The scientific community has obtain

The scientific community has obtained the genomic sequence of different strains of Nannochloropsis belonging to two species: N. gaditana[10][11] and N. oceanica.[12][13] A genome portal based on the N. gaditana B-31 genome allows accessing much of the genomic information that concerns this micro-organism, moreover dedicated web pages are also available for the genomes of N. gaditana CCMP526 and N. oceanica CCMP1779.

The genomes of the sequenced Nannochloropsis strains were between 28.5 and 29 Mega bases long, they had high density of genes, reduced intron content, short intergenic regions[10] and very limited presence of repetitive sequences.[12] The genes of the two species share extended similarity.

The analysis of the genomes revealed that these microalgae have set of genes for the synthesis and incorporation in the cell wall of cellulose and sulfated fucans and that they are able to store carbon in polymers of β-1,3- and β-1,6-linked glucose called chrysolaminarin.[10] A NMR analysis of whole algal cells which were cultivated in autotrophic growth [14] reports evidence of the presence of cellulose in the cell wall and of mobile chrysolaminarin, probably accumulated in solution in vacuoles inside the cell.

Comparison between the lipid metabolic genes of N. gaditana and of red/green/brown algae and diatoms provided some insights into the exemplary lipid production of Nannochloropsis cultures. The comparisons indeed highlighted the presence of an expanded repertoire of some of the genes involved in TAG assembly in Nannochloropsis.[11] Numerous TAG lipases, which can affect TAG metabolism through either TAG degradation or lipid remodeling, were identified in Nannochloropsis,[12] many of them belonging to a gene family which seems to be exclusive of Nannochloropsis.[15]

Analysis of the genomic data suggested the presence in both the two species of Nannochloropsis of regulatory RNA and in particular miRNA.[10][12]

Various orthologs of known blue light sensing proteins were found in the genomes of Nannochloropsis suggesting possible circadian regulation.[10][12]

A research community from Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology (QIBEBT [1]), Chinese Academy of Sciences, sequenced and compared six Nannochloropsis genomes including that include two N. oceanica strains (IMET1 and CCMP531) and one strain from each of four other recognized species: N. salina (CCMP537), N. gaditana (CCMP526, which was previously reported[11]), N. oculata (CCMP525) and N. granulata (CCMP529).[16] They found that the six genomes share key oleaginous traits, such as the gene dose expansion of selected lipid biosynthesis genes compared to green algae Chlamydomonas. The most prominent example of gene dose expansion is Diacylglycerol acyltransferase (DGAT), which catalyzes the last step of triacylglycerol (TAG) synthesis. There’re 13 DGAT genes in Nannochloropsis, representing the highest gene dose in known genomes.

