หลักฐานทางโบราณคดีและโบราณชีววิทยาบ่งบอกว่ามีมนุษย์โฮโมเซเปียนส์ เคยอาศัยอยู่ในเกาะปาลาวันตั้งแต่ประมาณ 50,000 ปีก่อน ชนเผ่าที่พูดภาษาในตระกูลออสโตรนีเซียนซึ่งมีถิ่นกำเนิดอยู่บนเกาะฟอร์โมซา (Formasa) หรือไต้หวันในปัจจุบันได้อพยพโดยทางเรือเข้ามาตั้งรกรากในหมู่เกาะฟิลิปปินส์ และจัดตั้งเส้นทางเครือข่ายการค้ากับเอเชียอาคเนย์ส่วนที่เหลือทั้งหมดตั้งแต่ 5,000 ปีก่อนคริสตกาล สภาพดั่งเดิมของฟิลิปปินส์ อยู่ในสภาพของยุคหินใหม่ ยังไม่ได้รับอิทธิพลของอารยธรรมอินเดียและจีน ดังเช่นประเทศอื่น ๆ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ชนชาวพื้นเมืองดั่งเดิมเป็นชนเชื้อสายอินโดนีเซีย – มาเลย์เซีย ซึ่งอพยพเข้ามาตั่งถิ่นฐานบริเวณเกาะต่าง ๆ ของฟิลิปปินส์ การมาตั้งถิ่นฐานนั้น มาโดยเรือเป็นกลุ่ม ๆ แต่ละกลุ่มแยกย้ายไปตั้งหมู่บ้านเรีนกว่า บารังไก (Barangay) ตามชื่อเรือที่ใช้อพยพมา มีหัวหน้าหมู่บ้านเรียกว่า ดาดู (Datu) ซึ่งเคยเป็นกัปตันเรือ การตั้งหมู่บ้านจะกระจายไปตามเกาะ ทำให้การติดต่อระหว่างกันไม่ค่อยมี ส่วนในด้านการปกครองนั้นเป็นแบบพ่อปกครองลูก โครงสร้างทางการปกครองเป็นแบบง่าย ๆ มี 4 ชนชั้นคือ ดาตู แลครอบครัว ขุนนาง อิสระชน ทาส