แตกต่างจาก iPhone 6 ที่โครงสร้าง เพราะ iPhone 6 มีปัญหาเรื่องเครื่อง'งอ'แต่ในiPhone 6s ได้เปลีายนวัสดุเป็น Aluminum-7000. แข็งกว่าอลูมิเนียมทั่วไป 60%
นอกจากนี้ iPhone 6s กับ iPhone 6s plus ได้เพิ่มสีตัวไหม่ rose gold และอัพเกรดกล้องหลังจาก 8 ล้านพิกเซลเป็น 12 ล้านพิกเซล ส่วนกล้องหน้าจาก 1.2 ล้านพิกเซล อัพเกรดใหม่เป็น 5 ล้านพิกเซล ใช้เซนเซอร์ใหม่,โปรเซสเซอร์รับสัญญาณภาพใหม่ ,ถ่ายวิดิโอ 4k รวมถึงlive photos และอัพเกรดซีพียูใหม่ให้มีความเร็วเพิ่ม 2เท่า