Through a comprehensive phylogenetic analysis, researchers proposed that among the 11 DGAT-2s, one gene might originate from the red algae related secondary endosymbiont, four from green algae related endosymbiont, and the other six from the eukaryotic host genome. In addition, a large proportion (15.3%) of TAG biosynthesis related genes were acquired by Nannochloropsis via horizontal gene transfer (HGT) from bacteria. Therefore, multiple genome pooling and horizontal genetic exchange, together with selective inheritance of lipid synthesis genes and species-specific gene loss, have led to the enormous genetic apparatus for oleaginousness and the wide genomic divergence among present-day Nannochloropsis spp.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุมชนวิทยาศาสตร์ได้รับลำดับ genomic ของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของ Nannochloropsis อยู่สองชนิด: oceanica ตอนเหนือและตอนเหนือ gaditana [10] [11][12][13] เป็นเว็บไซต์กลุ่มตามกลุ่ม B-31 gaditana ตอนเหนือช่วยให้เข้าถึงข้อมูล genomic ที่เกี่ยวข้องกับการนี้ไมโครสิ่งมีชีวิตจำนวนมาก นอกจากนี้ เฉพาะเว็บเพจที่มี genomes ของ CCMP526 ที่ gaditana ตอนเหนือและตอนเหนือ oceanica CCMP1779Genomes ของสายพันธุ์ Nannochloropsis ตามลำดับได้ระหว่าง 28.5 และ 29 ร็อคฐานยาว มีความหนาแน่นสูงของยีน intron ลดเนื้อหา ภูมิภาค intergenic สั้น [10] และลำดับซ้ำก็จำกัดมาก[12] ยีนพันธุ์สองร่วมคล้ายขยายการวิเคราะห์ของ genomes เปิดเผยว่า microalgae เหล่านี้เซ็ตของยีนสำหรับสังเคราะห์และประสานผนังเซลล์เซลลูโลสและ sulfated fucans และว่า จะสามารถเก็บคาร์บอนในโพลิเมอร์ของกลูโคสβ-1,3 - และβ-1,6-เชื่อมโยงเรียกว่า chrysolaminarin[10] การวิเคราะห์ NMR ของเซลล์ทั้งหมด algal ซึ่งได้ปลูกใน autotrophic เติบโต [14] รายงานหลักฐานการแสดงตน ของเซลลูโลสในผนังเซลล์ และ chrysolaminarin โทรศัพท์มือถือ อาจสะสมในโซลูชันใน vacuoles ภายในเซลล์เปรียบเทียบระหว่างไขมันเผาผลาญยีน gaditana ตอนเหนือ และสาหร่ายสีแดง/สีเขียว/สีน้ำตาลและ diatoms ให้ผลิตไขมันเยี่ยง Nannochloropsis วัฒนธรรมบางลึก การเปรียบเทียบแน่นอนเน้นของละครการขยายบางส่วนของยีนที่เกี่ยวข้องกับแท็กประกอบใน Nannochloropsis[11] หลายแท็ก lipases ซึ่งสามารถมีผลต่อเมแทบอลิซึมของแท็กแท็กย่อยสลายหรือเปลี่ยนแปลงระดับไขมันในเลือด ได้ระบุไว้ใน Nannochloropsis, [12] มากของพวกเขาเป็นสมาชิกครอบครัวยีนซึ่งน่าจะเป็น โดย Nannochloropsis[15]การวิเคราะห์ข้อมูล genomic แนะนำอยู่ ในทั้งสองสายพันธุ์ของ Nannochloropsis ของอาร์เอ็นเอที่กำกับดูแล และ miRNA เฉพาะ[10][12]Orthologs ต่าง ๆ ของแสงสีน้ำเงินที่รู้จักตรวจโปรตีนพบใน genomes ของ Nannochloropsis ควบคุม circadian สามารถแนะนำ[10][12]ชุมชนวิจัยจากสถาบันชิงพลังงานชีวภาพและเทคโนโลยี Bioprocess (QIBEBT [1]), สถาบันวิทยาศาสตร์ จีนตามลำดับ และเมื่อเทียบหก Nannochloropsis genomes รวมที่รวมสองสายพันธุ์ oceanica ตอนเหนือ (IMET1 และ CCMP531) และต้องใช้หนึ่งจากสี่อื่น ๆ รู้จักพันธุ์: ตอนเหนือโรงแรมสลี (CCMP537), gaditana ตอนเหนือ (CCMP526 ซึ่งก่อนหน้านี้ reported[11]), oculata ตอนเหนือ (CCMP525) และ granulata ตอนเหนือ (CCMP529)[16] พวกเขาพบว่า genomes หกใช้คีย์ลักษณะ oleaginous เช่นการขยายตัวปริมาณยีนของยีนสังเคราะห์ไขมันเลือกเปรียบเทียบกับสาหร่ายสีเขียว Chlamydomonas ตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของยีนยาขยาย acyltransferase Diacylglycerol (DGAT), ที่ catalyzes ขั้นตอนสุดท้ายของ triacylglycerol (แท็ก) สังเคราะห์ ได้ มีอยู่ 13 DGAT ยีนใน Nannochloropsis แทนยายีนสูงใน genomes รู้จักผ่านการวิเคราะห์ phylogenetic ครอบคลุม นักวิจัยเสนอว่า ระหว่าง 11 DGAT-2s ยีนหนึ่งอาจมาจากสาหร่ายสีแดงที่เกี่ยวข้องรอง endosymbiont สี่จากสาหร่ายสีเขียวที่เกี่ยวข้อง endosymbiont และอื่น ๆ หกจากจีโนม eukaryotic โฮสต์ นอกจากนี้ สัดส่วนขนาดใหญ่ (15.3%) ของการสังเคราะห์แท็กเกี่ยวกับยีนที่ได้รับมา โดย Nannochloropsis ผ่านการถ่ายโอนยีนแนวนอน (HGT) จากแบคทีเรีย ดังนั้น