Pharmacoinformatics approaches are

Pharmacoinformatics approaches are widely used in the field of drug discovery as it saves time, invest-ment and animal sacrifice. In the present study, pharmacore-based virtual screening was adopted toidentify potential HIV-protease ligands as anti-HIV agents. Pharmacophore is the 3D orientation andspatial arrangement of functional groups that are critical for binding at the active site cavity. Virtualscreening retrieves potential hit molecules from databases based on imposed criteria. A set of 30 com-pounds were selected with inhibition constant as training set from 129 compounds of dataset set andsubsequently the pharmacophore model was developed. The selected best model consists of hydrogenbond acceptor and donor, hydrophobic and aromatic ring, features critical for HIV-protease inhibitors. Themodel exhibits high correlation (R = 0.933), less rmsd (1.014), high cross validated correlation coefficient(Q2= 0.872) among the ten models examined and validated by Fischer’s randomization test at 95% con-fidence level. The acceptable parameters of test set prediction, such as R2pred= 0.768 and r2m(test)= 0.711suggested that external predictivity of the model was significant. The pharmacophore model was usedto perform a virtual screening employing the NCI database. Initial hits were sorted using a number ofparameters and finally seven compounds were proposed as potential HIV-protease molecules. One poten-tial HIV-protease ligand is reportedly confirmed as an active agent for anti-HIV screening, validating thecurrent approach. It can be postulated that the pharmacophore model facilitates the selection of novelscaffold of HIV-protease inhibitors and can also allow the design of new chemical entities.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Pharmacoinformatics วิธีใช้ในฟิลด์ค้นพบตัวยามันช่วยประหยัดเวลา ลงทุนติดขัด และเสียสละสัตว์ ในการศึกษาปัจจุบัน ตาม pharmacore คัดกรองเสมือนถูก toidentify บุญธรรม ligands รติเอสเอชไอวีอาจเป็นตัวแทนต่อต้านเอชไอวี Pharmacophore จัด andspatial แนว 3D ของ functional กลุ่มที่มีความสำคัญสำหรับการรวมในช่องใช้ ได้ Virtualscreening ดึงโมเลกุลอาจตีจากฐานข้อมูลตามเงื่อนไขที่กำหนด ชุด 30 com-ปอนด์ถูกเลือก ด้วยค่าคงการยับยั้งเป็นชุดจาก 129 สารประกอบของ andsubsequently การตั้งค่าชุดข้อมูลแบบ pharmacophore ได้รับการพัฒนาฝึกอบรม แบบจำลองที่ดีที่สุดที่เลือกประกอบด้วย hydrogenbond acceptor และผู้บริจาค แหวน hydrophobic และหอม คุณลักษณะความสำคัญ inhibitors รติเอสเอชไอวี Themodel จัดแสดงความสัมพันธ์สูง (R = 0.933), น้อย (1.014) rmsd กางเขนตรวจสอบความสัมพันธ์ coefficient(Q2= 0.872) ระหว่างรุ่น 10 ตรวจสอบ และตรวจสอบ โดย randomization ของฟิสเชอร์ทดสอบที่ระดับ 95% คอน fidence ยอมรับพารามิเตอร์การทดสอบตั้งค่าพยากรณ์ เช่น R2pred = 0.768 และ r2m(test) = 0.711suggested ว่า predictivity ภายนอกของรูปแบบสำคัญ รุ่น pharmacophore ถูก usedto ทำ screening เสมือนใช้ฐานข้อมูล NCI ปริมาณเริ่มต้นเรียงใช้ ofparameters หมายเลข และสุดท้าย สารเจ็ดได้เสนอเป็นโมเลกุลรติเอสเอชไอวีเป็นไปได้ ลิแกนด์รติเอสเอชไอวี poten tial หนึ่งรายงานได้รับการยืนยันเป็นตัวแทนใช้สำหรับคัดกรองเอชไอวีป้องกัน ตรวจสอบวิธีการ thecurrent มันสามารถเป็น postulated แบบ pharmacophore อำนวยความสะดวกในการเลือก novelscaffold inhibitors รติเอสเอชไอวี