอันไม่คาดคิดสำหรับแปลน 5′-กู-3′/3′-ยูจี-5′ ในตำแหน่งนี้เกลียว งบดุลของฐานซ้อนและบิด helical อาศัยตำแหน่งของ G· หงิม ๆ U คู่ หงิม ๆ มีพลังและความคล้ายคลึงกันกับอาร์เอ็นเอฟอร์ม A helices แนะนำติดต่อกันที่ G· คู่ยูจะได้รับการรับรอง โดยอาร์เอ็นเอเกลียวผูกโปรตีน Dicer และที่ผ่านมา ดังนั้น ผลลัพธ์เหล่านี้จะช่วยค้นหาในอนาคตท่องเที่ยวเป้าหมายของ RNAs เล็กในยีนควบคุม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ติดต่อกันเป็น G ·ฐานคู่ U ภายในเอนริเก้อาร์เอ็นเอสามารถทำให้เกิดความวุ่นวายในขณะที่ผู้ที่ปลายของเอนริเก้จะ thermodynamically เสถียรภาพ เพื่อตรวจสอบว่าความขัดแย้งนี้อาจจะอธิบายได้ด้วยความแตกต่างในฐานซ้อนเรากำหนดความละเอียดสูง (1.32 Å) โครงสร้างผลึกของ (5'-GGUGGCUGUU-3) 2 และการศึกษาลำดับสามกับสี่ติดต่อกันขั้ว G ·คู่ U โดย NMR สเปกโทรสโก ในโครงสร้างผลึกของ (5'-GGUGGCUGUU-3) 2 ใบหูเป็น overwound แต่ยังคงรักษาคุณสมบัติโดยรวมของรูปแบบอาร์เอ็นเอ ขั้นตอนสุดท้ายฐานตอนท้ายของแต่ละเกลียวมีการทับซ้อนฐานที่สูงและนำไปสู่​​ผลงานที่ดีโดยไม่คาดคิดที่มีพลังสำหรับ 5'-GU-3 '/ 3- UG-5' บรรทัดฐานในตำแหน่งนี้เป็นเกลียว ความสมดุลของฐานซ้อนและบิดขดลวดก่อให้เกิดการพึ่งพาอาศัยตำแหน่งของ G ·คู่ U เสถียรภาพ เสถียรพลังและความคล้ายคลึงกันถึง A รูปแบบเอนริเก้อาร์เอ็นเอชี้ให้เห็นว่าจีติดต่อกัน·คู่ U จะได้รับการยอมรับจากเกลียวอาร์เอ็นเอโปรตีนเช่น Dicer และที่ผ่านมา ดังนั้นผลลัพธ์เหล่านี้จะช่วยให้การค้นหาในอนาคตสำหรับเว็บไซต์เป้าหมายของการ RNAs ขนาดเล็กในการควบคุมของยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ต่อด้วย U ฐานคู่ติดต่อกันภายใน helices RNA สามารถเปลี่ยนแปลง ในขณะที่ผู้ที่ปลาย helices เป็น thermodynamically คงที่ เพื่อตรวจสอบว่า ความขัดแย้งนี้สามารถอธิบายได้โดยความแตกต่างในฐานซ้อน เรากำหนดความละเอียดสูง ( 1.32 Å ) โครงสร้างผลึก ( 5 ’ - ’ gguggcuguu-3 ) 2 และเรียนสามลำดับสี่ติดต่อกันด้วยขั้ว G u คู่โดย NMR สเปกโทรสโกปีในโครงสร้างผลึก ( 5 ’ - ’ gguggcuguu-3 ) 2 , เกลียวเป็น overwound แต่ยังคงคุณสมบัติโดยรวมของ a-form RNA สุดท้าย ขั้นตอนที่แต่ละฐานปลายเป็นเกลียวซ้อนกันสูง และมีฐานสนับสนุนอันไม่คาดคิดขันบริจาค 5 ’ - ’ gu-3 / 3 ’ - ’ ug-5 โมทีฟในตำแหน่งนี้สิ่งที่เป็นเกลียวความสมดุลของฐานซ้อนและเกลียวบิดก่อให้เกิดการพึ่งพาอาศัยกันตำแหน่ง G ด้วย U คู่มั่นคง . ความคงตัวที่แข็งขัน และคล้ายคลึงกับ a-form RNA helices แนะนำว่า ติดต่อกันด้วย U G คู่จะได้รับการยอมรับโดย rna เกลียวผูกพันโปรตีน เช่น พระจริยวัตร และที่ผ่านมา ดังนั้น ผลลัพธ์เหล่านี้จะช่วยการค้นหาในอนาคต เป้าหมายของเว็บไซต์ RNAs ขนาดเล็กในการควบคุมของยีน