จีโนมร่วมและแนวทางพันธุกรรมอัตราแลกเปลี่ยน ร่วมสืบทอดงานของกระบวนการสังเคราะห์ยีนและการสูญเสียยีน species-specific หลายได้นำไปสู่เครื่องพันธุกรรมมหาศาลสำหรับ oleaginousness และ divergence genomic กว้างระหว่างเหตุการณ์ Nannochloropsis โอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชุมชนวิทยาศาสตร์ได้รับลำดับจีโนมของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของ Nannochloropsis ที่อยู่ในประเภทสองชนิด:. เอ็น Gaditana [10] [11] และเอ็น oceanica [12] [13] พอร์ทัลจีโนมขึ้นอยู่กับเอ็น Gaditana B-31 จีโนมช่วยให้เข้าถึงมากของข้อมูลที่เกี่ยวกับจีโนมนี้จุลินทรีย์โดยเฉพาะนอกจากนี้หน้าเว็บยังมีจีโนมของเอ็น Gaditana CCMP526 และ N. oceanica CCMP1779. จีโนมของสายพันธุ์ Nannochloropsis ติดใจอยู่ระหว่าง 28.5 และ 29 ล้านฐาน นานพวกเขามีความหนาแน่นสูงของยีนลดเนื้อหา Intron ภูมิภาค intergenic สั้น [10] และการปรากฏตัวที่ จำกัด มากของลำดับซ้ำ. [12] ยีนของทั้งสองชนิดร่วมกันขยายความคล้ายคลึงกัน. การวิเคราะห์จีโนมพบว่าสาหร่ายเหล่านี้มี ชุดของยีนสำหรับการสังเคราะห์และการรวมตัวกันในผนังเซลล์ของเซลลูโลสและซัลเฟต fucans และที่พวกเขาจะสามารถเก็บคาร์บอนในโพลิเมอร์ของβ-1,3- และกลูโคสβ-1,6-linked เรียก chrysolaminarin. [10] การวิเคราะห์ NMR ของเซลล์สาหร่ายทั้งที่ได้รับการปลูกฝังในการเจริญเติบโต autotrophic [14] รายงานหลักฐานการปรากฏตัวของเซลลูโลสในผนังเซลล์และ chrysolaminarin มือถืออาจสะสมในการแก้ปัญหาใน vacuoles ภายในเซลล์. เปรียบเทียบระหว่างการเผาผลาญไขมันในยีนของเอ็น Gaditana และสีแดง / เขียว / สาหร่ายสีน้ำตาลและไดอะตอมให้ข้อมูลเชิงลึกบางอย่างในการผลิตไขมันที่เป็นแบบอย่างของวัฒนธรรม Nannochloropsis การเปรียบเทียบแน่นอนเน้นการแสดงตนของเพลงขยายตัวของบางส่วนของยีนที่เกี่ยวข้องกับการประกอบ TAG ใน Nannochloropsis. [11] หลายเอนไซม์ไลเปส TAG ซึ่งสามารถส่งผลกระทบต่อการเผาผลาญอาหาร TAG ผ่านทั้งการย่อยสลาย TAG หรือการเปลี่ยนแปลงของไขมันที่ถูกระบุใน Nannochloropsis [12] หลายคนที่อยู่ในครอบครัวของยีนซึ่งดูเหมือนว่าจะเป็นพิเศษของ Nannochloropsis. [15] การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมชี้ให้เห็นการปรากฏตัวของทั้งสองสายพันธุ์ของ Nannochloropsis ของ RNA กฎระเบียบและโดยเฉพาะอย่างยิ่ง miRNA. [10] [12] ต่างๆ orthologs ที่รู้จักกันโปรตีนตรวจจับแสงสีฟ้าที่พบในจีโนมของ Nannochloropsis บอกเป็นไปได้การควบคุม circadian. [10] [12] ชุมชนการวิจัยจากชิงเต่าสถาบันพลังงานชีวภาพและสถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย (QIBEBT [1]), จีน Academy of Sciences, ติดใจและเมื่อเทียบกับ หกจีโนมของ Nannochloropsis รวมทั้งที่มีสองสายพันธุ์ N. oceanica (IMET1 และ CCMP531) และสายพันธุ์หนึ่งจากแต่ละสี่สายพันธุ์อื่น ๆ ที่ได้รับการยอมรับ: เอ็นซาลิน่า (CCMP537) N. Gaditana (CCMP526 ซึ่งได้รับการรายงานก่อนหน้านี้ [11]) ยังไม่มี . oculata (CCMP525) และเอ็น granulata (CCMP529). [16] พวกเขาพบว่าจีโนมหกแบ่งปันลักษณะน้ำมันที่สำคัญเช่นการขยายตัวของปริมาณยีนของยีนสังเคราะห์ไขมันที่เลือกเมื่อเทียบกับ Chlamydomonas สาหร่ายสีเขียว ตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของการขยายตัวปริมาณยีน diacylglycerol acyltransferase (DGAT) ซึ่งกระตุ้นขั้นตอนสุดท้ายของ triacylglycerol (TAG) การสังเคราะห์ มีจำนวน 13 ยีน DGAT ใน Nannochloropsis คิดเป็นปริมาณยีนที่สูงที่สุดในจีโนมที่รู้จักกัน. ผ่านการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการที่ครอบคลุมนักวิจัยเสนอว่าในหมู่ 11 DGAT-2S หนึ่งยีนอาจมาจากสาหร่ายสีแดง endosymbiont เกี่ยวข้องรองสี่จากสาหร่ายสีเขียว endosymbiont ที่เกี่ยวข้องและอื่น ๆ ที่หกจากจีโนมเป็นเจ้าภาพยูคาริโอ นอกจากนี้ส่วนใหญ่ (15.3%) ของการสังเคราะห์ TAG ยีนที่เกี่ยวข้องได้มาจาก Nannochloropsis ผ่านการถ่ายโอนยีนแนวนอน (HGT) จากเชื้อแบคทีเรีย ดังนั้นการรวมกำไรกันหลายจีโนมและการแลกเปลี่ยนทางพันธุกรรมแนวนอนร่วมกับมรดกเลือกของยีนสังเคราะห์ไขมันและพันธุ์เฉพาะการสูญเสียยีนได้นำไปสู่อุปกรณ์ทางพันธุกรรมมหาศาลสำหรับ oleaginousness และความแตกต่างในหมู่กว้างจีโนมในปัจจุบันวัน Nannochloropsis spp