และยังสามารถช่วยให้การออกแบบของเอนทิตีใหม่เคมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธี Pharmacoinformatics ใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านของการค้นพบยาเสพติดในขณะที่มันจะช่วยประหยัดเวลาในการลงทุน-ment และความเสียสละสัตว์ ในการศึกษาปัจจุบัน pharmacore ตามการตรวจคัดกรองเสมือนเป็นลูกบุญธรรม toidentify ที่มีศักยภาพแกนด์เอชไอวีโปรตีเอสเป็นสารต้านเอชไอวี Pharmacophore เป็นทิศทาง 3D จัด andspatial ของการทำงานเป็นกลุ่มที่มีความสำคัญสำหรับการผูกที่ช่องใช้งานเว็บไซต์ Virtualscreening ดึงโมเลกุลตีที่อาจเกิดขึ้นจากฐานข้อมูลตามเกณฑ์ที่กำหนด ชุดของ 30 com ปอนด์ได้รับการคัดเลือกด้วยการยับยั้งการฝึกอบรมอย่างต่อเนื่องตั้งค่าจาก 129 สารประกอบของชุดข้อมูลที่ตั้ง andsubsequently แบบ pharmacophore ได้รับการพัฒนา รูปแบบที่ดีที่สุดที่เลือกประกอบด้วยตัวรับ hydrogenbond และผู้บริจาคแหวนชอบน้ำและมีกลิ่นหอม, มีความสำคัญสำหรับการยับยั้งเอนไซม์โปรติเอเอชไอวี การจัดแสดงนิทรรศการ Themodel ความสัมพันธ์สูง (r = 0.933) น้อย RMSD (1.014) สูงข้ามการตรวจสอบค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ (Q2 = 0.872) หนึ่งในสิบรูปแบบการตรวจสอบและการตรวจสอบโดยการทดสอบการสุ่มของฟิชเชอร์ที่ 95% ระดับ Con-fidence พารามิเตอร์ที่ยอมรับได้ของการทำนายการทดสอบชุดเช่น R2pred = 0.768 และ R2M (ทดสอบ) = 0.711suggested ที่ predictivity ภายนอกของรูปแบบมีนัยสำคัญ รูปแบบ pharmacophore เป็น usedto ดำเนินการตรวจคัดกรองการจ้างเสมือนฐานข้อมูล NCI ฮิตเริ่มต้นถูกจัดเรียงโดยใช้ ofparameters จำนวนและในที่สุดก็เจ็ดสารประกอบถูกเสนอให้เป็นโมเลกุลที่มีศักยภาพโปรติเอสเอชไอวี หนึ่ง Poten กรูแกนด์เอชไอวีโปรติเอสรายงานว่าได้รับการยืนยันเป็นตัวแทนการใช้งานสำหรับการตรวจคัดกรองป้องกันเอชไอวีการตรวจสอบวิธีการ thecurrent ก็สามารถที่จะตั้งสมมติฐานว่ารูปแบบ pharmacophore อำนวยความสะดวกในการเลือก novelscaffold ของสารยับยั้งเอนไซม์โปรติเอเอชไอวีและยังสามารถช่วยให้การออกแบบของหน่วยงานด้านเคมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

pharmacoinformatics วิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านของการค้นพบยา มันช่วยประหยัดเวลา ลงทุน ment และสัตว์บูชายัญ ในการศึกษาการใช้ pharmacore เสมือนตามศักยภาพผู้ศึกษาโปรตีนลิแกนด์ anti HIV ตัวแทน ฟาร์มาโคฟอร์เป็น 3D จัดปฐมนิเทศ andspatial หมู่ฟังก์ชันที่สําคัญสําหรับผูกที่โพรงไซต์ที่ใช้งานอยู่virtualscreening ดึงโมเลกุลตีศักยภาพจากฐานข้อมูลตามที่กำหนดไว้ ชุด 30 ปอนด์ จึงถูกเลือกด้วยการยับยั้งอย่างต่อเนื่องเป็นชุดฝึก ชุดของข้อมูลสารจาก 129 andsubsequently ที่ฟาร์มาโคฟอร์แบบพัฒนา เลือกรุ่นที่ดีที่สุดประกอบด้วยพระนาสิก และผู้บริจาคและไฮโดรเจน บอนด์ ) , หอมแหวนคุณสมบัติที่สำคัญสำหรับเอชไอวี protease inhibitors . แบบจำลองแสดงความสัมพันธ์สูง ( r = 0.933 ) rmsd น้อย ( 1.014 ) สูงข้ามตรวจสอบค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ ( Q2 = 0.872 ) หมู่ 10 รุ่นตรวจสอบและการตรวจสอบโดยการสุ่มทดสอบของฟิชเชอร์ที่ 95% fidence แย้ง ) ค่ายอมรับได้ของชุดทดสอบการทำนาย เช่น r2pred = 0.768 และ r2m ( ทดสอบ ) = 0711suggested ที่ predictivity ภายนอกของรุ่นก็สำคัญ ฟาร์มาโคฟอร์รุ่นมาแสดงที่เสมือนการคัดกรองพนักงาน NCI ฐานข้อมูล ฮิตเริ่มต้นเรียงลำดับโดยใช้ตัวเลขการสกัดและสุดท้ายเจ็ดสารที่เสนอศักยภาพผู้ติดเชื้อเอชไอวีโปรตีนโมเลกุล หนึ่ง poten tial เอชไอวีติเกิดเป็นข่าวยืนยันว่าเป็นเจ้าหน้าที่งานป้องกันเอดส์ การคัดกรองตรวจสอบวิธีการปัจจุบัน มันสามารถสรุปได้ว่า รูปแบบในการเลือก novelscaffold ฟาร์มาโคฟอร์ของเอชไอวีและ protease inhibitors สามารถช่วยการออกแบบองค์กรเคมีใหม่