หลักฐานทางโบราณคดีที่แสดงร่องรอยของความเจริญร่งเรืองในอดีตของปัตตานีที่ บริเวณอำเภอยะรังเป็นซากร่องรอยของเมืองโบราณขนาดใหญ่ซ้อนทับกันถึง 3 เมือง มีซากเป็นโบราณสถานปรากฏอยู่ไม่น้อยกว่า 40 แห่ง ซากเนินโบราณสถานบางแห่งได้รับการขุดแต่งและอนุรักษ์ไว้ เช่น โบราณสถานบ้านจาเละ 3 แห่ง ซึ่งเป็นซากอาคารศาสนสถานก่ออิฐที่มีการขัดแต่งประดับฐานชั้นล่าง ๆ และยังค้นพบโบราณวัตถุจำนวนมาก เช่น สถูปจำลองดินเผ่า พระพิมพ์ดินดิบ และดินเผาบางชิ้นมีตัวอักษรซึ่งนักภาษาโบราณอ่านและแปลว่าเป็นอักษรปัลลวะ (อินเดียใต้) ภาษาสันสกฤตเขียนเป็นคาถาเนื่องในพุทธศาสนาลัทธิมหายาน พระโพธิสัตว์สัมฤทธิ์และเศษภาชนะดินเผาประเภทต่าง ๆ โบราณวัตถุเหล่านี้มีอายุอยู่ในราวพุทธศตวรรษที่ 12-13 (กรมศิลปากร, 2535)
สอดคล้องกับจดหมายเหตุจีนที่ได้กล่าวถึงไว้ นอกจากนั้นหลักฐานที่ได้ขุดค้นพบยังแสดงให้เห็นด้วยว่าบริเวณที่เป็นที่ตั้ง อำเภอยะรังในปัจจุบัน เป็นชุมชนที่มีความเจริญทางวัฒนธรรมสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งศาสนาพุทธที่ได้รับอิทธิพลจากอินเดียไว้อย่างเต็มที่ มีความสัมพันธ์กับดินแดนใกล้เคียง เช่น บริเวณดินแดนภาคกลางของประเทศไทย และบริเวณคาบสมุทรอินโดจีนด้วย และคงจะเป็นชุมชนที่มีกิจกรรมสืบต่อเรื่อยมาจนถึงราวพุทธศตวรรษที่ 15 ก่อนที่อาณาจักรศรีวิชัยจะมีอำนาจรุ่งเรืองครอบคลุมคาบสมุทรมลายูในที่สุด (ภัคพดี อยู่คงดี,มปป.:2)
นักภูมิศาสตร์เชื่อว่า เมืองโบราณขนาดใหญ่ที่บริเวณอำเภอยะรังนั้นหมดความสำคัญลงน่าจะมีเหตุผล ประการหนึ่งมาจากการเปลี่ยนแปลงของระดับน้ำทะเลช่วงระยะเวลา 1,000 ปีที่ผ่านมา โดยลดลงไประดับหนึ่งมีผลทำให้ชายฝั่งทะเลถอยห่างออกไปจากเดิม ดังนั้น ที่ตั้งของชุมชนจึงไม่เหมาะสมที่จะเป็นทำเลของการเป็นเมืองท่าค้าขายอีกต่อ ไป และนำมาซึ่งการย้ายที่ตั้งของเมืองในระยะเวลาต่อมา ซึ่งสัมพันธ์กับตำนานการสร้างเมืองปัตตานีที่กล่าวไว้ในหนังสือหลายเล่ม เช่น Hikayat Patani:Story of Patani ของ A.Teeuw และ D.K.Wyatt:Sajaraj Kerajaan Melaya Patani หรือตำนานเมืองปัตตานีของ lbrahim Syukri เป็นต้น แม้ว่าจะไม่สามารถระบุระยะเวลากำเนิดของเมืองปัตตานีได้อย่างแน่ชัด แต่เมืองปัตตานีก็ได้ปรากฏชื่อและเจริญรุ่งเรืองขึ้นมาเป็นลำดับ
ตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 19 เป็นอย่างน้อย เมืองปัตตานี ได้ชื่อว่าเป็นหัวเมืองฝ่ายใต้ปลายแหลมมาลายู มีฐานะเป็นเมืองประเทศราชของกรุงศรีอยุธยามาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระบรม ไตรโลกนาถ (พ.ศ.1991-2031) และอยู่ภายใต้อำนาจของกษัตริย์กรุงศรีอยุธยาเรื่อยมา ในปี พ.ศ.2054 โปรตุเกสสามารถยึดครองมะละกาได้สำเร็จ และพยายามขยายอิทธิพลทางการค้าขึ้นมาทางตอนเหนือของคาบสมุทรมาลายู ประกอบกับพระราชาธิบดีที่ 2 (พ.ศ.2034-2072) ทรงยินยอมให้โปรตุเกสเข้ามาตั้งสถานีการค้าในเมืองชายฝั่งทะเล เช่น นครศรีธรรมราช มะริด ตะนาวศรี รวมทั้งปัตตานีด้วย ทำให้ปัตตานีกลายเป็นเมืองท่าหลักเมืองหนึ่ง เป็นที่ตั้งของสถานีการค้าของพ่อค้าทั้งชาวตะวันตกและชาวตะวันออก ทั้งชาวอินเดีย จีน และญี่ปุ่น สินค้าที่สำคัญของเมืองปัตตานียุคนั้น ได้แก่ ไม้กฤษณา ไม้ฝาง เครื่องเทศ ของป่า งาช้าง และนอแรด นอกจากนี้ปัตตานียังเป็นจุดรับส่งสินค้าของนานาชาติ เช่น เครื่องถ้วยชาม อาวุธ ดินปืน ดีบุก และผ้าไหม (สถาบันทักษิณคดีศึกษา: 2529)