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชุมชนวิทยาศาสตร์ได้รับลำดับจีโนมของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของ nannochloropsis เป็นของสองชนิด : . gaditana [ 10 ] [ 11 ] และ N OCEANICA . [ 12 ] [ 13 ] ตามพันธุกรรมหรือจีโนมของพอร์ทัล gaditana b-31 ช่วยให้การเข้าถึงมากของข้อมูลที่เกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตที่มีไมโครนี้ โดยหน้าเว็บจะทุ่มเท ยังสามารถใช้ได้กับจีโนมของจระเข้gaditana ccmp526 และ N OCEANICA ccmp1779 .

nannochloropsis ลำดับจีโนมของสายพันธุ์ระหว่าง 28.5 และ 29 เมกะ ฐานยาว พวกเขามีความหนาแน่นสูงของยีน ลดลง iNtRON เนื้อหาสั้นๆ ส่าภูมิภาค [ 10 ] และมีมาก จำกัด ของซ้ำลำดับ [ 12 ] ของยีนสองชนิดร่วมกันขยาย
ความเหมือน
การวิเคราะห์จีโนมพบว่าสาหร่ายเหล่านี้มีชุดของยีนสำหรับการสังเคราะห์และประสานในผนังเซลล์ของเซลลูโลส ซัลเฟตฟูแคนและที่พวกเขาสามารถเก็บคาร์บอนในพอลิเมอร์ของบีตา - 1 , 3 - บีตา - 1,6-linked กลูโคสเรียกคริสโซลามินาริน .[ 10 ] โดยการวิเคราะห์ทั้งสาหร่ายเซลล์ซึ่งปลูกใน [ 14 ] รายงานการเจริญเติบโตโตโทรฟหลักฐานการแสดงตนของเซลลูโลสในผนังเซลล์และมือถือคริโซลามินารินอาจจะสะสมในสารละลายภายในเซลล์ในการสลาย

การเปรียบเทียบระหว่างการเผาผลาญไขมันของยีนได้gaditana และสาหร่ายสีแดง / สีเขียว / สีน้ำตาลและไดอะตอมที่ให้ข้อมูลเชิงลึกในการผลิต nannochloropsis เป็นแบบอย่างของวัฒนธรรม ซึ่งแน่นอนเน้นสถานะของการขยายตัวละครของบางส่วนของยีนที่เกี่ยวข้องกับการประกอบแท็กใน nannochloropsis . [ 11 ] หลายแท็กไลเปส ซึ่งจะมีผลต่อการเผาผลาญไขมันด้วยแท็กแท็กผ่านการสลายตัวหรือการเปลี่ยนแปลงระบุใน nannochloropsis [ 12 ] หลายคนของยีนในครอบครัวที่ดูเหมือนจะพิเศษของ nannochloropsis [ 15 ]

การวิเคราะห์จีโนมข้อมูลแนะนำตน ทั้งสองชนิด nannochloropsis RNA และกฎระเบียบโดยเฉพาะอย่างยิ่ง mirna [ 10 ] [ 12 ]

orthologs ต่างๆหรือแสงสีฟ้าจากโปรตีนที่พบในจีโนมของ nannochloropsis แนะนำระเบียบที่เป็นกลางที่สุด . [ 10 ] [ 12 ]

ชุมชนการวิจัยจากสถาบันชิงเต่า และชื่นพลังงานเทคโนโลยี ( qibebt [ 1 ] ) , จีน Academy of Sciences และจีโนมเปรียบเทียบยีน 6 nannochloropsis รวมทั้งที่ประกอบด้วยสอง )OCEANICA ( และสายพันธุ์ imet1 ccmp531 ) และสายพันธุ์หนึ่งจากแต่ละอื่น ๆ ที่ได้รับการยอมรับ 4 ชนิด : ซาลินา ( ccmp537 ) , เอ็น gaditana ( ccmp526 ซึ่งก่อนหน้านี้รายงาน [ 11 ] ) N oculata ( ccmp525 ) และ N ( ccmp529 granulata ) [ 16 ] พบว่าหกจีโนมแบ่งปันคีย์ที่ผสมด้วยน้ำมัน คุณลักษณะ เช่น การเลือกขนาดของยีนยีนเมื่อเทียบกับไขมันในสาหร่ายสีเขียวคลาไมโดโมแนส .ตัวอย่างที่โดดเด่นที่สุดของการขยายยีนขนาด acyltransferase diacylglycerol ( dgat ) ซึ่งกระตุ้นขั้นตอนสุดท้ายของ triacylglycerol ( แท็ก ) การสังเคราะห์ มี 13 dgat ยีนใน nannochloropsis แทนยีนในจีโนมขนาดสูงสุดที่รู้จักกัน

ผ่านการวิเคราะห์อย่างละเอียด ซึ่งนักวิจัยได้เสนอว่า ใน dgat-2s 11 ,ยีนอาจมาจากสาหร่ายสีแดงที่เกี่ยวข้องมัธยมศึกษา endosymbiont สี่จากสาหร่ายที่เกี่ยวข้อง endosymbiont สีเขียว และอีก 6 จากจีโนมโฮส ยูคาริโอติก นอกจากนี้ สัดส่วนขนาดใหญ่ ( 15.3 % ) ของแท็กชีวสังเคราะห์ยีนที่เกี่ยวข้องกับ nannochloropsis ได้มาโดยผ่านการถ่ายทอดยีนในแนวราบ ( HGT ) จากแบคทีเรีย ดังนั้น การแลกเปลี่ยนพันธุกรรมจีโนมและแบบแนวนอนพร้อมกับมรดกเลือกของไขมันสังเคราะห์ยีนและการสูญเสียยีนเฉพาะ - ขยายพันธุ์ได้นำไปสู่มหาศาลพันธุอุปกรณ์สำหรับ oleaginousness และความแตกต่างระหว่างจีโนมกว้างปัจจุบัน nannochloropsis spp .